Политика перестройки и распад СССР позволили по-новому осмыслить и расставить акценты, связанные с утратой памятников культуры в период 2060-х гг. прошлого столетия.
В 1990 году увидел свет великолепно изданный, передающий подлинные тона древнерусского искусства, альбом «А. Рублёв. Из собрания Государственной Третьяковской галереи». Автор-составитель Э.К. Гусева рассказала читателям о том, как коллекция галереи пополнялась иконописными шедеврами, принадлежавшими кисти Андрея Рублёва и мастерам его ближайшего окружения.
В конце 1980-х начале 1990-х годов вышел целый ряд публикаций В.Ф. Козлова в те годы одного из ведущих научных сотрудников музея. Этот автор посвятил свои работы проблемам утраты отечественных памятников истории и культуры послереволюционного XX века[11]. Одному из первых ему удалось явить на суд истории и представить современной общественности множество архивных материалов, вскрывающих массовые разрушения, предмет которых даже в середине 1980-х годов являлся «закрытой темой». Работы В.Ф. Козлова свидетельствуют о глубине источниковедческого анализа и обобщении неоценимого отечественного опыта музейной и историко-краеведческой работы в первые десятилетия советской власти в России. Работая над данной темой, этот исследователь в своих работах и выступлениях на конференциях, в частности, уделил внимание и судьбам архитектурных памятников, памятникам церковного искусства, историческому некрополю бывшего Спасо-Андроникова монастыря.
В 1990-м году в Тбилиси вышла в свет книга грузинской писательницы и исследовательницы Н.З. Вачнадзе «Д.И. Арсенишвили. Эскизы к творческому портрету», посвящённая активной, подвижнической деятельности первого директора музея, поставленного на этот пост ещё в 1947 году. Автор книги, пожалуй впервые, широко использовала материал, хранившийся в архиве музейного фонда документов, переданных на государственное хранение. Ей удалось показать, насколько тесно были связаны судьба последнего периода жизни первого директора с судьбой новорождённого музея[12]. Так или иначе, но Вачнадзе удалось ярко рассказать о самом первом этапе становления нового, необычного для того времени, учреждения культуры.
В 1995 году увидело свет издание «Греческие документы и рукописи, иконы и памятники прикладного искусства московских собраний»[13]. В этой публикации большое место уделялось музейному собранию ЦМиАР, что свидетельствовало о его международном значении и признании.
В том же году вышел в свет большой, добротно оформленный, монументальный «Каталог выставки из фондов музея имени Андрея Рублёва Из новых поступлений 19881992 гг.»[14] Авторами-составителями и авторами тематических статей здесь выступали научные сотрудники музея: Н.А. Кропивницкая, Т.Н. Нечаева, О.В. Смирнова, Л.П. Тарасенко, Н.Н. Чугреева, С.В. Гнутова, Е.Я. Зотова, Л.И. Алёхина, К.В. Дорофеева.
В 1996 году в связи с юбилейным мероприятием, посвящённым деятельности выдающегося отечественного подвижника в сфере спасения памятников истории и культуры П.Д. Барановского, в издании конференции были опубликованы материалы «О времени и месте погребения Андрея Рублёва»[15].
В самом конце прошлого тысячелетия был издан буклет, посвящённый шедевру рукописного искусства, хранящегося в отделе рукописных и старопечатных изданий ЦМиАР «Евангелие Спасо-Андроникова монастыря московская рукопись начала XV в.»[16].
В то же время вышли две статьи сотрудника музея Д.М. Абрамова, посвящённые проблемам его организации и становления. Первая носила обзорный характер, так как была опубликована в путеводителе по музеям Москвы[17]. Вторая «Организация и становление музея имени Андрея Рублёва» значительная, объёмная и обобщающая, была опубликована в 2000 году в периодическом издании «Вестник архивиста»[18]. В этих работах Абрамов одним из первых исследователей активно применил материалы музейного фонда, хранившиеся в те годы в Центральном архиве литературы и искусства города Москвы. Кроме того, автор использовал и представил читателям материалы фонда поступлений, хранившиеся в архиве музея и имеющие гриф «Для служебного пользования».
В 2003 году в буклете «Дары музею имени Андрея Рублёва»[19] был обобщён опыт комплектования музея на основе добровольных даров и вкладов различных граждан. А в последующих изданиях-буклетах «Федоровское Евангелие из Ярославля шедевр книжного искусства XIV в.»[20] и «Крест хранитель всея Вселенной»[21] специалисты ЦМиАР вновь обратились к темам, освещающим вопросы атрибуции, оценки культурно-исторической значимости, происхождения редчайших памятников рукописного и прикладного искусства средневековой России и России эпохи Нового времени. Во всех этих работах также присутствуют сведения, относящиеся к истории комплектования музея.
Крупной работой, посвященной истории Московского Спасо-Андроникова монастыря, явилась книга Т.В. Барсегян, изданная в 2013 году[22]. Она повествует об истории древнейшей православной обители Отечества Спасо-Андрониковом монастыре, о его святых и святынях, прославленных иконописцах Андрее Рублёве и Данииле Чёрном, архитектуре, планировке и символике монастырского комплекса, значимости обители в духовной и культурной жизни России. Здесь же большое место уделено и музею имени Андрея Рублёва. Издание написано на основе различных исторических источников, начиная от летописей и кончая материалами разных архивов. Правда, материалы архивного фонда ГБУ «ЦГА Москвы» Центра хранения документов после 1917 года под 2971-Р «Музей им. А. Рублёва Главного управления культуры Мосгорисполкома», ей практически не использовались.