Мятеж на Майне, который возглавил Цаннис, брат Петро-бея, был подавлен с помощью второго сына Петро-бея, Георгия, по просьбе президента. Он пообещал, что все споры между правительством и этим кланом будут решены, если Цаннис явится в Нафплион. Приехав туда, Цаннис был сразу же арестован, и ему и его сыну были предъявлены обвинения. Его сын бежал на Майну, где Константин, брат Петро-бея, возглавил восстание «спартанцев», как любили себя называть майнаты. Этот бунт был направлен против человека, который бросил в тюрьму семью их вождя. Сам Петро-бей тоже бежал на Майну, но его арестовали и под стражей отвезли назад в Нафплион, где бросили в тюрьму по обвинению в измене и в том, что он пренебрегает своими обязанностями члена сената.
Константина и Георгия тоже привезли в Нафплион и поместили под надзор полиции. Все это, естественно, вызвало у людей сочувствие к преследуемой семье. Престарелая мать Петро-бея обратилась к президенту с просьбой освободить ее прославленного сына, которого девять месяцев продержали в тюрьме без суда и следствия. Адмирал Рикорд, доверенное лицо Каподистрии на Поросе, использовал все свое влияние, чтобы помочь Петро-бею. Но президент остался непреклонным; и, действуя в соответствии с майнатским кодексом чести, Константин и Георгий, которые находились не в тюрьме, а под надзором полиции, решили отомстить за своего родственника. 9 октября 1831 года Каподистрия направлялся, по своему обычаю, на раннюю утреннюю службу в церковь Святого Спиридона, небесного покровителя своего родного острова, стоявшую у подножия крепости Иц-Кале (Акронафплия). Подходя к двери, он заметил, что по обеим сторонам от нее стоят два Мавромихали. На мгновение он задержался, словно заподозрив, что его хотят убить, о чем его уже не раз предупреждали, но, взяв себя в руки, стал приближаться к церкви. Но не успел он дойти до двери, как в затылок ему ударила пуля, пущенная Константином; тут же Георгий ударил Каподистрию кинжалом в грудь, и тот упал мертвый в объятия своего однору кого ординарца. Тот положил тело хозяина на землю, выстрелил в Константина и ранил его; из окна раздался второй выстрел, а третья пуля прикончила убийцу[31]. Толпа протащила его тело по улицам и бросила в море.
Георгий тем временем спрятался во французском посольстве, которое окружила разгневанная толпа, требовавшая его выдачи. В сопровождении французского офицера он был доставлен в островную крепость Бурзи, передан военно-полевому суду и 22 октября расстрелян на глазах у своего отца, заключенного в местную тюрьму. Из окна своего каземата тот смотрел, как погиб его сын так же как и жил, истинным патриотом Майны. Портреты двух этих Мавромихали теперь висят в афинском дворце нынешнего главы этой семьи, сына экс-премьера Греции. На этих портретах посетители видят свирепое лицо Георгия и более мягкие черты Константина.
Только через три поколения греки смогли составить непредвзятое суждение о деятельности Каподистрии. Никто не станет отрицать его личных достоинств, его суровой жизни, его искренней любви к своей родной стране и верной службы ей в дни иноземного владычества и во времена своего президентства. Но он пытался управлять Грецией, руководствуясь правилами поведения и идеями самодержавия; он был дипломатом до мозга костей, а революция нуждается не в дипломатах, а в людях действия. Тем не менее благодарные соотечественники признали его общественные и личные заслуги. В Эгине, его первой столице, и на Корфу (Керкире), где он родился, ему поставили памятники; на одном из островов сохранился детский приют, который он основал, а также «дом правительства», в котором размещался первый монетный двор Греции. Его останки покоятся в женском монастыре Платитера; часть Афинского университета в 1911 году была названа его именем; и автор его биографии всячески превозносит его заслуги как бывшего директора первой публичной школы на Корфу.
Убийство Каподистрии вызвало противоречивые отклики. Поэт Александр Суцу сравнивал его убийц с Гармодием и Аристогейтоном; «Аполлон» писал о трагической гибели человека, которого многие называли тираном; друзья убитого президента не только оплакивали его, но и действовали. Сразу же после гибели Каподистрии собрался сенат, и не успело пройти двенадцати часов после фатальной ночи, как был назначен временный комитет из трех человек, который должен был управлять страной до сбора Национальной ассамблеи. В это трио входили: Августинос Каподистрия, член семьи погибшего; Колокотронис, вождь жителей Мореи, и Колеттис, представитель континентальной Греции.
Председателем был избран Августинос, но он, к сожалению, продемонстрировал полное отсутствие того примиряющего духа, который смог бы объединить все партии вокруг могилы своего брата; а при поддержке Колокотрониса он мог забаллотировать любое предложение благоразумного Колеттиса. Так, когда остров Сирос предложил признать власть временного правительства, а Идра попросила, чтобы комиссия из трех человек пополнилась двумя членами оппозиции, была объявлена амнистия и в каком-нибудь нейтральном месте собралась бы Ассамблея, выбранная свободным волеизъявлением народа, эта оливковая ветвь «конституционалистов» была отвергнута, несмотря на то что в ее поддержку выступил Андрей Заимис.