Становление основных традиций и принципов управления Крымским ханством относится к началу первой половине XVI в., начиная с правления Менгли Герая. Его отец Хаджи Герай всецело был занят решением внешнеполитических проблем, вследствие чего не имел возможности заниматься обустройством управления новосозданного Крымского ханства и довольствовался соблюдением старых традиционных порядков, сохранившихся со времен предшествовавших ему ханов татарских. В «Краткой Истории» сказано: «Так как Хаджи Герай умел привлекать сердца, то он во время своего правления собрал в Крым значительное количество народа с Волги. Поелику же от этого у него было много войска, и он мог делать походы в московские и польские страны, всегда оставаясь победителем, то он стал знаменитым ханом».
Крымский хан обладал широчайшими полномочиями был властен над жизнью и смертью своих подданных, мог по своему усмотрению распоряжаться их землей и имуществом, имел право издания законов, был верховным главнокомандующим войсками. Хану принадлежало право хутбэ, а также исключительное право чеканить монету. Последние два момента («господин хутбэ и монеты») неоднократно упоминаются источниках в качестве свидетельства и доказательства самодержавной природы власти хана, которого никто не имеет права смещать и назначать. Действительно, в мусульманской религиозной и государственной традиции этими правами обладали только независимые самодержавные правители. Наличие этих двух привилегий свидетельствовало о суверенном статусе правителя и независимости его государства, и поскольку крымские ханы сохранили их вплоть до гибели их государства под ударами Российской империи, их действительно можно рассматривать в качестве важного признака самостоятельности ханства в его отношениях с Оттоманской Портой.
Экономическая независимость хана основывалась на верховном владении землей, которая была государственной собственностью. При этом бейлики (владения беев наиболее сильных родов) и ходжалыки (наделы высшего мусульманского духовенства) находились в смешанном частно-государственном владении, представляя собой так называемые союргалы. Кроме этого, к ханскому домену так называемым землям «ерз мирие» принадлежали соляные озера и леса вдоль течения рек Альмы, Качи и Салгира и необрабатываемые земли. Вместе с соляными озерами к ханским владениям относились также деревни, располагавшиеся на землях, прилегающих к этим озерам, и поселения, находившиеся в лесных массивах, принадлежавших хану.
Неоспоримая, абсолютная власть ханов над землей и, одновременно, немыслимость территориальных ограничений его власти были отражены в древней татарской поговорке: «Куда ступит копыто ханского коня, то и принадлежит хану». Однако территориальные границы Крымского ханства определить довольно сложно. Это объясняется кочевым характером государства крымских татар. Вот как об этом говорится в «Краткой Истории Крыма»: «Крымцы не имели постоянного пребывания в одном месте, а кочевали летом и зимою там и сям, а большею частью по берегам рек Эмбы, Яика, Итиля, Терека, Кубани и Днепра, именуемых у них Шестиречьем. А также бывало, что они по ту и по сю сторону Ферах-Кермана, всегда с своими шатрами и кибитками, точно с домом на плечах, с семьями, имуществом и скарбом странствовали и путешествовали».
Уже к XVI в. Крымское ханство охватывало не только степную и предгорную части Крымского полуострова, но и северопричерноморские степи в нижнем течении Днепра и Дона, а также Дона и Кубани. Основателю ханства Менгли Гераю подчинялись северопричерноморские прибрежные степи вплоть до Бессарабии на западе и северокавказской Черкессии на востоке. Степи Северного Причерноморья, населенные кочевыми племенами, преимущественно ногайцами, официально назывались «Ор-ташрасы» («Находящиеся за Ором», «Земли за Перекопом», «Заорье»). При этом сам полуостров считался территорией постоянного пребывания ханства, местом зимовки, а соседние с ним степи воспринимались как место летних кочевий. В целом территория Крымского ханства была громадной и составляла более 250 тыс. км2, при том, что сам Крымский полуостров имеет площадь около 27 тыс. км2.
Хусейн Гезар-Фенн, турецкий историк второй половины XVII в., так определял подвластные крымским ханам территории: «В черте владычества их есть четыре крепости Гёзлев (современная Евпатория А. Д.), Ор, Рабат и крепость, известная под названием Ягуд-Калэси. В подведомстве их насчитывается 1300 больших и малых деревень. Из значительных городов у них есть так называемый город Кара-Су, потом Ак-Месджид, ханская столица Бакчэ-Сарай и так называемый город Малый Кара-Су. В каждом из них есть джами, мечети, бани, рынки и базары. Все управляемые ими деревни и округи составляют двадцать четыре казылыка. Самый же так называемый Крым, полуостров, составляет четыре санджака».
Хусейн Гезар-Фенн, турецкий историк второй половины XVII в., так определял подвластные крымским ханам территории: «В черте владычества их есть четыре крепости Гёзлев (современная Евпатория А. Д.), Ор, Рабат и крепость, известная под названием Ягуд-Калэси. В подведомстве их насчитывается 1300 больших и малых деревень. Из значительных городов у них есть так называемый город Кара-Су, потом Ак-Месджид, ханская столица Бакчэ-Сарай и так называемый город Малый Кара-Су. В каждом из них есть джами, мечети, бани, рынки и базары. Все управляемые ими деревни и округи составляют двадцать четыре казылыка. Самый же так называемый Крым, полуостров, составляет четыре санджака».