Максим Густавович Тракман (18901937)
Наиболее активным противником Военного контроля выступал член коллегии ВЧК М. Я. Лацис. Будучи с июля 1918 года председателем ЧК Восточного фронта первого органа военной контрразведки ВЧК в действующей армии, он добился ликвидации подразделений Военного контроля в Казани.
12 ноября на совещании в Реввонсовете республики по докладу члена РВСР А. П. Розенгольца было принято постановление, подписанное членом РВСР, военным комиссаром полевого штаба РВСР А. И. Араловым, председателем ВЧК Ф. Э. Дзержинским и самим А. П. Розенгольцем, о создании Особого отдела путем объединения Военного контроля и армейских ЧК. В обязанности новых органов должны были входить агентурная работа в тылу белых, контрразведка и борьба с контрреволюционерами в Красной Армии.
Александр Матвеевич Штейнгарт (18871934)
13 декабря 1918 года на совещании в РВСР, в котором участвовали его члены И. Н. Смирнов, К. Х. Данишевский (председатель Реввоентрибунала РСФСР), С. И. Аралов, главком Вооруженных сил И. И. Вацетис, М. И. Лацис, было принято «Общее положение о войсковых особых отделах (чрезвычайкомах и Военконтроле), согласно которому вместо указанных в названии органов учреждались «особые отделы по борьбе с контрреволюцией и шпионажем под контролем политических комиссаров реввоенсоветов фронтов и армий». 19 декабря 1918 года состоялось заседание ЦК РКП(б), которое утвердило принятое РВС «Положение». Руководителем нового органа был назначен начальник Военного отдела ВЧК М. С. Кедров.
Мартын Иванович Лацис (18881938)
6 февраля 1919 года было утверждено постановление ВЦИК об учреждении при ВЧК Особого отдела, подготовленное заместителем председателя РВСР Э. М. Склянским, С. И. Араловым, Ф. Э. Дзержинским. Военная контрразведка вошла в состав ВЧК. За военным ведомством сохранялось право постановки заданий особым отделам и контроль за их выполнением. То есть на протяжении семи месяцев в Красной Армии существовало одновременно два контрразведывательных органа: Военный контроль и армейская ЧК. Процесс слияния двух систем подчас проходил болезненно, с неизбежными конфликтами и даже арестами той или иной группы. По версии исследователя отечественных органов безопасности профессора А. А. Здановича, в конечном итоге возобладала позиция Ф. Э. Дзержинского и В. И. Ленина, последний и предложил назвать новый орган в составе ВЧК «особым отделом». Если учесть, что к концу 1919 года Красная Армия в своем составе насчитывала 5 млн бойцов, то ее Особый отдел располагал огромным ресурсом. Уже в 1919 году Особые отделы провели яркие разведывательные и контрразведывательные операции по пресечению деятельности иностранных разведок. Так, сотрудниками Особых отделов был раскрыт заговор «Национального центра» в Москве и Петрограде, разгромлены белогвардейские организации в Астрахани и Пензе (1919), а также разоблачена резидентура польской разведки на Украине (1920).
Михаил Сергеевич Кедров (18781941)
Особые отделы Красной Армии в декабре 1919 года включали в себя общую часть (агентурное, информационное, регистрационное отделение), а с октября 1920 года организационную часть. С лета 1919 года Особый отдел ВЧК координировал оперативную охрану границы. С августа 1920 года приказом РВСР в Особый отдел ВЧК была передана военная цензура, в середине 1920 года был образован Особый отдел Черного и Азовского морей, а в 1921 году в его состав был включен Особый отдел Балтийского флота.
Полномочия Особых отделов ВЧК были шире, чем территориальных органов, в частности, в области вынесения и привидения в исполнение смертных приговоров.
Выдающимся организатором военной контрразведки можно смело назвать Михаила Сергеевича Кедрова (18781941), Члена коллегии ВЧК с марта 1919 года, который, как многие, стал одной их жертв массового террора, развязанного в 1934 году, и был расстрелян по личному приказу Л. П. Берии в 1941 году.
На должность начальников Особых отделов фронтов, как правило, назначались проверенные члены партии РКП(б), хотя были случаи назначения из членов партии левых эсеров. Начальниками ОО фронтов были: Восточного (1919) и Туркестанского (19191920) Г. И. Бокий (18791937), впоследствии он стал начальником спецотдела и членом Коллегии ВЧКОГПУ; Юго-Восточного и Кавказского (19191920) Н. А. Скрыпник; Кавказского (1920) К. И. Ландер (18841937); Западного (1919) Ф. Д. Медведь; Западного (19211922) бывший левый эсер В. И. Хаскин; 12-й армии Э. Б. Кацнельсон; 15-й армии (19191920) Я. К. Берзин, который в 1930-е годы стал руководителем военной разведки РККА; в Галицийской Красной армии М. П. Фриновский. С Особого отдела свою службу начинал будущий нарком внутренних дел Г. Г. Ягода, в 19201921 годах он был начальником Особого отдела ВЧКГПУ, его приемником стал Я. С. Агранов (Янкель Шевель-Шмаев).
Бывшие руководители Особых отделов впоследствии все, без исключения, стали крупными руководителями отечественных спецслужб. За заслуги в деле защиты социалистической республики 20 декабря 1922 года приказом РВС Особый отдел ГПУ был награжден орденом Красного Знамени. В годы «большого террора» были расстреляны чекисты, в разное время служившие в Особом отделе и занимавшие в нем ответственные должности: Г. Г. Ягода, М. П. Фриновский, Г. И. Бокий, В. Д. Медведь, Я. К. Берзин, Э. Б. Кацнельсон, Я. С. Агранов, М. Я. Лацис, М. С. Кедров; не выдержав обвинений в свой адрес, покончили жизнь самоубийством Н. А. Скрыпник и К. И. Ландер.