Однако были и узкие места, например, проблема внутренней связи в частях радиоразведки. Для ее решения некоторым дивизионам предоставили постоянные провода, но тем не менее эта проблема окончательно оказалась не решенной. Более того, проводная связь, как средство обеспечения синхронной работы, подвергалась сомнению.
«Я неоднократно задумывался над вопросами управления, писал в 1935 году в Центр командир 3-го радиодивизиона К. Нехайчик, очерченными в соответствующих приказах Наркома, применительно к своей части. Речь идет об управлении дивизионом именно в военное время. У меня почему-то складывается впечатление, что пользование (тем более регулярное) постоянными проводами для связи штаба с радиоразведывательными пунктами вещь проблематичная.
Рождается мысль о желательности иметь при каждом радиоразведывательном пункте и штабе какую-то, по габаритам маленькую, но достаточно дальнобойную КВ радиостанцию. В этом случае при наличии гибкого кода или шифра можно было бы не бояться длительных перерывов (нарушений) проводной связи».
Специалист оказался прав, что и подтвердили учения войск Московского ВО. В приказе по войскам, подводившем итоги маневров, отмечалось: «Радиоразведка не могла в полной мере выполнить задачу. На результатах ее работы сказалось отсутствие проводной связи с одним из пеленгаторов. Радиоразведка не могла определить местонахождение радиостанций».
Тем не менее, несмотря на недостатки и нерешенные проблемы, следовало признать: в последние годы радиоразведка сделала серьезный прорыв и стала реальной силой в борьбе с противником. В основе прорыва лежал большой труд людей командиров, бойцов, специалистов радиоразведки.
В 1936 году этот воинский труд был по праву отмечен: радиоразведчик К. Нехайчик награжден орденом Ленина, И. Миронов и В. Мухин орденами Красной Звезды. Орденами «Знак Почета» были удостоены К. Ботнер и С. Грабияш.
Во время гражданской войны в Испании в 1936 году туда выехали криптоаналитики Спецотдела вместе с подразделением радиоперехвата, где по прибытии сразу начали налаживать работу радиоразведки в составе ГШ республиканской армии. Постепенно дело наладилось, и республиканское военное командование вместе с советскими военными советниками стали получать всё больше важной информации.
Другая особая оперативная группа из числа сотрудников Спецотдела была отправлена в Китай для оказания дешифровальной помощи в войне против Японии. Ежемесячно этой группе удавалось дешифровать около 200 японских шифртелеграмм, а всего за 1,5 года работы ею было раскрыто 10 военных шифров Японии.
7 августа 1937 года руководством НКВД было принято решение на базе Оперода и Спецотдела ГУГБ организовать 12-й (оперативно-технический) отдел ГУГБ. Целью объединения было обеспечить максимальную централизацию оперативно-технической работы за счет грамотного применения высококачественных технических средств.
На укомплектование 12-го отдела Центрального аппарата выделялись штаты и личный состав 5-го, 6-го, 7-го, 8-го и 9-го отделений 2-го отдела, 5-го отделения 9-го отдела и спецгруппы 3-го отдела ГУГБ. По стране создается сеть 12-х отделов и отделений УГБ в областных Управлениях НКВД. Начальником 12-го отдела ГУГБ стал Жуковский.
В этом же месяце постановлением СНК СССР, номинально оформленным совместным приказом НКВД и НКС, с целью обеспечения полного контроля эфира в стране подразделениям 12-го Отдела было передано от НКС более 40 контрольных радиостанций и пеленгаторных пунктов, установленных в разных городах страны.
Была передана также школа радиооператоров Службы радиоконтроля НКС в Кучино. Личным составом этой лаборатории, ее оборудованием, техникой и производственными помещениями усиливаются подразделения 12-го отдела. Создаются хорошие предпосылки для координации деятельности лабораторий и улучшения их структуры.
В 1937 году из Денежного переулка в Кучино перееехала в полном составе «пеленгаторная» лаборатория. Местоположение этой лаборатории определило расположение будущего НИИ.
В созданном 30 декабря 1937 года Наркомате ВМФ в Управлении разведки предусматривалось 7-е отделение (в дальнейшем 11-й отдел), в задачи которого входила организация дешифровальной работы на флоте и руководство ею.
В мае 1939 года подразделение радиоразведки РУ РККА было реорганизовано в 7-й отдел 5-го (разведывательного) Управления НКО, начальником которого был назначен Фёдор Петрович Малышев, а его заместителем Ефим Михайлович Коссовский.
В состав отдела входило 3 отделения: 1-е организационно-мобилизационное и учебное (начальник Иван Илларионович Уханов), 2-е оперативно-информационное (начальник Алексей Александрович Тюменев) и отделение боевой подготовки.
Дешифровальное подразделение стало 11-й отделом РУ РККА, начальником которого был назначен Николай Александрович Филатов, а его заместителем Григорий Карпович Муха.
В состав отдела входило 7 отделений: 1-е японское (начальник Иван Петрович Калинин), 2-е китайское (начальник Николай Афанасьевич Аншуков), 3-е немецкое (начальник Николай Федорович Охрименко), 4-е англо-романское (начальник Федор Михайлович Огарышев), 5-е польско-прибалтийское (начальник Николай Федорович Охрименко), 6-е ближневосточное, 7-е учебное (начальник Евгений Матвеевич Шах).