В 1912 г. в Халхе окончательно оформилась теократическая монархия во главе с богдо-гэгэном Джембцзун-дамба-хутухтой. Правительство Внешней Монголии возглавил Саин-нойон-хан, воспитанный при Цинском дворе. Одним из самых влиятельных политических деятелей был министр иностранных дел Ханда-цин-ван. В Урге был собран монгольский парламент, состоявший из 3-х палат, первая сессия которого состоялась в апреле 1914 г. Монгольский парламент был законосовещательным органом, палаты его собирались и распускались по велению богдо-гэгэна. Ургинский хутухта также формировал и распускал правительство Монголии. Вся полнота власти на местах осталась в руках владетельных князей хошунных цзасаков. Место цинских амбаней в Улясутае и Кобдо заняли наместники богдо-гэгэна (сайты).
Вскоре на всей территории Улясутайского цзянц-зюньства цинская власть была ликвидирована. В Халхе прежняя администрация уступила власть без сопротивления, а в западной части Внешней Монголии цинские силы были разбиты. В Кобдо позиции Пекина были более прочными, чем в Халхе, и китайская власть там была свергнута вооруженным путем. Цинская администрация Западной Монголии надеялась на помощь из соседнего Синьцзяна, да и западные монголы не были единодушны в стремлении отойти от Китая и присоединиться к Халхе. В декабре 1911 г. китайское население проявило решимость защищаться от восставших монголов и тувинцев. В письме торговца А.В. Бурдукова к востоковеду В.Л. Котвичу говорилось: «Из хошунов китайские торговцы побросав все бегут в город. В г. Ховдо китайские власти с завтрашнего дня начинают раздавать оружие солдатам и китайским торговцам везде монголы страшно боялись и были страшно перепуганы письмом, что скоро должны из Ховдо прийти китайские солдаты зеленого знамени и усмирить грабителей урянхайцев, которые разграбили китайских торговцев в Ховдском округе. Но в Ховдо хотя и есть 160 человек китайских солдат, но это жалкие дон-кихоты, это насобранный разный сброд огородников и праздношатающиеся выбросы китайского населения»132.
Политическое противостояние в Западной Монголии привело к вооруженному конфликту. Амбань Пу Жунь отправил семьи китайских чиновников и часть торговцев, около 100 человек, в Россию, а сам вместе с основной частью китайской колонии Кобдо остался защищать административный центр Западной Монголии. В августе 1912 г. цинская крепость в Кобдо была захвачена монгольскими войсками, которыми командовал Максаржаб. В штурме столицы Западной Монголии приняли участие и тувинские отряды из трех хошунов, всего 675 человек. Китайцы, более 600 человек во главе с амбанем, под русской охраной выехали в Кош-Агач и далее в Китай. В декабре 1912 г. столичная газета «Бэйцзин жибао» сообщила: «При взятии г. Кобдо торговавшие там купцы уроженцы Шаньсийской провинции понесли убытки, на сумму не менее миллиона. Поэтому Главная Торговая Палата городов Гуй-хуа-чэна и Суй-юань-чэна обратилась к Правительству с просьбой возместить купцам эти убытки» .
В соседней с Кобдинским округом Джунгарии монгольское население, в силу своей малочисленности и разобщенности не сразу смогло объединиться под национально-освободительными лозунгами. В Синьцзяне 80% всего населения составляли уйгуры, а наиболее организованной частью были новые войска, руководимые прибывшими из Центрального Китая ханьцами. Но монголы так же принимали участие в политических событиях Синьхайской революции. Первоначально монгольские войска или соблюдали нейтралитет в борьбе революционеров против маньчжурской администрации, или принимали участие в борьбе против оставшихся верными Пекину войсками. Однако в начале 1912 г. ситуация изменилась. Специалист по Синьцзяну В.И. Петров писал: «Глава ламаистской церкви Монголии ДЗАНЦАН-ДАНБИ хутухта обратился с посланием к монголам и калмыкам, в котором призывал образовать в северной части Синьцзяна независимое монгольское государство. Поэтому торгоуты Юлдуса, дербеты, олеты, чахары Илийской долины, вышли из повиновения революционному комитету и объявили об отделении от Китая. Монгольские части покинули революционные войска и стали нападать на них. Кобдоский торгоутский князь Тохто (Тохтохо), пользовавшийся поддержкой российских дипломатов, пытался объединить под своей властью Илийский, Тарбагатайский и Алтайский округа и присоединить их к Монголии. Революционный комитет приступил к подавлению сепаратизма монголов и калмыков, часть из них (чахары) бежали в Россию»134.
В 1912 г. объявила независимость Барга с центром в Хайларе. В январе 1912 г. китайские чиновники и солдаты были изгнаны из этого района. Российские исследователи писали: «Более крупные события разыгрались в Барге, а затем и на юге Монголии. Барга, в которой к тому времени монгольское население казалось совершенно подавленным китайцами, в 1911 году решила образовать самостоятельное государство и сформировать свое войско. Под угрозой силы, даотай китайский правитель Барги, был вынужден удалиться»135. Избранный главой Барги даур Шэн Фу послал богдо-гэгэну телеграмму с просьбой о принятии баргутов в подданство. В мае эта просьба была удовлетворена, а местные русские власти поддержали движение баргутов за независимость от Пекина.