Российские власти летом 1900 г. срочно занялись укреплением всей линии границы с Монголией. В Саянах и Алтае были проведены мероприятия по организации самообороны местного населения. Например, населению Сибирского казачьего войска было отпущено по 25 винтовок с патронами на каждый степной поселок. Среди казачьего населения Енисейской губернии были организованы три специальных дружины, населению было роздано 200 винтовок и 10 тыс. патронов.
Летом 1900 г. Пекин планировал использовать силы Монголии в конфликте с Россией. Тем более, именно Монголия прикрывала Пекин с севера от возможного наступления российской армии. Уже 5 июня57 Цзюньцзичу (высший военный орган власти Цинской империи) направил Чахарскому дутуну Сян Лину приказ проверить слухи о наступлении русской конницы с запада, провести разведку и сообщить об этом в соседние территории . Через несколько дней приказ был повторен, но уже с требованием срочно укрепить район и постоянно держать под контролем северное направление 59 . В июне Суйюаньчэнский цзянцзюнь (генерал-губернатор Южной Монголии) Юн Дэ, согласно приказа из Пекина, отправил на север, в Монголию по шести направлениям разведку.
В это же время на границу Монголии в Калган была отправлена из Шаньси армия Вань Бенхуа60.
Собственно маньчжуро-китайских войск на монгольских землях было не много. На территории Внешней Монголии имелись небольшие цинские гарнизоны в годах Улясутай, Кобдо и Урга. В Кобдо, например, в 1900 г. маньчжурских знаменных войск было немногим более 270 человек офицеров и солдат61 . В Урге в 1900 г. имелось до 250 китайских солдат. Но кочевое монгольское население только Халхи в случае мобилизации могло выставить многочисленную конницу, 26400 человек (по 75 человек от сумона).
В июне 1900 г. во Внешней Монголии были проведены некоторые военные мероприятия. К Улясутаю выступил отряд в 700 чел. знаменных войск, а местный цзянцзюнь Лянь Шунь попросил прислать из Пекина дополнительно 2 тыс. чел. войск. 26 июня 1900 г. Улясутайскому цзянцзюню был отправлен императорский указ, предписывающий ему и Ургинскому амбаню (Кулуньский баньшидачэн) Фэн Шенъэ оставаться на местах и защищать районы от возможного русского наступления. В Пекине считали, что «российских войск очень много, поэтому они обязательно приедут по разным путям»62. Цинским чиновникам приказывалось сообщить главам халхаских аймаков, чтобы те подобрали самых сильных мужчин и подготовили их для защиты границ. Подобные указания были отправлены и в Кобдо, амбаню Жуй Сюню предписывалось действовать совместно с руководством провинции Синьцзян и остановить наступление врагов. В документе говорилось, что «было бы хорошо, если бы они смогли сковать врагов»63, хотя и не детализировалось это пожелание.
С другой стороны, Пекин планировать усилить воюющую против иностранцев в столичном районе армию за счет монгольского ополчения. Улясутайский цзянцзюнь собрал до 4 тыс. человек монгольской конницы, но Лянь Шунь, докладывал о их низкой боеготовности. Ургинский амбань призвал на службу 2 тыс. монголов и расположил их вокруг города. Амбань Кобдо приказал мобилизовать монголов и организовать их обучение. Были отданы распоряжения о запрещении экономических отношений с русскими, выделены деньги для монгольских лидеров, которым было приказано провести мобилизационные мероприятия. Однако Жуй Сюнь не верил монголам, он докладывал: «Я еще боюсь, что Монголия думает только о выгоде я боюсь, что они нарушат приказ»64. Как и предполагалось, монголы не были настроены на войну с русскими, это подтвердили события в Кобдо, где призванные всадники взбунтовались, перебили маньчжурских офицеров и разбежались.
Движение ихэтуаней нашло поддержку лишь среди китайского населения Монголии. В Улясутае летом 1900 г. было собрано до 1 тыс. китайцев-торговцев, для которых были организованы учебные стрельбы. Из местных чиновников наибольшую активность в деле подготовки обороны вверенных территорий проявили глава Кобдо и Улясутайский цзянцзюнь. Амбань Жуй Сюнь установил связь с Синьцзяном, и попросил отправить несколько тысяч маньчжурских солдат на защиту Кобдо, он просил, чтоб император поддержал это решение своим приказом. Цзянцзюнь Лянь Шунь просил у Пекина два батальона конницы и батальон пехоты. 12 июня 1900 г. консул Я.П. Шишмарев доносил из Урги, что монголы пассивно воспринимали события в Чжили, агитацию вели лишь китайцы. Монгольские власти не выполнили указ императора о закрытии Монголии для горнопромышленной деятельности иностранцев. Правда, Я.П. Шишмарев позже все же отправил несколько телеграмм о развитии напряженности в Урге.65
Мобилизационные мероприятия затронули районы Южной Монголии, тем более, там монголы входили в состав восьмизнаменного войска. Суйюаньченский цзянцзюнь Юн Дэ отмобилизовал восьмизнаменные войска, приступил к военным учениям и наметил пути их движения на встречу возможного русского наступления. Однако Юн Дэ полагал, что сам он с частью войск должен был идти к Пекину. Фудутун Жэхэ Сэ Лэнъэ, наоборот, не выполнил приказ отправить все войска в Тяньцзинь.