Имамы Аламута, как и другие мусульманские правители того времени, не были единодушны в противостоянии язычникам-монголам, вторгшимся в исламские земли. Халиф аль-Насир, сошедшийся в схватке с хорезмшахом, не был огорчен появлением нового опасного врага на дальней границе Хорезмской империи, а его союзник, имам Джалаладдин Хасан, был одним из первых, кто отправил доброжелательное сообщение хану. Но иногда исмаилиты демонстрировали солидарность со своими соседями-суннитами против этой новой угрозы. Когда Чингисхан завоевывал Восточный Иран, вождь исмаилитов в Кухистане оказал приветливый прием беженцам-суннитам в своих горных крепостях. «Я увидел в нем, пишет приезжий мусульманин о вожде исмаилитов в Кухистане, человека безграничных познаний и мудрости, разбирающегося в науках и философии настолько, что на территории Хорасана не было философа и мудреца, подобного ему. Он заботливо относился к бедным странникам и путешественникам; а мусульман, которые прибывали из Хорасана, он имел обыкновение брать под свою опеку и защиту. По этой причине на собраниях у него присутствовали некоторые из самых выдающихся улемов Хорасана. и он относился к ним всем с почетом и уважением и был с ними очень добр. В этой связи они утверждали, что во время тех первых двух-трех лет анархии в Хорасане тысяча почетных одежд и семьсот лошадей с конской сбруей получили из его казны и конюшен улемы и бедные странники». Его способность делать это наводит на мысль, что города исмаилитов были неприкосновенны для нападений, а его щедрость вскоре вызвала жалобу в Аламуте от его подданных, которые попросили и получили правителя, менее расточительно распоряжавшегося деньгами исмаилитов в пользу чужаков. Историк Минхадж-и Сирадж Джузджани, находившийся на службе у правителей Систана, три раза посещал города исмаилитов в Кухистане с дипломатическими миссиями, касавшимися открытия заново торговых путей, и с целью совершения покупок «одежды и других необходимых вещей», которые редко можно было достать в Восточном Иране «вследствие вторжения неверных». Ясно, что исмаилиты Кухистана извлекали из своей неприкосновенности большую выгоду.
Какая бы договоренность ни существовала между исмаилитами и монголами, она не продержалась долго. Новые хозяева Азии не могли терпеть независимость опасной и воинственной банды фанатиков и не было недостатка в благочестивых мусульманах среди их друзей и союзников, чтобы напоминать им об опасности, которую представляют исмаилиты. Говорят, главный кади Казвина предстал перед ханом в кольчуге и объяснил, что ему приходится всегда носить ее под одеждой из-за постоянной опасности быть убитым.
Это предупреждение не пропало даром. Посольство исмаилитов при Великом хурале в Монголии было отослано назад, и монгольский полководец в Иране известил хана, что двумя его самыми ярыми врагами являются халиф и исмаилиты. В Каракоруме были приняты меры предосторожности для охраны хана от нападения лазутчиков исмаилитов. Когда в 1256 году Хулагу выступил в поход в Иран, замки исмаилитов были его первостепенной целью.
Еще до его прибытия монгольские войска в Иране, поощряемые мусульманами, совершили нападения на базы исмаилитов в Рудбаре и Кухистане, но добились лишь ограниченного успеха. Наступление в Кухистане встретило контратаку исмаилитов, а штурм огромной крепости Гирдкух полностью провалился. Исмаилиты в своих замках вполне могли оказывать длительное сопротивление нападениям монголов, но новый имам решил иначе.
Одним из вопросов, по которому Рукн ад-Дин Хур-шах был не согласен со своим отцом, был вопрос о сопротивлении или сотрудничестве с монголами. Оказавшись у власти, Рукн ад-Дин пытался заключить мир со своими соседями-мусульманами; «действуя вопреки намерениям отца, он начал закладывать фундамент дружбы с этими людьми, а также послал гонцов во все свои провинции с приказом их жителям вести себя как мусульмане и обеспечивать безопасность на дорогах». Защитив таким образом свое положение внутри страны, он отправил посланца к Ясаур-нойону, монгольскому военачальнику в Хамадане, с указанием передать ему, что «теперь, когда настала его очередь править, он пойдет по пути повиновения и сотрет пыль неприязни с лица верности».
Ясаур посоветовал Рукн ад-Дину лично приехать к Хулагу и выразить ему свое повиновение, но имам исмаилитов пошел на компромисс и отправил вместо себя своего брата Шаханшаха. Монголы совершили преждевременную попытку войти в Рудбар, но были отброшены исмаилитами, находившимися на укрепленных позициях. Монголы ушли, но уничтожив посевы. Тем временем другое монгольское войско снова вторглось в Кухистан и захватило несколько населенных пунктов исмаилитов.
Ясаур посоветовал Рукн ад-Дину лично приехать к Хулагу и выразить ему свое повиновение, но имам исмаилитов пошел на компромисс и отправил вместо себя своего брата Шаханшаха. Монголы совершили преждевременную попытку войти в Рудбар, но были отброшены исмаилитами, находившимися на укрепленных позициях. Монголы ушли, но уничтожив посевы. Тем временем другое монгольское войско снова вторглось в Кухистан и захватило несколько населенных пунктов исмаилитов.