В Западной Персии и Ираке Беркьярук даже не делал попыток нападать на центры власти исмаилитов. Вместо этого он пытался унять гнев своих чиновников и населения, разрешая или поощряя массовые убийства сочувствующих исмаилитам в Исфахане. Солдаты и горожане сообща охотились на подозреваемых, которых они окружали, собирали на большой площади и убивали. Простого обвинения было достаточно, и много невинных людей, по словам Ибн аль-Асира, погибли тогда из личной мести. Из Исфахана антиисмаилитские акции переместились в Ирак, где исмаилитов перебили в их лагере в Багдаде, а их книги были сожжены. Ранее один выдающийся исмаилит Абу Ибрахим Асадабади был послан в Багдад самим султаном с официальной миссией. Теперь султан отправил приказ о его аресте. Когда тюремщики пришли убивать его, Асадабади сказал: «Хорошо, вы убьете меня, но сможете ли вы убить тех, кто находится в замках?»
Насмешка Асадабади была к месту. До этого исмаилиты потерпели неудачу; теперь они не могли больше рассчитывать на молчаливое согласие Беркьярука, и в течение некоторого времени фидаи были сравнительно пассивны, но их замки оставались в целости и сохранности, а власть террора, ими насажденная, хоть и была ограниченной, вовсе не закончилась. Между 1101 и 1103 годами в списке убитых значатся: муфтий Исфахана, который встретил свою смерть в старой мечети этого города; префект Бейхака и предводитель карра-митов воинственного антиисмаилитского религиозного ордена в мечети Нишапура. Убивать офицеров-сельджуков и их чиновников в то время стало слишком трудно, но по-прежнему стояла задача наказывать тех гражданских и религиозных деятелей, которые осмелились противостоять исмаилитам. Именно в эти годы правитель Аламута предпринял еще один важный шаг отправил миссионеров в Сирию.
Сельджукской империи удавалось сдерживать угрозу со стороны исмаилитов, но не получилось покончить с ней окончательно. После смерти Беркьярука в 1105 году его преемник Мухаммед Тапар сделал еще одну решительную попытку одолеть их. «Когда власть в султанате прочно оказалась в руках Мухаммеда, и не осталось ни одного соперника, который мог бы оспорить ее, у него не было никакой более насущной задачи, чем разыскивать и бороться с исмаилитами и мстить мусульманам за их притеснения и злодеяния. Он решил начать с замка Исфахан, находившегося в руках исмаилитов, так как он причинял много хлопот и возвышался над его столицей. Поэтому лично повел свою армию на исмаилитов и осадил замок 6-го числа месяца Шабана 500 года [2 апреля 1107 г.]».
Осада и завоевание замка затянулись из-за разных уловок и маневров, к которым прибегали исмаилиты и их друзья. В самом начале выступление войска было отложено на пять недель из-за ложных слухов о возникших в других местах опасностях, которые распространяли сочувствующие исмаилитам в лагере султана. Когда местный вождь исмаилитов Ахмад ибн Атташ оказался в тяжелом положении, он получил передышку, затеяв религиозную полемику. В послании султану исмаилиты утверждали, что они добрые мусульмане, верящие в Бога и Пророка, соблюдающие Священный закон; они расходятся с суннитами только в вопросе об имамате, и поэтому султан должен заключить с ними перемирие, выдвинуть свои условия и принять их преданность. Это положило начало религиозной полемике между нападавшими и защитниками замка и между различными направлениями мысли в лагере нападавших. Многие богословы, советники султана, были готовы принять доводы исмаилитов, но некоторые из них твердо настаивали на более строгом отношении. «Пусть они ответят на такой вопрос, сказал один из них, если бы имам позволил вам то, что запрещает Священный закон, и запретил то, что Священный закон разрешает, вы повиновались бы ему? Если они ответят да, их кровь законна». Благодаря настойчивости этих ригористов полемика ни к чему не привела, и осада продолжилась.
Теперь исмаилиты попытались действовать иначе и предложили пойти на компромисс, согласно которому им отдали бы другую крепость в этих окрестностях «для защиты своей жизни и имущества от толпы». Переговоры затянулись, а в это время визирь султана приказал, чтобы в крепость были отправлены запасы продовольствия. Этот этап закончился, когда ассасин-исмаилит ранил, но не убил одного из эмиров султана, который был особенно ярым их противником. Тогда султан усилил осаду, и у защитников замка теперь была одна надежда на договорную капитуляцию.
Теперь исмаилиты попытались действовать иначе и предложили пойти на компромисс, согласно которому им отдали бы другую крепость в этих окрестностях «для защиты своей жизни и имущества от толпы». Переговоры затянулись, а в это время визирь султана приказал, чтобы в крепость были отправлены запасы продовольствия. Этот этап закончился, когда ассасин-исмаилит ранил, но не убил одного из эмиров султана, который был особенно ярым их противником. Тогда султан усилил осаду, и у защитников замка теперь была одна надежда на договорную капитуляцию.
Вскоре была достигнута договоренность об условиях сдачи. Части гарнизона позволили уйти под защитой султана в центры исмаилитов Табас и окрестности Арраджана. Остальные должны были перебраться в одно крыло крепости, оставив все султану. По получении вести о благополучном прибытии их товарищей в назначенные места они тоже могли выйти из замка и с разрешения султана отправиться в Аламут. В должное время была получена весть о прибытии ушедшей части гарнизона, но Ибн Атташ отказался выполнять свою часть обязательств. Воспользовавшись передышкой, он сосредоточил оставшихся людей (около восьмидесяти вооруженных человек) и оружие в отведенном им крыле крепости и приготовился биться насмерть. Защитники были побеждены, только когда предатель рассказал, что на стене выставлены лишь оружие и доспехи, которые должны были создавать видимость обороняющихся людей, а людей там нет. В финальном штурме большинство защитников погибло. Жена Ибн Атташа, надев на себя украшения, бросилась со стены и разбилась насмерть. Ибн Атташа схватили и провели по улицам Исфахана. Затем с него заживо содрали кожу, набили ее соломой, а голову отправили в Багдад.