При открытии училище было рассчитано на 80 учеников, но в первый год своего существования имело лишь 20 воспитанников, половина которых была из числа мусульман. Для последних в учебную программу дополнительно вводилось изучение Корана и правил мусульманского вероисповедания. Училище состояло из трех классов: нижнего, среднего и верхнего; продолжительность обучения в каждом классе составляла два года. Из восточных языков преподавались арабский, персидский и татарский[26]. В нижнем классе преподавали грамматику восточных языков, в среднем синтаксис и написание сочинений по грамматическим правилам, в верхнем чтение литературных произведений восточных авторов на языке оригинала[27]. Учебное время распределялось следующим образом: в нижнем классе на татарский язык отводилось шесть часов в неделю, на арабский и персидский по три часа[28].
В качестве учителей восточных языков были приглашены носители языка, предварительно прошедшие аттестационный экзамен. Учителем татарского языка был назначен сотник 9-го Башкирского кантона[29] Хусейн Абдусалямов (преподавал в училище до самой своей смерти в 1828 г.). Преподавание персидского языка было доверено «находящемуся при мечети Менового двора» имаму Абдул-Гасан Сардакову[30].
В качестве учителей восточных языков были приглашены носители языка, предварительно прошедшие аттестационный экзамен. Учителем татарского языка был назначен сотник 9-го Башкирского кантона[29] Хусейн Абдусалямов (преподавал в училище до самой своей смерти в 1828 г.). Преподавание персидского языка было доверено «находящемуся при мечети Менового двора» имаму Абдул-Гасан Сардакову[30].
Среди воспитанников Неплюевского военного училища и Оренбургского Неплюевского кадетского корпуса особо следует отметить тех генералов и офицеров, которые оставили заметный след в истории русского военного востоковедения генералы от инфантерии В. Д. Дандевиль и Н. Г. Залесов, генерал-лейтенант В. А. Карликов, генерал-майоры Д. А. Мельников, Р. Ш.-А. Сыртланов, А. К. Разгонов, полковник Д. И. Ливкин, подполковники М. А. Полумордвинов, Г. А. Панкратьев, Н. Н. Стромилов и др.
Среди выпускников Неплюевского военного училища были Мир-Салих Мирсалимович Бекчурин, Салих-Джан Кукляшев и Искандер Батыршин, которые затем преподавали в училище восточные языки. Бекчурин составил несколько учебников, среди которых наиболее известно «Начальное руководство к изучению арабского, персидского и татарского языков с наречиями бухарцев, башкир, киргизов и жителей Туркестана»[31]. Бекчурин также явился автором «Нового самоучителя татарского языка»[32] и казахского букваря. Батыршин служил драгоманом в Оренбургской пограничной комиссии, в 1858 г. в качестве переводчика участвовал в составе военно-дипломатической миссии Генерального штаба полковника Н. П. Игнатьева в Хиву и Бухару. Кукляшев по окончании филологического факультета (разряд восточной словесности) Казанского университета был назначен в 1836 г. в Оренбургское Неплюевское военное училище преподавателем арабского и персидского языков. Продолжительное время служил в составе Оренбургской пограничной комиссии переводчиком восточных языков. Известен как составитель татарской хрестоматии и словаря[33].
Подготовка переводчиков и толмачей в Неплюевском военном училище продолжалась без особых изменений до преобразований, внесенных в деятельность училища Оренбургским военным губернатором П. П. Сухтеленом. В сентябре 1831 г. он поднял вопрос об изменениях как самого Положения об училище, так и его организации. В основу реорганизации были положены соображения, изложенные Г. Ф. Генсом в рапорте к П. П. Сухтелену (21 августа 1830 г.), в котором он считал программу училища несколько перегруженной и предлагал точнее сформулировать ее цели. Генс, назначенный 1 января 1825 г. председателем Оренбургской Пограничной комиссии (с оставлением в должности директора училища), высказался за расширение программы подготовки переводческих кадров для нужд Оренбургского края. Генс отмечал в этой связи: «Пограничная комиссия, имея их весьма ограниченное число, должна употреблять в сей должности людей разного сословия, недостаточного образования и, кроме всего, за редким исключением, магометан, на которых не всегда можно положиться, особенно в делах тайных»[34].
Основываясь на предложениях, высказанных Г. Ф. Генсом, П. П. Сухтелен в конце декабря 1831 г. направил в Совет о военно-учебных заведениях предложения по усовершенствованию учебной программы училища. Сухтелен предлагал сделать подготовку кадров более специализированной, в связи с чем считал необходимым разделить училище на два отделения восточное и европейских наук. В первом отделении должны были обучаться «дети азиатцев и иноверцев», во втором «русские, которые желают обучаться восточным языкам».
Новый проект училища и штаты были Высочайше утверждены 6 декабря 1840 г. По новому проекту, училище было выведено из подчинения Оренбургского генерал-губернатора и переподчинено Главному управлению военно-учебных заведений. Основные изменения затронули порядок преподавания европейских и восточных языков: было образовано два отделения восточных и европейских языков. На восточном отделении при сохранении прежнего набора изучаемых языков произошло увеличение учебного времени, выделяемого для их изучения. В нижнем классе на изучение татарского языка отводилось в неделю двенадцать часов, в среднем классе восемь и в верхнем (офицерском) классе десять часов. Количество часов, отводимых на арабский и персидский языки, для всех трех классов было одинаковым по пять часов в неделю. На отделении европейских языков вводилось преподавание французского и немецкого языков. На обоих отделениях преподавался русский язык, но на восточном отделении на него выделялось в два раза больше учебного времени. Кроме того, в программе восточного отделения отсутствовали такие предметы, как фортификация и артиллерия. Других существенных изменений учебная программа Неплюевского военного училища не претерпела и продолжала действовать вплоть до 1854 г., когда была введена новая программа. Окончившие восточное отделение прикомандировывались по линии пограничного управления в Оренбургском крае для занятия должностей, на которых было необходимо знание восточных языков.