Кроме того, в середине августа в Особый отдел ВЧК пришла учительница и сообщила, что к директору 74-й московской школы А. Д. Алферову часто приходят подозрительные лица. Ф. Э. Дзержинский распорядился установить за зданием школы наружное наблюдение.
Вскоре чекисты раскрыли московское отделение «Национального центра». Прямые свидетельства о действовавшем в Москве отделении «Национального центра» были получены в конце июля 1919 г. В это время председателю Слободского уездного исполкома Вятской губернии Н. С. Веселкову сообщили, что через деревни северного района уезда к Вятке пробирается подозрительный человек в поношенной шинели, который щедро платит крестьянам за подводы. Веселков распорядился немедленно задержать неизвестного. Вскоре ему позвонил начальник милиции Слободского уезда А. И. Бржоско и сообщил о задержании проезжего. Им оказался П. П. Крашенинников, который признался, что по заданию колчаковской разведки ехал в Москву. При обыске у него изъяли оружие и около миллиона рублей, а затем переправили во внутреннюю тюрьму ВЧК. Таким образом, в руках ВЧК оказалась нить, которая привела к центру заговорщиков в Москве.
Кроме того, в середине августа в Особый отдел ВЧК пришла учительница и сообщила, что к директору 74-й московской школы А. Д. Алферову часто приходят подозрительные лица. Ф. Э. Дзержинский распорядился установить за зданием школы наружное наблюдение.
В результате проведенного наблюдения, а также благодаря материалам, полученным Особым отделом, ВЧК удалось выявить, что в помещении школы находится явочная квартира «Национального центра», куда приходят курьеры от Колчака и Деникина.
В ночь на 29 августа 1919 г. чекисты начали операцию по ликвидации «Национального центра» в Москве. Ф. Э. Дзержинский лично арестовал руководителя этого центра Н. Н. Щепкина, а член коллегии ВЧК В. А. Аванесов содержателя нескольких явочных квартир А. Д. Алферова. Во время обыска чекисты обнаружили документы о стратегических планах советского командования, дислокации и вооружении частей Красной Армии.
Вслед за «Национальным центром» ВЧК раскрыла тесно связанную с ним белогвардейскую военную организацию, во главе которой стоял «Штаб добровольческой армии Московского района». Организация готовила вооруженное восстание в Москве. В течение 19 и 20 сентября сотрудники ВЧК совместно с красноармейцами и рабочими столичных заводов арестовали около 700 участников военной организации, главным образом, бывших кадровых офицеров.
В ноябре 1919 г. органы ВЧК нанесли сокрушительный удар по шпионской организации, руководимой английским резидентом Полем Дюксом. Самого Дюкса в это время в Петрограде уже не было после ареста участников петроградского отделения «Национального центра» он сбежал в Англию. Руководила организацией эсерка Н. В. Петровская.
Одновременно с раскрытием организации П. Дюкса чекистам удалось ликвидировать связанную с ним резидентуру французской разведки. Петроградская ЧК совместно с Особым отделом 7-й армии арестовала французского резидента Э. В. Бажо и участников возглавляемой им шпионской организации.
В феврале 1920 г. ВЧК арестовала группу контреволюционеров, в том числе профессоров Н. Н. Виноградова, С. А. Котляровского и других. На допросе они показали, что являлись членами руководящего контрреволюционного подпольного объединения, именуемого «Тактический центр». На основе их показаний были установлены и арестованы руководители «Тактического центра» Д. М. Щепкин, С. М. Леонтьев, С. Е. Трубецкой и С. П. Мельгунов.
Осенью 1919 г. органы ВЧК занимались не только борьбой с контрреволюцией и шпионажем, но их усилия были направлены и на преодоление хозяйственной разрухи в стране. В это время на ВЧК была возложена задача оказать помощь партийным и советским органам в преодолении топливного кризиса, который грозил парализовать промышленность и транспорт.
Вопрос о борьбе с топливным кризисом несколько раз обсуждался на заседаниях коллегии и Президиума ВЧК. Всероссийская чрезвычайная комиссия наметила конкретные меры, предусматривавшие участие чекистских органов в топливной кампании. Транспортные ЧК производили учет топлива, скопившегося у железных дорог, организовывали погрузку заготовленных дров и их отправку в города. Они привлекали к ответственности должностных лиц, допускавших злоупотребления в заготовке, транспортировке и распределении топлива, а также граждан, уклонявшихся от трудовой повинности.
В период решающих боев на фронтах Гражданской войны органы ВЧК продолжали бороться со спекуляцией. Так Московская чрезвычайная комиссия раскрыла крупные злоупотребления в мастерских военного оборудования, обнаружила тайные склады товаров, разоблачила спекулянтов золотом и серебром. С мая по август 1919 г. отделения МЧК по борьбе со спекуляцией расследовали 60 крупных и множество мелких дел. Только за один месяц было конфисковано около 2 млн рублей.
Наряду с борьбой против контрреволюции и спекуляции, за преодоление хозяйственной разрухи, чекистские органы в 19191920 гг. выполняли и другие важные задания Советского правительства. В это время ВЧК была привлечена к борьбе с эпидемиями, которые на почве голода, отсутствия медикаментов, мыла и белья разрастались до небывалых размеров. Только от тифа в 19191920 гг. погибло больше людей, чем на фронтах Гражданской войны. 8 ноября 1919 г. Совет обороны образовал Особую Всероссийскую комиссию по улучшению санитарного состояния страны. В нее входили В. И. Ленин, Ф. Э. Дзержинский, нарком здравоохранения РСФСР Н. А. Семашко и другие.