В 18791881 гг. ряд успешных террористических актов был совершен представителями организации «Народная воля», что вынудило Александра III заменить руководство органов политического сыска. Инспектором политической полиции и начальником Петербургского охранного отделения в 1882 г. был назначен ротмистр корпуса жандармов Г. П. Судейкин.
Возглавив политический сыск, Судейкин принял меры по внедрению агентуры полиции в революционные кружки и группы народников. В 1883 г. с помощью завербованного агента С. Дегаева Петербургскому охранному отделению удалось выявить и ликвидировать группу народовольцев, занимавшуюся на частной квартире производством динамита, а также арестовать находившуюся на нелегальном положении члена Исполкома «Народной воли» В. Н. Фигнер.
В период с 28 марта по 5 апреля 1883 г. в Петербурге состоялся судебный процесс по делу арестованных народовольцев («Процесс семнадцати»). Шестеро членов группы были приговорены к смертной казни, остальные к каторге и ссылке в Сибирь.
Следующим успехом Г. П. Судейкина стала ликвидация типографии «Народной воли», располагавшейся в г. Одессе. Однако вскоре, в декабре 1883 г., он был убит народовольцами.
К середине 1880-х гг. учреждениям политического сыска в основном удалось ликвидировать террористические группы народовольцев. Наиболее видные деятели движения были казнены или находились в тюрьмах и ссылках. В силу этих обстоятельств центр революционной активности переместился с территории России за границу, куда уехали уцелевшие народовольцы.
В этот период за границей начинают образовываться и первые социал-демократические группы, в том числе группа «Освобождение труда» во главе с Г. В. Плехановым. Соответственно изменившимся обстоятельствам Департамент полиции уделяет все больше внимания контролю за российской революционной эмиграцией во Франции, Швейцарии, Германии и некоторых других странах. Весной 1884 г. в Париж для заведования заграничной агентурой был направлен бывший помощник Судейкина П. И. Рачковский.
На территории собственно Российской империи на протяжении второй половины 1880-х 1890-е гг. имели место отдельные покушения революционеров на представителей власти, но в целом этот период был более спокойным в плане террористической деятельности. Неудачей закончилась подготовка к убийству Александра III, назначенному на 1 марта 1887 г. Полиции удалось предотвратить террористический акт и 15 членов кружка, в том числе А. И. Ульянов, были арестованы и преданы суду.
Ведущую роль в борьбе с остатками групп народников играло Московское охранное отделение во главе с С. В. Зубатовым. В 1894 г. оно разгромило партию «Народное право» М. А. Натансона и раскрыло ее типографию в Смоленске. В Москве был выявлен террористический кружок студента Распутина, поставивший целью убийство Николая II во время приезда царя в этот город на коронационные торжества.
В 1900 г. С. В. Зубатов и его подчиненные активно работали по «Рабочей партии политического освобождения России». В конечном итоге сотрудникам политического сыска удалось арестовать в северо-западных губерниях России ряд активных членов партии, а также захватить ее минскую типографию.
Удары, нанесенные полицией по революционерам были весьма ощутимыми. Но Департаменту полиции МВД не удалось остановить рост революционного движения и возникновение новых политических партий. В 1897 г. возник «Всеобщий еврейский рабочий союз в Литве, Польше и России» («Бунд»), объединивший все еврейские социал-демократические группы. В 1898 г. в Минске состоялся съезд, на котором была образована «Российская социал-демократическая рабочая партия» (РСДРП). В январе 1902 г. за границей официально была образована «Партия социалистов-революционеров» с центральным печатным органом «Революционная Россия» и девизом «В борьбе обретешь ты право свое!» Наблюдая за попытками социал-демократов встать во главе рабочего движения, начальник Московского охранного отделения С. В. Зубатов пришел к идее создания лояльного царскому правительству мирного профессионального рабочего движения. Такая «легализация» рабочего движения получила впоследствии название «зубатовщины».
В Москве был образован ряд рабочих кружков, где проводились соответствующие лекции и занятия. Одновременно, зная через агентуру о реальном положении на фабриках и заводах, охранное отделение приходило на помощь рабочим в случае несправедливых действий администрации. На 1902 г. пришелся расцвет зубатовских организаций в Москве. 22 февраля они устроили 45 тысячную манифестацию с возложением венка к памятнику царю «освободителю» Александру II.
Аналогичные «общества» были созданы в начале 1903 г. в Санкт-Петербурге и Одессе. Однако «легализация» в Одессе закончилась летом 1903 г. большой забастовкой, в которой приняли участие главным образом сорганизованные полицией рабочие. Этот провал, наряду с некоторыми другими обстоятельствами, стал причиной увольнения С. В. Зубатова из политической полиции.
Отказавшись от «легализации», охранные отделения на местах стали прибегать в борьбе с революционным движением к двум основным методам. Суть первого из них заключалась в том, что революционной организации давали сплотиться, а затем ликвидировали ее, чтобы дать прокуратуре как можно больше доказательств виновности ее членов. Второй метод сводился к нанесению систематических ударов по революционным кругам, чтобы мешать их работе, не давать сорганизоваться, то есть действовать в основном на упреждение. Сторонниками последнего метода являлись А. В. Герасимов, А. И. Спиридович и некоторые другие видные деятели политического сыска.