Ок. 222 г. по просьбе Амвросия появляются на свет первые Комментарии на Псалмы, доведенные Оригеном до Пс. 25. Затем он в подражание Клименту сочиняет Строматы первый очерк своих богословских воззрений, повлекший за собой неудовольствие александрийского епископа и его клира новыми идеями, особенно в отношении телесного воскресения камня преткновения для образованной аудитории: Ориген считал слишком примитивным представление о воскресении плоти по образу нынешнего земного тела. Отвечая на последовавшую критику, Ориген пишет специальное сочинение О воскресении в виде вопросов и ответов.
Занявшись писательским трудом, он преобразует огласительное училище Александрии в двухступенчатое учебное заведение по типу философских школ. Вводную философскую подготовку он поручает своему ученику Ираклу, а за собой оставляет высшую ступень обучения «истинной премудрости». В автобиографическом письме, на которое ссылается Евсевий[14], Ориген объяснил необходимость этого преобразования большим наплывом учеников и невозможностью совмещать преподавание с писательской деятельностью. Однако среди дополнительных причин для такого шага скорее можно предположить желание Оригена работать с более просвещенной и подготовленной аудиторией, способной воспринимать его идеи.
Одна из этих идей коренилась в ответе на главный вопрос гностицизма о происхождении зла. Будучи последовательным защитником единственности Божественного начала, с одной стороны, и свободы воли тварных духов с другой, Ориген утверждал первичную благость и равенство всех творений Благого Бога и последовавшее за свободным выбором зла неравенство духов и их разной степени отпадения от Бога. То, что было привычно для иудейской и христианской мысли о мире ангелов и демонов, Ориген распространил на все разумные духи, включая души людей. Таким образом, им была заимствована платоновская мысль о предсуществовании человеческих душ и последующем вселении их в тела в соответствии со степенью свободно выбранного зла. Сообразно этому для всех духов, включая также и демонов, должна быть предусмотрена возможность восстановления в первоначальное состояние. Этому посвящены сочинение О природах и зафиксированный скорописцами Диалог с Кандидом, гностиком, утверждавшим изначально злую природу диавола и невозможность его спасения. Даже если Ориген не утверждал, что диавол должен спастись, но лишь допускал такую возможность, ему импонировало развитие идеи I Кор. 15, 28 о конечном воссоединении всего в Боге. Это входило в противоречие с учением Христовым о вечном огне, уготованном диаволу и ангелам его (Мф. 25, 41), и давало весомый повод его недоброжелателям обвинять его в ереси.
Продолжая экзегетическую деятельность, Ориген истолковывает Плач Иеремии как аллегорию отпадения человеческих душ от первоначального достоинства и надежды на восстановление, а в 228229 гг. начинает Комментарии на Бытие книгу Св. Писания, которая была наиболее трудна для восприятия ее образованными эллинами, но чрезвычайно важна для христианского мировосприятия в целом. Приступая к толкованию первой книги Св. Писания, Ориген подчеркивал исследовательский характер своей работы, отказываясь от абсолютности своих суждений по тем или иным вопросам[15]. Согласно фрагменту, сохраненному отцами-каппадокийцами в Филокалии Оригена (выборка наиболее понравившихся отрывков из разных произведений великого Александрийца на темы толкования Св. Писания (гл. 120) и свободы воли (гл. 2127)), Ориген разрабатывал в этих Комментариях буквальное толкование, апеллируя к грамматической науке[16]. Здесь же, судя по другим сохранившимся фрагментам, он начал активно применять аллегорический метод в отношении ветхозаветной истории, что затем будет повторено и в публикуемых нами Гомилиях на Бытие.
Знакомство читателей с первыми томами Комментариев на Бытие породило обвинения в адрес их автора в отрицании историчности Писаний. Ориген счел необходимым приостановить работу над Бытием и более подробно изложить систему своих воззрений в трактате О Началах (229230). Если первые три книги трактата посвящены общим положениям, среди которых особо выделяется тема допустимости свободного исследования вопросов, которые не имеют однозначного выражения в Писании (Ориген перечисляет все инкриминируемые ему вопросы: о моменте возникновения души, о судьбе демонов, о будущем веке), то четвертая книга полностью посвящена принципам толкования Св. Писания. Какие-то из излагаемых им суждений Ориген считает весьма близкими к истине, другие не более чем гипотезами.
Молва об учености Оригена стремительно росла и выходила за пределы Египта. Сначала правитель провинции Аравия обратился с письмами к префекту Египта и епископу Александрии с просьбой отпустить к нему на некоторое время Оригена. Это путешествие произошло после 225 г. Затем в 229230 гг., после пресвитерской хиротонии Иракла, Ориген по следам Климента посещает Палестину, где встречает весьма теплый прием со стороны епископов Иерусалимского Александра и Кесарийского Феоктиста: ему, еще мирянину, было дозволено проповедовать в их присутствии. Зимой 231232 гг. Ориген получает приглашение Юлии Маммеи, матери императора Александра Севера, в Антиохию, где он держал спор о христианской вере и где ему были оказаны большие почести.