С этих позиций жизненное шествие Я.А. Пономарева дифференцируется на следующие ключевые этапы.
1. Дошкольный этап (19201927 гг.) начала формирования его личности пришелся на трудное для страны в социально-политическом плане время перехода от гражданской войны к НЭПу. Однако родившийся в зажиточной семье главного бухгалтера крупного завода ребенок развивался в благоприятных условиях семейного воспитания с гувернерами, обучавшими его иностранным языкам и музыке, что способствовало раскрытию разнообразных способностей.
2. Школьный этап (19281939 гг.): в непростых условиях сталинских репрессий блестящий ученик был одержим самовоспитанием своего ума и характера, занимался спортом (имел разряды по боксу и шахматам), интересовался наукой и искусством посредством интенсивного самообразования. В 1939 г. поступил в ИФЛИ.
3. Военный этап (19391946 гг.): мужественное участие в боях с фашистами прервалось окружением воинской части и его пленением, побегом из плена и вновь длительным пленением.
4. Университетский этап (19461951 гг.) он учился сразу на двух факультетах МГУ: физическом и философском, где под руководством П.Я. Гальперина и А.Н. Леонтьева специализировался по психологии мышления.
5. Философско-методологический (19521956 гг.) этап: он участвовал в философском кружке А.А. Зиновьева и методологическом Г.П. Щедровицкого (ММК), работая экскурсоводом и зопсихологом в театре зверей «Живой уголок им. Дурова» и экспериментируя с решением творческих задач.
6. Историко-научный (19571961 гг.) этап: он изучал историю и традиции исследования продуктивного мышления и современную психологию, работая научным редактором отдела педагогики и психологии в Издательстве АПН РСФСР. Здесь вышли его первые психологические и философские статьи. В 1958 г. он защитил кандидатскую диссертацию «Исследование психологических механизмов творческого (продуктивного) мышления» и издал в 1960 г. по ее результатам первую в послевоенной науке монографию по психологии творчества [16]. Параллельно он в 19591960 гг. подготовил к печати в обобщение 40-летних достижений советской психологии двухтомник статей ведущих ученых «Психологическая наука в СССР».
7. В психолого-педагогическом этапе (19611966 гг.) он в лаборатории младшего школьника (во главе с Д.Б. Элькониным) ПИ РАО разработал собственную научно-исследовательскую программу изучения умственного развития и теорию его онтогенеза как становления «внутреннего плана действий» (ВПД).
8. В науковедческом этапе (19661973 гг.) он в секторе проблем научного творчества (во главе с М.Г. Ярошевским) в ИИЕиТ АН СССР изучал психологические проблемы экспериментального моделирования научно-творческого мышления, сотрудничая с системными методологами (Н.Г. Алексеевым, И.Н. Семеновым, Э.Г. Юдиным). В 1972 г. Я.А. Пономарев защитил докторскую диссертацию «Проблемы психологии творчества».
9. В системно-психологическом этапе (19731978 гг.) он в ИП АН СССР выстроил системную концепцию психологии творчества и по заданию Б.Ф. Ломова руководил методологическим семинаром, где обсуждались будущие диссертационные исследования аспирантов и докторантов.
10. В секционный этап (19781991 гг.) он, участвуя в ряде НИР ИПАНа, руководил (совместно с Н.Г. Алексеевым, И.Н. Семеновым) Всесоюзной секцией «Психология творчества» в Обществе психологов СССР [1; 58], где обсуждались доклады ведущих специалистов по творчеству и изданы 3 коллективных монорафии. Далее он руководил (с А. Саариненом) советско-финским симпозиумом по психологии творчества и по заданию Б.Ф. Ломова философ-психолог Я.А. Пономарев разработал междисциплинарный Словник «Большой психологической энциклопедии», организовав подготовку для нее ряда статей по основным научным направлениям человекознания.
11. В академический этап (19921997 гг.) он продолжил свою научно-профессиональную деятельность: познавательную (с аспирантами: Д.В. Ушаковым, Ч.М. Гаджиевым, Т.В. Галкиной, Л.М. Поповым и др.), секционную (с И.С. Ладенко, И.Н. Семеновым, С.Ю. Степановым) и даже художественную (авторскую). В итоге он избирается почетным академиком РАО.
С учетом анализа и обобщения наследия Я.А. Пономарева всю его научную деятельность по созданию такой новой общепсихологической области, как «психология творчества», можно в целом представить как следующую многоуровневую философско-психологическую систему. Исходный ее социокультурный уровень образуют проведенные в ИИЕиТ Я.А. Пономаревым историко-научные изыскания в области зарождения и развития философско-психологических исследований творчества в российской культуре и науке. Базальный уровень составляют философско-гносеологические основания изучения Я.А. Пономаревым творчества, исходя из онтологии психического. Разработанный им структурно-уровневый подход к изучению взаимодействия теоретической и прикладной областей психологической науки был построен в ИП РАН в виде концепции методологии современной психологии. Над этим методологическим уровнем надстраиваются: теоретический уровень концепции механизмов и закономерностей творчества, эмпирический уровень экспериментального исследования феноменологии творчества, прикладной уровень прагматического использования достижений психологии творчества в социальной практике и институциональный уровень подготовки и развития специалистов по психологии творчества посредством таких институций, как секция «психология творчества» при Обществе психологов и аспирантура ИП АН. В результате разносторонних исследований Я.А. Пономарева проблем психологии творчества его научная деятельность осуществлялась в различных предметных направлениях, взаимодействие которых в трудах Я.А. Пономарева составило его философско-психологическую систему творчества.