Хотя, сам монастырь всегда был небольшим, и братии в нем как тогда, так и сейчас насчитывалось не больше сорока человек, он сразу полюбился москвичам. В смутное время он, правда, порядком захирел, но при Романовых туда зачастила царевна Екатерина Алексеевна, сестра Петра I. Благодаря её усилиям и помощи в конце XVII века возвели второй «Большой» собор с полубашнями по частям света чертой уже нарышкинского барокко и богатым восьмиярусным иконостасом работы мастеров Оружейной палаты и росписями кисти Клаудио. Медные погребальные плиты в его полу памятуют о князьях Грузинских. А в подклетье, в Сретенской церкви похоронены имеретинский царь Арчил, его родственники, грузинские и греческие священники.
Тогда же на пожертвования богомольной и очень богатой семьи Кирилловых монастырь окружили мощными каменными стенами с двенадцатью башнями.
Правда, не очень религиозный Петр I повернул процветание обители себе на пользу и обложил его военной податью: вскладчину с Троице-Сергиевой Лаврой монастырь строил для царя военный корабль.
Оставаясь царским богомольем, веком позже от вдовы царя Ивана V обитель получила Тихвинскую церковь, а позже колокольню с церковью святых Захария и Елисаветы над западными воротами, больницу и дом настоятеля. Со временем в Донском открыли духовное училище и иконописную мастерскую.
Появились здесь и фамильные церкви-усыпальницы: при больнице открыли храм Архангела Михаила, усыпальницу князей Голицыных, где нашла упокоение и старая княгиня, выведенная в «Пиковой даме». Над могилами старинного дворянского рода графов Зубовых появилась церковь-ротонда во имя Александра Свирского. Над усыпальницей купцов Первушиных церковь Иоанна Златоуста. А генерал-майор Терещенко отстроил в обители фамильную церковь Иоанна Лествичника.
Здесь, в Большом соборе разыгрался и последний акт трагедии во время чумного бунта в средине XVIII столетия. Во время эпидемии одному юродивому привиделось, что от избавления от чумы надо выказать особое почитание иконе Боголюбской Божьей Матери, что у Варварских ворот. Народ хлынул к святыне, умножая число зараженных. Тогда архиепископ Московский Амвросий, чтобы рассеять опасную толпу, повелел перенести икону в храм Кирилла и Иоанна на Солянке, а деньги, собранные на общую свечу сдать в консисторию. С криками «Богородицу грабят» разгневанная толпа бросилась искать архиепископа и, обнаружив его на службе в Донском монастыре, выволокла из храма и тут же, под колокольней, забила до смерти.
Еще раз обитель засветилась в истории, когда французы в войну 1812 года хотели устроить императору Бонапарту резиденцию именно в Донском. Но Наполеону обитель не приглянулась, он остановился в Кремле, а расквартированные солдаты грабили её несколько дней. Говорят, что, отступая, один из солдат отколол даже руку от прекрасной статуи плакальщицы. Зато из-за французского гарнизона пожар, выкуривший врагов из Москвы, обошел обитель стороной. Позже, на пожертвования атамана Донского казачьего войска графа Матвея Платова обитель восстановили.
На монастырском кладбище тогда появилось много могил героев войны. Впрочем, обширный монастырский исторический некрополь единственный сохранившийся на территории старой Москвы требует отдельного рассказа. Ведь здесь наши свой последний приют и мыслитель Петр Чаадаев, про которого Осип Мандельштам сказал, что это первый русский, идейно побывавший на западе и нашедший дорогу обратно. И знаменитая Салтычиха (помещица Дарья Салтыкова), прозванная Екатериной II «уродом рода человеческого».
После революции в обители, как водится, обосновалась колония для несовершеннолетних преступников, подотдел по борьбе с огородными вредителями (привет от товарища Шарикова из «Собачьего сердца» Михаила Булгакова), автобаза и антирелигиозный музей. А «Общество любителей кремации» (вернее «Общество развития и распространения идеи кремации в РСФСР») выбило себе часть монастыря с храмом Серафима Саровского и Анны Кашинской под крематорий. Троцкий назвал это нововведение «кафедрой безбожия». Крематорий бесперебойно проработал до 70-х годов, а потом остался «только для избранных» покойников там кремировали членов Политбюро ЦК КПСС.
Еще одна важная страница истории Донского монастыря связана со временем, когда сюда в 1922 году сослали арестованного Патриарха Тихона (Белавина) первого после 200-летнего перерыва главу российской церкви. Это был страшный период гонений на церковь, убийства священников.
Еще одна важная страница истории Донского монастыря связана со временем, когда сюда в 1922 году сослали арестованного Патриарха Тихона (Белавина) первого после 200-летнего перерыва главу российской церкви. Это был страшный период гонений на церковь, убийства священников.
На трех возможных местоблюстителей патриарха велась настоящая охота. Покушались и на самого Патриарха, но ночью по ошибке зарезали его верного келейника Якова Полозова. Когда-то Яков уехал в Америку в поиск лучшей доли и встретился там с Тихоном, который в то время возглавлял американскую иерейскую кафедру в Нью-Йорке. С ним Яков вернулся домой и больше не расставался до последнего своего мученического часа.