В отличие от флоры, фауна острова всегда была бедной и представлена в основном дикими свиньями, собаками, летучими мышами, змеями, ящерицами и крысами; на берегах моря и стекавших с холмов речушек можно было встретить крабов и черепах.
Поскольку остров лежит в тропической зоне, средняя годовая температура на нем колеблется между 25º и 26º тепла. Самым «прохладным» месяцем считается январь: в это время температура опускается в среднем до 23º С. Большую часть года остров находится во власти северо-восточного пассата, и только в период с августа по октябрь здесь преобладают переменные ветры. В декабре и январе зачастую дуют северные ветры (норды), сопровождающиеся значительным охлаждением воздуха и затяжными дождями. В пору затишья пассата наступает сезон ураганов. Зародившись в районе Барбадоса, а иногда и на берегах Африки, ураганы стремительно несутся в западном направлении в сторону Мексиканского залива и Флориды, после чего поворачивают на север и северо-восток. Два дождливых сезона приходятся на апрель-май и октябрь-январь, сухие сезоны на февраль-март и июль-август.
Впервые европейцы познакомились с Тортугой во время первой экспедиции в Новый Свет великого генуэзского мореплавателя Христофора Колумба. О том, как это произошло, дает представление копия «Дневника первого путешествия», составленная в середине XVI века испанским монахом-летописцем Бартоломе де Лас Касасом:
«Четверг, 6 декабря [1492 г.]. На рассвете адмирал находился в четырех лигах от бухты, которую он назвал «Бухтой Марии». В направлении на юг, четверть к юго-западу, виден был красивый мыс, который он назвал «мысом Звезды» (Cabo de Estrella) На востоке, милях в 40, показалась другая земля видимо, небольшой остров. В 54 милях на восток, четверть к юго-востоку, виднелся очень красивый мыс, названный адмиралом «Слоновым» (Cabo de Elefante). Еще один мыс, которому было присвоено наименование мыса Синкин, лежал на востоко-юго-востоке в 28 милях от кораблей.
На юго-востоке берег прерывался; возможно, то была река, и казалось, что в милях 20 от этого места, между мысами Слоновым и Синкин, открывался широчайший проход. Некоторые моряки различали на его противоположной стороне нечто вроде острова, который адмирал назвал «Тортуга» (Черепаха)».
Христофор Колумб. Неизвестный художник.
В последующие дни в дневнике Колумба появилось еще несколько записей о Тортуге:
«Вторник, 11 декабря. Адмирал не мог выйти из бухты (гавань Зачатия на северном побережье острова Гаити, названого Колумбом Эспаньолой. В.Г.), так как все еще удерживались северо-восточный и восточный ветры. Как раз против бухты расположен был остров Тортуга. Он казался очень большим, почти таким же, как Эспаньола. Берег острова Тортуга шел почти в том же направлении, что и берег Эспаньолы, от одного до другого было, может быть, самое большее 10 лиг, считая от мыса Синкин до выступа острова Тортуга, лежащего к северу от Эспаньолы».
«Пятница, 14 декабря. Под ветром, дующим с суши, адмирал вышел из бухты Зачатия, но вскоре ветер стих: подобное он испытывал в этих морях ежедневно. Через некоторое время подул восточный ветер, и адмирал пошел к северо-северо-востоку. Он приблизился к острову Тортуга и приметил мыс, названный им мысом Ноги (Punta Pierna) и расположенный в 12 милях к востоко-северо-востоку от западной оконечности острова. Отсюда он увидел другой мыс в том же направлении которому он дал имя Острый мыс (Punta Aguda), и оттуда он увидел еще один мыс, который назвал мысом Копья (Punta Lançada).
«Пятница, 14 декабря. Под ветром, дующим с суши, адмирал вышел из бухты Зачатия, но вскоре ветер стих: подобное он испытывал в этих морях ежедневно. Через некоторое время подул восточный ветер, и адмирал пошел к северо-северо-востоку. Он приблизился к острову Тортуга и приметил мыс, названный им мысом Ноги (Punta Pierna) и расположенный в 12 милях к востоко-северо-востоку от западной оконечности острова. Отсюда он увидел другой мыс в том же направлении которому он дал имя Острый мыс (Punta Aguda), и оттуда он увидел еще один мыс, который назвал мысом Копья (Punta Lançada).
От западной оконечности Тортуги до Острого мыса было 44 мили, или 11 лиг, и берег все время шел к востоко-северо-востоку. На пути встречались значительные песчаные пляжи. Тортуга высокий, но не гористый остров. Этот остров очень красив и населен точно так же густо, как Эспаньола. Земли везде на нем возделанные и напоминают они долину Кордовы».
Французский писатель Жорж Блон в своей научно-популярной книге «История флибустьерства» (в русском переводе «Флибустьерское море») выразил сомнение в том, что в момент открытия Тортуги экспедицией Колумба этот небольшой остров имел многочисленное индейское население:
«Никто не упоминает, был ли этот остров обитаем во времена, когда его заметил Колумб; вполне возможно, какие-то индейцы жили там, без особых трудов добывая себе пропитание благодаря поразительно плодородной почве и обильным дарам океана».
В действительности, как видно из записи от 14 декабря 1492 года, остров был «населен точно так же густо, как Эспаньола».