29 сентября дети с матерью эвакуируются из Харькова. Семья прожила в эвакуации два с половиной года, поменяв несколько мест. Последним таким местом для Марлены был Златоуст. Это был небольшой провинциальный городок, «пыльный, грязный, без зелени». Сразу же по приезду Марлена устраивается ученицей на работу в экспресс-лабораторию 2-ого сталелитейного цеха. После двухмесячного ученического стажа Марлена становится лаборантом. В ноябре 1942 года она решила продолжать учебу в школе. Чтобы совмещать работу и учебу, пришлось попроситься работать в ночную смену, и ей предложили перейти в препараторный отдел. Из воспоминаний: «Пальцы мои закалились до того, что я не обжигалась, хватая горячее с плиты. Поспав дома часа два, я шла в школу, и очень редко выкраивалось время поспать вечером. Я помню очень туманно какой-то холерический период без сна и без особых страданий по этому поводу». В то время она уже регулярно писала стихи.
В феврале-марте 1944 года семья возвращается в Харьков. Марлена поступила на филологический факультет университета. Первый год учебы проходил прекрасно. Ей легко дается учеба. Ее стихи везде приняты. После занятий Марлена посещает литстудию при Союзе Писателей. Она открывает для себя Пастернака и Ахматову, затем Волошина, Анненского, Андрея Белого и Сашу Черного, Мандельштама и Цветаеву. Окончательно складывается ее стиль. Появляются новые студенческие товарищи. Некоторые стали друзьями М. Рахлиной на всю жизнь это Иосиф Гольденберг, Лариса Богораз, Юлий Даниэль и другие. Ее стихи ценят и хвалят харьковские литераторы: критик Григорий Гельфандбейн, поэты Лев Галкин, Марк Черняков, Игорь Муратов, а в Киеве «старейшина русских поэтов Украины» Николай Ушаков.
На втором году учебы произошла встреча с Борисом Чичибабиным. Прочитав его стихотворения, Марлена сразу поняла, что судьба свела ее с настоящим, талантливым поэтом. Очень скоро они стали очень близкими друзьями, не расставались. Борис был влюблен, собирался жениться, готовился сдать экзамены за два года, чтобы дальше учиться вместе.
Летом Бориса арестовали. У Марлены началась новая жизнь. Она пыталась выручить его, надеялась на заступничество литераторов, но те были бессильны ей помочь. Тогда она пошла в КГБ с наивной надеждой, что там разберутся и поймут, что арестовали честного комсомольца. Бориса увезли в Москву. В 1946 году Чичибабин получает за стихи 5 лет Вятлага. Почти все друзья и знакомые старались обойти ее стороной. К ней домой приходили только Иосиф Гольденберг и Станислав Славич. А она, вопреки уговорам родителей, боявшихся за судьбу дочери, трижды ездила к Борису в лагерь.
Настал новый учебный год. Он принес другую беду в жизнь Марлены. Начались гонения на писателей и поэтов. В газетах напечатали постановление ЦК ВКП(б) «О журналах Звезда и Ленинград» (1946), ужесточившее идеологический диктат и контроль над советской интеллигенцией, введенной в заблуждение раскрепощающим духом всенародного единства во время войны. Среди них была великий поэт Анна Ахматова. На всех филологических факультетах стали проходить комсомольские собрания, на которых нужно было каяться в «ахматовских грехах». Это было настолько противно и мерзко, что когда очередь доходит до нее, она говорит, что ей не в чем каяться и просит отпустить ее с собрания, мотивируя это тем, что является председателем Литстудии Союза, собрание которой должно начаться через 20 минут. После этого начинается самая настоящая травля. По воспоминаниям брата Феликса, «Её клевали, как могли, перемывая косточки в различных идеологических докладах, вставляя примеры о ней в выступления и статьи. Например, третий секретарь обкома партии Румянцев, характеризуя одно из её стихотворений, утверждал, что автор стремится уйти от жизни куда угодно даже в гарем». Ей припомнили и поездки в лагерь к жениху, «антисоветчику» Б. Чичибабину. Были угрозы исключить из комсомола. Но судьба оказалась благосклонна к ней в этот раз. Травлю прекратил секретарь партбюро университета факультета профессор-генетик Илья Поляков, как будто сказавший: «Да оставьте вы девчонку в покое!».
На 5 курсе Марлена работает над дипломной работой. Тему работы она выбирает сама: «Из наблюдений над языком ранней поэзии Н. А. Тихонова». Руководителем стал замечательный преподаватель, профессор А. М. Финкель. Они становятся друзьями. Эта дружба продолжалась вплоть до смерти профессора. На госэкзамене произошло еще одно столкновение Марлены с советской системой. Марлена не захотела кривить душой и отвечать на билет в соответствии со «спущенной» из ЦК ВКП(б) конъюнктурной новой «партийной» трактовкой истории русской литературы. Скандал замяли, но тройку по русской литературе поставили.
После университета Марлену направили по распределению в село Берестовенька Красноградского района Харьковской области. В сельской школе она проработала два учебных года с 1949 по 1951. Свою работу она очень любила и чувствовала себя человеком, делающим свое дело. Дети отвечали ей взаимностью.
8 августа 1950 года в один день арестовали родителей. Родителей по статье 5810 приговорили к десятилетнему сроку в лагерях, отца за частичную поддержку в 1923 г. на партсобрании троцкистской резолюции, мать за уход с партсобрания по призыву ректора коммунистического университета в Ленинграде сторонника Зиновьева. Наступил еще один переломный этап в ее жизни, когда она остается совсем одна, без помощи и поддержки друзей. С этого момента она решает принципиально не писать стихи. Этот перерыв в творчестве длился до 1956 года.