Вскоре после поражения в Крымской войне 18531856 гг. началось переоборудование нового адмиралтейства в связи с переходом на строительство железных и броненосных судов. План переустройства стал приводиться в исполнение с 1863 г.
Каменные сараи для леса, стоявшие на берегу невы, приспосабливались под судостроительные мастерские. В 1868 г. восточный сарай, построенный в 1837 г., был превращен в мастерскую 1. Внешне здание сохранило прежние классицистические формы, но при этом деревянные перекрытия были заменены на металлические с фонарем верхнего света[29]. Позднее реконструкцию прошел и западный каменный сарай (не сохранился).
К 1880 г. число всех эллингов, мастерских и складских помещений доходило до пятидесяти пяти. Транспортировку материалов между ними обеспечивали рельсовые пути около километра длиной. В 1885 г. установили телефонное сообщение между новым адмиралтейством и Управлением порта. Заводская электростанция на берегу Мойки снабжала электричеством ряд учреждений Морского ведомства. В 1890-х гг. территория предприятия была озеленена: посажены деревья и кусты, устроены клумбы и даже фонтаны[30].
Деятельность Нового адмиралтейства в конце XIX в. направлялась 20-летней программой судостроения, разработанной в 1881 г. По указанию Александра III. Теперь предприятие полностью специализировалось на строительстве броненосцев. В 1895 и 1898 гг. были приняты новые, скорректированные программы судостроения[31].
В этот период строительные работы в Новом адмиралтействе вели: главные инженеры-строители, полковники С.Н. Будзынский и Н.П. Дуткин, старший инженер-строитель Яковлев, инженер-капитан Н.Д. Куторга[32]. В 18901893 гг. ими был возведен Большой каменный эллинг грандиозное сооружение, вошедшее в панораму устья Невы новым акцентом комплекса[33]. Массивное кирпичное однопролетное строение было раскрыто двумя порталами на торцевых сторонах. Фасад, обращенный на Неву, завершался треугольным фронтоном с гербом в тимпане. Гигантский остекленный витраж разбирался при спуске корабля на воду. Позднее этот фасад, по аналогии с противоположным, получил дугообразное очертание. Продольные стороны состоят из мощных пилонов-контрфорсов, между которыми заключены четыре ряда окон. Размеры эллинга: длина 129 метров, ширина 35 метров, высота до низа стропил 25 метров.
13. Большой каменный эллинг. Фото начала ХХ в.
Внутри на уровне 21 метра контрфорсы имеют обрез, на уступах лежат подкрановые балки и короткие рельсы, заделанные одним концом в стену и служащие основой для продольной галереи с перилами, идущей по всей длине помещения. Часть внутреннего пространства перекрыта серповидными фермами с криволинейным поясом, часть треугольными фермами. Для освещения в кровле были сделаны квадратные отверстия с толстыми стеклами (как в старом каменном эллинге), затем, в 1898 г, по проекту Дуткина устроен фонарь верхнего света[34].
К началу ХХ в. Новое адмиралтейство представляло собой тесно застроенную территорию. Западный канал был засыпан, и два острова Ново-Адмиралтейский и Провиантский слились воедино. Лучшей из новых мастерских специалисты считали слесарно-механическую[35].
После сокрушительного поражения на море во время войны с Японией 19041905 гг. важнейшей государственной задачей для России стало возрождение отечественного военно-морского флота. Кораблестроительная структура Петербургского порта все острее нуждалась в реорганизации. В 1907 г. Морское министерство поставило вопрос о выделении судостроительного производства из состава порта. С января 1908 г., согласно повелению Николая II, приказом по Морскому министерству верфи Нового адмиралтейства и Галерного острова в устье Фонтанки были объединены в общее предприятие под названием «Адмиралтейский судостроительный завод»[36].
Две части объединенного завода разделяла обширная территория, омываемая Невой и Пряжкой и включавшая Матисов остров с участком Общества Франко-Русских заводов, Сальный буян и Калинкинские провиантские магазины. Руководство Адмиралтейского завода запланировало генеральную реконструкцию и модернизацию комплекса. Специальная комиссия, делопроизводителями которой были инженер Н.И. Дмитриев и товарищ Морского министра Н.И. Колпычев, рассмотрела «несколько вариантов перестройки Нового адмиралтейства, но все они после подробного и всестороннего обсуждения были признаны невыгодными с нашей точки зрения»[37].