В 1591 г. для приказов было построено новое каменное здание П-образной формы. Его можно видеть на первом подробном плане Московского кремля (т. н. Кремленаград), который принято датировать самым началом времени правления Бориса Годунова. На плане под цифрой 10 обозначено само каменное здание приказов, под цифрой 11 каменная палата Посольского приказа, стоявшая неподалеку, а также под цифрой 7, как обозначено на примечании к плану Rosbono pricaes, Tribunal aut Ius grassatorum («Разбойный приказ трибунал или суд разбойников» А. В.). Однако, скорее всего, по недосмотру составителя плана цифру 7 не успели нанести на план, так что о местонахождении приказа приходится судить исходя из более поздних источников. Причем сам факт вынесения Разбойного, как и Посольского, приказа в примечаниях к плану отдельной цифрой говорит нам о том, что они имели каждый отдельное свое собственное помещение.
На плане здания приказов 6070 гг. XVII в. канцелярия Разбойного приказа и его Черная палата (тюрьма) занимали крайнюю часть первого этажа дальнего крыла (считая от колокольни Ивана Великого). Рядом с Разбойным приказом стояла его изба, в конце которой располагался вход в данный приказ. Неподалеку от избы находилось еще одно здание (в нем помещались Скорняшная палата и Новая четь), стоявшее у самого Архангельского собора. Таким образом, эта изба была напротив каменных палат Посольского приказа, поблизости от юго-восточного угла Архангельского собора.
Площадь канцелярии Разбойного приказа составляла 18 квадратных саженей (почти 84 м2), чуть меньшее пространство занимала Черная палата. Что же до избы Разбойного приказа, то о ее площади можно судить только приблизительно. Если одна из ее сторон была длиной в 4 сажени, можно определить площадь помещения либо в 8, либо в 12 квадратных саженей (соответственно 37 или 56 м2). Вероятно, в этой небольшой избе дожидались приема челобитчики.
Известно и общее устройство канцелярии Разбойного приказа, помещение которой состояло из двух частей. Первая, небольшая по размерам, представляла собой отделенную от остального пространства перегородкой казенку что-то вроде рабочего кабинета для приказных судей и дьяков, где хранились коробьи и сундуки с делами, а также деньги. Во второй размещался остальной персонал приказа около 40 человек (подьячие, приставы и др.), а также челобитчики. Приблизительно такое же число арестантов содержалось в Черной палате, причем самые важные из них находились за решеткой.
Применительно же к плану времени Бориса Годунова и учитывая все вышесказанное, Разбойный приказ следует отождествить с двумя небольшими смежными строениями у дальнего крыла здания приказов, противоположного той стороне, где стояла палата Посольского приказа.
К 1670 г. старое здание московских приказов обветшало настолько, что находиться в нем было опасно для жизни, поэтому в этом же году царским указом многие учреждения перевели в другие помещения. В частности, Разбойный приказ переехал на Новый английский двор, располагавшийся в Китай-городе. Скорее всего, именно там и находилось это учреждение вплоть до 1702 г., когда вскоре после упразднения на его месте обосновался Дворцовый судный приказ.
На новом месте в Китай-городе Разбойный приказ располагался неподалеку от Большой московской тюрьмы, где находилась значительная часть узников, а другие содержались в подвальных помещениях приказа. Известно, что перед воротами приказа находилась площадь, а за ней располагался двор, на котором наказывали преступников и зачитывали царские указы.
Руководство и служащие Разбойного приказаРазбойный приказ вырос из боярской комиссии по разбойным делам, которая возглавлялась одним из бояр. В дальнейшем во главе приказа стоял судья, обладавший чином боярина или окольничего, или думного дворянина, или даже печатника, как было в случае с Б. И. Сукиным в 15731575 гг. Это неписаное правило несколько раз нарушалось в XVII в., когда данным учреждением руководили стольники кн. И. И. Дашков, кн. М. Л. Плещеев и кн. И. О. Щербатов. И все же, несмотря на редкие исключения, правительство старалось поддерживать обычай, по которому главный судья приказа назначался из состава Боярской думы.
Главе приказа помогал второй судья человек более скромного происхождения и чина, назначавшийся в XVII в. из стольников, нередко имевших опыт службы сыщика по разбойным делам. Наличие двух судей, как видно из источников, было оправдано тем, что даже если в приказе отсутствовал один из них, то другой мог подменить его без ущерба для деятельности приказа.