В ответ на вызовы политических и экономических реформ 1990-х годов он разработал новые научно-методические подходы к экономико-статистическому изучению эффективности аграрного сектора, исследованию его производственного потенциала, характеристике сельского хозяйства в системе национального счетов, совершенствованию методологии организации, проведения и подведения итогов сельскохозяйственных переписей и др., а также внес большой вклад в совершенствование и адаптацию к новым экономическим условиям системы подготовки высококвалифицированных кадров для сельского хозяйства.
Им опубликовано почти 300 работ общим объемом более 800 печатных листов, в том числе свыше 60 книг и брошюр. За учебник «Курс социально-экономической статистики» вместе с коллективом авторов в 2006 г. он был удостоен премии Правительства Российской Федерации в области образования. Его учебники и пособия отличаются высоким научным и учебно-методическим уровнем, способствуют глубокому погружению в материал, формированию творческого мышления у студентов и заинтересованности в изучении дисциплины.
С 1985 г. и по настоящее время А. П. Зинченко является членом диссертационных советов по экономическим специальностям, им подготовлено 15 кандидатов наук.
Уже более 50 лет Алексей Павлович оказывает научно-методологическую помощь органам статистики. В настоящее время он является членом научно-методологического совета Росстата, бюро секции «Статистика» ЦДУ РАН, редакционной коллегии журнала «Вопросы статистики», сборников по статистике сельского хозяйства.
Научные, педагогические и общественные заслуги профессора А. П. Зинченко неоднократно отмечались руководством страны, министерством образования и сельского хозяйства, РАСХН. Он удостоен государственной награды медали ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, награжден золотой медалью Министерства сельского хозяйства Российской Федерации «За вклад в развитие агропромышленного комплекса России», «Золотой медалью имени В. С. Немчинова» (РАСХН) и др. Его заслуги в области государственной статистики отмечены медалью Росстата «За заслуги в проведении Всероссийской сельскохозяйственной переписи 2006 года», знаком отличия Федеральной службы государственной статистики Нагрудным знаком «Отличник статистики» и почетными грамотами Росстата.
Научно обоснованная организация бухгалтерского учета и контроля в сельском хозяйстве как самостоятельная школа сложилась на кафедре бухгалтерского учета. В начале XX в. развитию двойной записи в учете в значительной степени способствовали бюджетные обследования А. М. Челинцева и А. В. Чаянова. В системе экономических построений А. В. Чаянова счетоводство (бухгалтерский учет) занимало существенное место. У истоков школы (1920 г.) стоял А. М. Галаган один из российских классиков бухгалтерского учета. Развитие научных методов учета издержек производства сельскохозяйственной продукции, теоретических основ калькуляции продолжилось в работах И. М. Прокофьева.
Большой вклад в развитие теории, методологии и организации учета и ревизии в сельском хозяйстве внесли профессора Н. Г. Белов, М. Я. Штейнман, А. Я. Важов, Л. И. Хоружий. Ученые факультета стали авторами учебников по бухгалтерскому учету, ревизии и контролю, статистике, аудиту, бухгалтерскому управленческому учету. Эти учебники широко используются в учебном процессе аграрных вузов страны.
Значительный вклад в подготовку специалистов и развитие научных исследований по актуальным проблемам бухгалтерского учета, контроля, статистики, математики, прикладной информатики, финансов внесли Е. С. Церлевская, В. П. Картушин, Н. А. Фридлендер, А. Л. Шиков, А. В. Казакова, С. И. Кованов, Е. И. Куркова и др.
На факультете насчитывалось семь кафедр: бухгалтерского учета; финансов; экономического анализа и аудита; статистики и эконометрики; прикладной информатики; налогообложения и финансового права; высшей математики. В 2012 г. на факультете было открыто новое направление специалистов: «Информационные системы и технологии», в 2013 г. направление «Экономическая безопасность».
Подготовка будущих бакалавров, специалистов и магистров велась по направлениям «Экономика», «Финансы», «Экономическая безопасность», «Бизнес-информатика», «Прикладная информатика», «Информационные системы и технологии». С целью развития научной деятельности по приоритетным направлениям на факультете функционировало студенческое научное общество. Выпускные квалификационные и научные работы студентов факультета были многократно отмечены призами всероссийских и международных конкурсов.