В конце 1950-х начале 1960-х годов при описании репрессий «царской власти» после восстания 18631864 годов отмечались, в сущности, только дискриминационные меры, направленные против литовцев и литовской культуры[32]. Это не должно вызывать удивления, поскольку восстание 18631864 годов трактовалось прежде всего как народное восстание против дворян и «царизма», а «польскому» восстанию отводилась второстепенная роль. Особое внимание уделялось запрету литовской печати в латинской графике. Но встречались и исключения. В 1965 году Витаутас Мяркис представил более полную картину дискриминационной политики, проводившейся Россией после восстания 18631864 годов, и стало понятно, что жертвами этой политики были не только литовцы[33]. В опубликованной в 1988 году истории Литвы четко сказано, что «царская власть» проводила дискриминационную политику в отношении поляков и иноверцев[34], правда, и здесь основное внимание уделено описанию политики, направленной против литовцев и литовской культуры[35].
Относительная либерализация советского режима приблизительно с середины 1960-х годов позволила литовским историкам более свободно выбирать темы исследований. В советское время за исключением проблематики, призванной служить упрочению идеологического базиса советской системы[36], с фактографической точки зрения, пожалуй, лучше всего были исследованы темы кириллизации литовской письменности (прежде всего обстоятельства введения и упразднения запрета на печать) и сопротивления литовского общества этой политике (издание литовских книг в Пруссии, их нелегальный ввоз и распространение и так далее)[37]. Значимость этой темы в литовской историографии того времени связана со стремлением историков отказаться от навязываемой идеологемы «дружбы народов», то есть с определенным интеллектуальным сопротивлением советской системе. Политика царской России в отношении недоминирующих национальных групп могла порождать у читателя аналогии с реалиями советского времени[38]. При этом следует признать, что подобная тема не была самой опасной для советского режима в отличие от многих других проблем литовской истории Новейшего времени ее можно было исследовать, публиковать работы[39].
Начавшийся после провозглашения независимости Литвы в 1990 году (фактически в 1988 году) процесс освобождения от идеологических ограничений оставил след и в историографии. В течение последующих десятилетий литовские историки опубликовали намного больше работ, посвященных истории Литвы в составе Российской империи, чем за весь более ранний период существования литовской профессиональной историографии. Рост количества работ был вызван ростом интереса общества к истории, а также ростом числа профессиональных историков-исследователей. У ученых появилась возможность переиздать более ранние работы, освободив их от обязательных в советское время цитат классиков марксизма-ленинизма, и опубликовать исследования, которые советская власть не пропускала в печать[40]. Политические перемены позволили историкам и в Литве, и в других странах постсоветского пространства исследовать новые темы, находившиеся в советское время фактически под запретом, в частности историю различных конфессий, а также российскую конфессиональную политику. Однако с точки зрения развития историографии важны не новые темы сами по себе, но концептуальные изменения.
Прежде всего следует отметить, что сохранилась очень сильная, сформировавшаяся в межвоенный период и развившаяся в советское время этноцентрическая концепция истории, согласно которой власти Российской империи понимаются как носители идей современного национализма, преследовавшие, начиная непосредственно после имевших место в начале XVIII века разделов Речи Посполитой, на территории Литвы основную цель ассимиляцию литовцев[41]. Похожие тенденции характерны и для белорусской историографии[42].
При этом с 1988 года формируется и другая тенденция, представленная в посвященных XIX веку работах историков более молодого поколения авторов издания «Lietuvių Atgimimo istorijos studijos» («Исследования истории литовского Возрождения»). Кредо этой группы исследователей сформулировали Эгидиюс Аляксандравичюс (Egidijus Aleksandravičius) и Антанас Кулакаускас (Antanas Kulakauskas) в опубликованной в 1996 году книге «Carų valdžioje. Lietuva XIX amžiuje» («Под царской властью. Литва в XIX веке»)[43], указав, что предметом книги является «гражданская история Литвы». Переход от этноцентристской перспективы к гражданской, при котором объектом литовской истории становится не одна этническая группа, но все общество, конечно, наблюдается не только в исследованиях, посвященных истории XIX века, но и в работах, посвященных другим эпохам[44]. Новая перспектива позволила по-иному увидеть и историю Литвы XIX века. Для литовских историков стало привычным определять границы Литвы в соответствии с принципом историзма, то есть исследовать Литву такой, какой ее понимали современники[45]; изучать не только историю литовцев, но и других проживавших в Литве этнических групп. Наконец, исследователи отказались и от упрощенной оценки российской политики.