Правовой основой деятельности Департаментов Министерства юстиции являются одноименные с ними положения, которые утверждаются Приказом Министерства страны. Например, правовой статус Департамента по делам некоммерческих организаций определен Положением о Департаменте по делам некоммерческих организаций.[7] Настоящий документ определяет его основные задачами, среди которых можно выделить такие как организация деятельности по государственной регистрации некоммерческих организаций, организация и осуществление контроля за соответствием деятельности некоммерческих организаций, в том числе отделений международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, общественных объединений, политических партий и религиозных организаций их уставным целям и задачам, а также обеспечение соблюдения ими законодательства. В структуре можно выделить различные Департаменты: государственной службы и кадров, экономического, и конституционного законодательства, развития федеративных отношений и местного самоуправления, регистрации ведомственных НПА, по вопросам правовой помощи и взаимодействия с судебной системой, развития законодательства и т. д.
Отметим также Всероссийский государственный университет юстиции, который является федеральным государственным бюджетным образовательным учреждением высшего образования. Правовой статус определен Уставом. Отдельно выделим судебно-экспертные учреждения Министерства юстиции, основной задачей которых является защита интересов государства, прав и свобод гражданина, прав юридического лица посредством проведения объективных научно обоснованных судебных экспертиз и экспертных исследований. К примеру, основной задачей Российского федерального центра судебной экспертизы при Министерстве, является реализация проведения государственной судебной экспертизы. Отметим также Научный центр правовой информации при Министерстве, который определен Уставом федерального бюджетного учреждения «Научный центр правовой информации при Министерстве юстиции Российской Федерации», и является бюджетным учреждением Министерства, а также правопреемником Научного центра правовой информации Всесоюзного научно-исследовательского института советского законодательства. Его основными задачами являются такие как содействие обеспечению прав физических и юридических лиц на получение информации о нормативных правовых актах страны, ее субъектов, а также участие в реализации единой научно-технической политики в области информатизации. Что касается Аппарата Уполномоченного Российской Федерации при Европейском Суде по правам человека-заместителя Министра, он, являясь структурным подразделением Министерства, осуществляет правовое и организационно-техническое обеспечение деятельности Уполномоченного Российской Федерации при Европейском Суде по правам человека заместителя Министра юстиции.
Стоит отметить также Федеральную службу исполнения наказаний, которая являясь федеральным органом исполнительной власти, осуществляет правоприменительные функции, а также функции по контролю и надзору в сфере исполнения уголовных наказаний в отношении осужденных, функции по содержанию лиц, подозреваемых либо обвиняемых в совершении преступлений, и подсудимых, находящихся под стражей, их охране и конвоированию, а также функции по контролю за поведением условно осужденных и осужденных, которым судом предоставлена отсрочка отбывания наказания. Федеральная служба исполнения наказаний отрегулирована Указом Президента Российской Федерации от 09.03.2004 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти», а также Указом Президента Российской Федерации от 13.10.2004 1314 «Вопросы Федеральной службы исполнения наказаний».
Что же касается Федеральной службы судебных приставов, она является федеральным органом исполнительной власти и осуществляет функции по обеспечению установленного порядка деятельности судов, исполнению судебных актов, актов других органов и должностных лиц, а также правоприменительные функции и функции по контролю и надзору в установленной сфере деятельности, а вот территориальные органы Министерства юстиции Российской Федерации являются территориальными Главными Управлениями соответствующих областей. Правовое положение данной службы отрегулировано вышеупомянутым Указом 314, а также Указом Президента от 13.10.2004 1316 «Вопросы Федеральной службы судебных приставов».