Поэт не сразу осознал, что произошло. Место общей цензуры с её простой схемой (автор цензор автор) должна была занять личная цензура царя, предполагавшая сложную схему (автор Бенкендорф тайный рецензент из числа осведомителей III Отделения царь Бенкендорф автор). Понятно, почему, беседуя со своим биографом М. Корфом, Николай I предпочёл не вспоминать о своём решении по поводу цензурных милостей, объявленных поэту. Вопрос был щекотливый.
Сразу после гибели Пушкина Жуковский в 1837 г. обратился к Бенкендорфу с гневными словами: «Государь хотел своим особым покровительством остепенить Пушкина и в то же время дать его Гению полное его развитие; а вы из сего покровительства сделали надзор, который всегда притеснителен»46 Жуковский ближе всех других наблюдал за развитием отношений между поэтом и властями, и именно он всего точнее уловил смысл происшедшего. Бенкендорф превратил покровительство царя в цензуру со стороны III Отделения.
Адам Мицкевич полагал, что Пушкин был первым, кто пользовался свободой печати в России. Но он ошибался.
В Записке о Н.М. Карамзине Пушкин особо подчёркивал, что император Александр I освободил «Историю» Карамзина от всякой цензуры47. Ни о какой личной цензуре царя в отношении Карамзина не было и речи. Николай I всего лишь следовал примеру брата, даруя Пушкину свободу от цензуры. Однако времена либерального правления прошли. После разгрома тайных обществ и казни декабристов непомерное влияние на государственные дела приобрело сыскное ведомство. Его глава Бенкендорф получил возможность манипулировать монархом.
С аудиенцией в Кремле связан любопытный эпизод. Рассказывали, будто на лестнице во дворце поэт выронил из кармана некие возмутительные стихи, которые он затем сам же и подобрал. Никто не знал в точности, о каких стихах шла речь. Соболевский называл стихотворение Пушкина «Пророк». Однако Нащокин утверждал, что Пушкин сжёг «Пророка» в Михайловском, едва узнал о вызове к императору. Оспаривая свидетельство Нащокина, Соболевский сделал помету на полях текста с его воспоминаниями: «Пророк приехал в Москву в бумажнике Пушкина». Версия Соболевского сводилась к тому, что эпизод имел место не во дворце, а в его (Соболевского) доме: «Вот где он выронил (к счастью, что не в кабинете императора) своё стихотворение на 14 декабря, что с час времени так его беспокоило, пока оно не нашлось!!!»48 Пушкин не мог посетить дом Соболевского до беседы с Николаем, так как был доставлен прямо в Кремль. Но после аудиенции он побывал у Соболевского, где уже 10 сентября, т. е. через день после царского приёма, читал «Бориса Годунова». Не вполне ясно, в какой из дней Пушкин, будучи на квартире Соболевского, успел сначала выронить стихи, а через час обнаружить пропажу. В начальной редакции стихотворение не имело названия и начиналось словами: «Великой скорбию томим»49. Беспокойство Пушкина по поводу пропажи стихотворения связывают с тем, что оно было крамольным и заключало в себе намёки на события 14 декабря. Однако «крамолу» поэта в этом случае не следует преувеличивать. Первоначальный вариант сочинения датируется временем после казни декабристов: 24 июля 3 сентября 1826 г. В названное время Пушкин пришёл к мысли о необходимости и неизбежности примирения с правительством50.
Первая редакция будущего «Пророка», кажется, была уничтожена. Но поэт не мог уничтожить всех своих крамольных стихов, которые гуляли по России в списках и передавались из рук в руки.
В середине августа 1826 г. Бенкендорф получил от генерала И.Н. Скобелева текст стихов, имевших заголовок «На 14 декабря», вместе с доносом на поэта. Пушкинисты полагают, что поэт имел объяснение с царём по поводу этих стихов уже во время встречи в Чудовом монастыре51. Источники рисуют иную картину.
Наблюдением за Пушкиным руководил с июня 1825 г. начальник Главного штаба генерал Дибич. В апреле 1826 г. дежурный генерал Потапов доложил Дибичу, будто Пушкин продал поэму «Цыгане» книготорговцу Слёнину. Под подозрение попал Плетнёв, переписывавшийся с Пушкиным по поводу его издательских дел. Начальник Главного штаба передал петербургскому военному губернатору П.В. Голенищеву-Кутузову личное повеление императора установить «ближайший надзор» за Плетнёвым, чтобы выяснить характер его отношений со ссыльным Пушкиным52. По царскому слову Дибич вызвал Пушкина в Москву.
Что касается стихов «На 14 декабря», следствие о них вёл уже не Дибич, а Бенкендорф, глава нового ведомства. (Рескрипт об образовании III Отделения был опубликован как раз 8 сентября 1826 г.) К началу сентября жандармское расследование, видимо, находилось на ранней стадии. Вопрос не созрел для доклада императору. Получив донос от Скобелева в августе 1826 г., шеф жандармов дал задание генералу уточнить, «тот ли это Пушкин, который живёт во Пскове, известный сочинитель вольных стихов? [] Стихи сии самим ли Пушкиным переписаны? [] Где подлинники находятся?»53 На выяснение всех обстоятельств требовалось время. Лишь заполучив нужные сведения, следователи 26 сентября вынесли решение о проведении допроса Пушкина. Бенкендорф доложил Николаю I результаты расследования и убедил его, что полное освобождение «сочинителя вольных стихов» от всякой цензуры создаёт угрозу безопасности государства. Решение о допросе было вынесено 26 сентября, а 30 сентября глава III Отделения уведомил поэта, что все его сношения с царём будут идти через него, Бенкендорфа, и что государь изволил сам взять на себя обязанности цензора сочинений Пушкина. Таким образом, формула о личной цензуре императора появилась на свет лишь через три недели после аудиенции в Кремле.