11/24 августа в Бодайбо была создана военная комендатура365 и начала действовать следственная комиссия366, которые настаивали на том, чтобы Красильников со своим отрядом остался для пресечения активных выступлений большевиков. Их пожелание было удовлетворено и оказалось весьма своевременным, поскольку вскоре тайгу наводнили красные отряды, бежавшие из Забайкалья. 21 августа находившиеся в Чите члены Центросибири, Забайкальского и Читинского советов, а также представители фронта для руководства оставшейся под контролем советов территорией создали вместо Центросибири новый орган сов. власти Сибирский совнарком. Он прекратил своё существование через неделю на станции Урульга, где скопились деморализованные остатки красных, потерпевших сокрушительное поражение от чехословаков и войск Сибирского правительства367.
Прибывший 8 августа в Читу Мальцев информировал советских деятелей о том, что Бодайбо удерживается красными. Его информацией воспользовался начальник Главного штаба Центросибири бывший царский генерал А.А. фон Таубе, перешедший на сторону большевиков. Он получил задание от руководителя сибирских большевиков Н. Н. Яковлева пробраться через белогвардейский фронт в Москву, для доклада В. И. Ленину о положении в Сибири. Во время задержания группы Мальцева в селе Муя, Таубе был арестован и опознан368. Бывшего генерала отправили в Омск, где он предстал перед судом военного трибунала, который приговорил его к расстрелу.
21 августа находившиеся в Чите члены Центросибири, представители фронта, Забайкальского и Читинского советов для руководства оставшейся под контролем советов территорией создали Сибирский совнарком. Он просуществовал ровно неделю. Собравшаяся в Урульге конференция руководящих партийных, военных и иных советских работников фактически признала политическую несостоятельность политики Центросибири и объявило о её роспуске. После недолгих прений было решено ликвидировать Центросибирь и сформировать военно-революционный комитет во главе с В.Н. Гавриловым, который должен был продолжать борьбу «всеми легальными и нелегальными методами».
В общей сложности в столице области скопилось 498 пленных красногвардейцев и советских работников. Для разбора их дел в Якутске была создана следственная комиссия369. Она стала изучать не только деятельность каждого из арестантов, но и поведение мещан города Якутска. Её работа растянулась на целых три месяца и закончилось лишь 26 ноября, поскольку, закончив работу в Якутске она проводила выездные заседания и следственные действия в Вилюйске и Олёкминске. Помимо расследования деятельности советских работников и красногвардейцев следственная комиссия изучала обстоятельства падения города и признала эвакуацию пушнины в неподходящее время одной из причин захвата Якутска отрядом Рыдзинского. Она также дала оценку поведения некоторых городских купцов, которые сотрудничали с Советом, чтобы нанести ущерб своим конкурентам370, и безуспешно разыскивала коробку с деньгами совдепа, пропавшую при эвакуации371.
На фоне политики военного коммунизма, красного террора, продразвёрстки и принудительной мобилизации, проводимой большевистским правительством, результаты следствия следует признать гуманными372. Так, она «по гуманным соображениям» освободила из-под стражи 106 заключённых, а 307 приготовила к высылке. Первая партия была отослана 3/16 сентября на «Витиме» и насчитывала 146 человек. Вторую группу из сотни с лишним человек отослали в Усть-Кут на «Пермяке» четыре дня спустя в сопровождении дружины Б.С. Геллерта. В основном это были поляки, латыши, венгры и немцы из отряда Рыдзинского и бодайбинские рабочие, а также несколько партийных и военных работников373, к которым отнеслись с большой гуманностью и десять из них выпустили на поруки. Через год в городской тюрьме Якутска374 осталось 75 наиболее опасных государственных преступников.
В конце августа375 Красильников распорядился отправить захваченное в Бодайбо золото376 и арестованных советских деятелей и красногвардейцев377 в Иркутск. Члены совета и группа наиболее отъявленных революционеров378 были помещены на пароход «Барон Гинцбург» под усиленную охрану, а остальные379 перевозились на баржах. 16/29 сентября спустя из Якутска вышел пароход «Александр», на борту которого находился поручик М. И. Гордеев со своим отрядом. Выполнив свою задачу, он получил благодарность от городской думы за освобождение «от большевистского засилья». Его отряд навсегда покидал Якутию, следуя по предписанию и сопровождал третий эшелон из 36 наиболее опасных революционеров. Двадцать из них были посажены в трюм парохода «Александр», а ещё 16 на баржу «Ольга». В первый день плавания на пристани Бестях Гордеев получил пакет от нарочного с распоряжением следственной комиссии привести в исполнение приговор в отношении четырёх особо опасных преступников-уголовников, выдающих себя за революционеров. По малоправдоподобным рассказам пленных большевиков, офицеры отряда хотели вывести на берег и расстрелять Н.Е. Олейникова380, ехавшего с женой и детьми, но затем передумали.