В ожидании красных военные силы Областного совета разворачивалась в расчёте на зимние условия и бездорожье. Так, за станцию Иситскую был выдвинут отряд Б. С. Геллерта. Из Якутска к нему был послан в качестве подкрепления отряд прапорщика Панкратьева262. 8 июня был создан Комитет обороны, в который вошли начальники всех боевых отрядов и дружин и их помощники. По сообщению П.А. Бондалетова возникло собрание, состоявшее из полутора десятков человек. Хотя он был избран его председателем, но реальной военной власти не имел. Хотя Областной совет считал, что Советская власть в Сибири висит на волоске и не найдёт достаточно сил средств для экспедиции, комитет принял некоторые меры для усиления обороны Якутска: были приведены в повышенную боевую готовность казачья и дружины, а также был отозван со ст. Иситской отряд Панкратьева, помимо этого был произведён оружия и велась запись горожан и казаков в ополчение263, а в девяноста верстах по Вилюйскому тракту в Малтанском наслеге была заложена резервная база, куда завезли 600 пудов продовольствия. В Олекминском и Вилюйском округах также началось формирование дружин264.
На вооружении защитников Якутска имелась «артиллерия». Она была представлена салютной пушкой, которую возили по городу в повозке, демонстрируя готовность к обороне. История её появления связана с экспедицией барона Э.В. Толля и его шхуной «Заря». В сентябре 1902 года орудие вместе с другим имуществом экспедиции было выгружена в бухте Тикси. В ту же навигацию пароход «Лена» доставил её в Якутск, где вместе со всем остальным имуществом экспедиции оказалась на складах А.И. Громовой. При мобилизации о ней вспомнили и приняли на вооружение. По-видимому, её первоначально планировали установить на борту парохода «Лена», который отстаивался в Шестаковке и был мобилизован на нужды обороны. Узнав об этом, матросы сняли парораспределительный золотник, в следствие чего пароход пришел в город почти сплавом. По распоряжению Областного Совета экипаж был частично заменен, а командиром был назначен надёжный капитан265. Однако членам старого экипажа266 удалось снять и спрятать второй золотник, обездвижив пароход.
На рассвете 26 июня отряд А.С. Рыдзинского, увеличившийся до трёхсот шестидесяти человек, неожиданно атаковал и захватил Олекминск. Его эскадра состояла из четырех пароходов267, трёх барж и катера «Запорожец», который шел впереди неё на две три версты. Простояв в городе несколько суток и наложив на местную буржуазию контрибуцию в 50000 рублей, экспедиция двинулась дальше. В Олёкминске был оставлен гарнизон из 3-й роты, а её командир Лесневский был назначен комиссаром округа. Рано утром 29 июня «Запорожец» проскочил мимо Покровска и высадился на берег, чтобы перерезать телеграфную связь. Вслед за этим последовал десант, который после короткого боя занял село и захватил в плен нескольких дружинников Геллерта, оставленных для охраны телеграфа.
План штурма Якутска был разработан при участии Х.А. Гладунова, как хорошо знавшего город и его окрестности. Согласно нему, командирам рот были даны следующие задания: «т. Стоянович должен был обойти город со стороны дач Сергеляха268 и выйти к Никольскому кладбищу, тт. Буллах и Одишария к тюрьме и к Мархинской дороге, т. Янковский по Набережной улице к женской гимназии, а Даниш по Полицейской улице к реальному училищу, а оттуда по Логу на соединение с Янковским. Рыдзинский со своей частью, составлявшей резерв и связь, должен был войти в город по Большой улице со стороны Сергеляха». Большевистская ячейка в Якутске была также привлечена к штурму города. Трое её членов были посланы для установления связи со штабом, а остальные разделились на «пятки» 269, которые должны были поддержать атаку красногвардейцев на тюрьму и перерезать телефонную связь.
Якутск, реальное училище
На следующее утро так же, без единого выстрела, большевики высадились в пяти верстах от Табаги на берег. Роты Буллах и Одишария на лодках, буксируемых «Запорожцем», направились к тюрьме, а остальные подразделения двинулись маршем по суше. Шесть пулеметов, оба бомбомета и запасы патронов были погружены на взятые в Табаге подводы. Каждый из 327 красноармейцев был снабжен 250 патронами, а умеющие обращаться с гранатами получили по 2 русских или же швейцарских ударных гранаты. На подходе к городу красные роты стали разворачиваться в боевой порядок. Поскольку бой планировалось вести в сумерках белой ночи, красногвардейцы для опознания друг друга повязывали на фуражках белые повязки.