Несомненным достижением нового командующего стал выход эскадры на внешний рейд в одну полную воду. Кронштадтский опыт сослужил тут ему добрую службу- умело используя портовые буксиры, утром он выводил броненосцы на внешний рейд, а вечером уводил обратно. Это был первый ответ- пощёчина Алексееву- имей он нормального начальника порта, то разгрома 8-9 февраля, может быть, не последовало.
Макаров провёл с командирами несколько совещаний, выпустил простую и ясную "Инструкцию для похода и боя", равную боевому уставу. Впервые в русском флоте заговорил о "мерах секретности", выдвинул идею радиоразведки. С помощью своего старого товарища капитана 2-го ранга К.Ф. Шульца, изобретателя первого в мире минного трала, Макаров создал в Порт-Артуре тралящий караван.
Ещё он продолжил работы, начатые его предшественником адм. Старком по профилактическому затоплению на подступах к гавани торговых судов, создавая искусственный фарватер, чтобы затруднить Того его "закупорочные" операции.
Продолжил Макаров и ночные рейды миноносцев. Едва обосновавшись на "Петропавловске", он выслал в море отряд миноносцев капитана 1-го ранга Н.А. Матусевича. В ходе неожиданного ночного боя был повреждён японский миноносец, русским же удалось вернуться в базу с "моральной победой". Но следующей ночью так гладко всё не закончилось: утром 10 марта в японскую засаду попали два русских миноносца "Решительный" и "Стерегущий". Повторилась история с "Внушительным" и "Бесстрашным", случившаяся всего две недели назад. Пользуясь преимуществом хода (у "Стерегущего" были неполадки в машинах) "Решительный" (капитан 2-го ранга Ф.Э. фон Боссе) бросил напарника на произвол судьбы и "прорвался" в Порт-Артур, предоставив лейтенанту А.С. Сергееву самому разбираться с проблемой в виде неисправной машины и четырёх японских миноносцев. Сергеев вскоре был убит, флаг команда не спускала, отражая атаки вражеских кораблей чем могла.
На выручку "Стерегущему" бросился сам Макаров на быстроходном "Новике", приказав "Баяну" идти следом.
На "Новике"! Флаг на "Новике"! Ну, чёрт возьми, это уж слишком!
кричали многочисленные зрители.
Разумеется, пока адмирал прибыл к месту боя, то застал там только несколько пузырей от затонувшего храброго миноносца и ни с чем вернулся. Поступок же его, "личный пример", произвёл самое сильное впечатление на порт-артурских моряков. Капитан 2-го ранга фон Боссе был представлен к ордену Св. Георгия 4-й степени- "за прорыв сквозь неприятеля в свой порт", и 9 июня удостоился обеда у государя.
В ночь на 27 марта Макаров лично возглавлял отражение атаки японских брандеров, подняв флаг уже на канонерской лодке "Бобр".
Начальником штаба флота адмирал назначил контр-адмирала М.П. Моласа, освободив его от командования отрядом крейсеров. Вместо него из Владивостока вызвали Н.К. Рейценштейна. На место младшего флагмана вместо контр-адмирала кн. П.П. Ухтомского из Шанхая был вызван капитан 2-го ранга Н.А. Кроун. Но самым скандальным назначением стало назначение командира "Новика" капитана 2-го ранга фон Эссена командиром броненосца "Севастополь"!
Поводом стал пробный выход эскадры 27 марта. Макаров в этот раз решил поманеврировать, приказал всем увеличить ход до 16 узлов, и очень скоро "Пересвет" врезался в корму "Севастополя".
Оба броненосца получили повреждения- не столь значительные, как два первых, но на "Севастополе" теперь нужно было менять винты, лопасти которых были погнуты и вдавлены в корму. Эскадра стала слабее ещё на два броненосца.
Случившееся обсуждалось на общем собрании. Виноват оказался командир "Севастополя" капитан 1-го ранга Н.К. Чернышов. Макаров на попытки оправданий лишь сказал:
И с такими командирами мне приходится идти в сражение!
и списал своего старого врага на берег, заменив его 44-летним фон Эссеном.
Это назначение вызвало резкий протест адм. Алексеева, который на роль командира "Севастополя" планировал оставшегося не у дел капитана 1-го ранга А.А. Эбергарда. Макарову в ходе тяжелейшего разговора с Главнокомандующим и в.к. Кириллом Владимировичем, приехавшими тогда в Порт-Артур, удалось отстоять фон Эссена, и это был уже окончательный разрыв между двумя адмиралами.
Много сил заняла и борьба с генерал-лейтенантом А. М. Стесселем, начальником сухопутной обороны Квантунского полуострова и генерал-майором К.Н. Смирновым, комендантом крепости Порт-Артур. Макаров требовал подчинения коменданта крепости командующему флотом- дело неслыханное в русских вооруженных силах. Энергичному адмиралу удалось и тут добиться своего, но "антисевастопольский" принцип просуществовал недолго, и вскоре все корабли эскадры подчинились сухопутному командованию.