Альварадо описал солдат кускатлека как имеющих щиты, украшенные красочными экзотическими перьями, похожую на жилет броню из трехдюймового хлопка, которую стрелы не могли пробить, и длинные копья. Обе армии понесли большие потери, раненый Альварадо отступил и потерял много своих людей, особенно среди мексиканских индейцев. Как только его армия перегруппировалась, Альварадо решил направиться к столице Кускатлана и снова столкнулся с вооруженными кускатлеками. Раненый, неспособный сражаться и прячущийся в скалах, Альварадо послал своих испанских людей на лошадях приблизиться к Кускатлеку, чтобы посмотреть, будут ли они бояться лошадей, но они не отступили, вспоминает Альварадо в своих письмах Эрнану Кортесу.
Кускатлекцы снова напали и украли испанское оружие. Альварадо отступил и отправил мексиканских гонцов требовать от воинов кускатлека вернуть украденное оружие и сдаться королю противника. Кускатлек ответил знаменитым ответом: «Если вам нужно ваше оружие, приходите за ним». По прошествии нескольких дней Альварадо, опасаясь засады, отправил на переговоры еще нескольких мексиканских гонцов, но эти гонцы так и не вернулись и, предположительно, были казнены.
Испанским усилиям решительно сопротивлялись Пипиль и их соседи, говорящие на языке майя. Они разгромили испанцев и то, что осталось от их тласкаланских союзников, вынудив их отступить в Гватемалу. После ранения Альварадо оставил войну и назначил своего брата Гонсало де Альварадопродолжить задание. Две последующие экспедиции (первая в 1525 году, а затем меньшая группа в 1528 году) привели Пипиль под испанский контроль, так как пипиль также был ослаблен региональной эпидемией оспы. В 1525 году было завершено завоевание Кускатлана и основан город Сан-Сальвадор. Испанцы столкнулись с большим сопротивлением со стороны пипиля и не смогли достичь восточного Сальвадора, области Ленкас.
В 1526 году испанцы основали гарнизонный город Сан Мигель на севере Манагуары-территории Ленка, который возглавил другой исследователь и конкистадор Луис де Москосо Альварадо, племянник Педро Альварадо. Устная история гласит, что наследная принцесса майя-ленка, Анту Силан Улап I, организовала сопротивление конкистадорам. Королевство ленка было встревожено вторжением де Москосо, и Анту Силан путешествовал от деревни к деревне, объединяя все города ленка в современном Сальвадоре и Гондурасе против испанцев. Благодаря внезапным атакам и превосходящей численности они смогли выбить испанцев из Сан-Мигеля и уничтожить гарнизон.
В течение десяти лет ленкас мешал испанцам построить постоянное поселение. Затем испанцы вернулись с большим количеством солдат, в том числе около 2000 принудительных призывников из коренных общин Гватемалы. Они преследовали лидеров ленка дальше в горы Интибука.
Анту Силан Улап в конце концов передал контроль над сопротивлением Ленка Лемпире (также называемой Эмпирой). Лемпира был примечателен среди лидеров коренных народов тем, что он издевался над испанцами, надевая их одежду после захвата их и используя их оружие, захваченное в бою. Лемпира еще шесть лет командовал тысячами войск ленка в Манагуаре, пока не был убит в бою. Оставшиеся силы ленка отступили в горы. Затем испанцы смогли восстановить свой гарнизонный город Сан-Мигель в 1537 году.
В колониальный период Сан-Сальвадор и Сан-Мигель входили в состав Генерал-капитанства Гватемалы, также известного как Королевство Гватемала. Сальвадорская территория управлялась мэром Сонсонате, а Сан-Сальвадор был основан как интенденция в 1786 году.
В 1811 году сочетание внутренних и внешних факторов побудило центрально-американские элиты попытаться получить независимость от испанской короны. Важнейшими внутренними факторами были стремление местных элит контролировать дела страны без вмешательства испанских властей и давнее стремление креолов к независимости. Основными внешними факторами, побудившими движение за независимость, были успех французской и американской революций в 18 веке и ослабление военной мощи испанской короны в результате наполеоновских войн, в результате чего невозможно эффективно контролировать свои колонии.
В ноябре 1811 года сальвадорский священник Хосе Матиас Дельгадо позвонил в колокола Иглесиа Ла Мерсед в Сан-Сальвадоре, призывая к восстанию и началу Движения за независимость 1811года. Это восстание было подавлено, а многие его лидеры были арестованы и отбыли наказание в тюрьме. В 1814 году началось еще одно восстание, которое также было подавлено.