Исследования якутского генетика С. А. Федоровой показали, что популяции юкагиров отличаются относительно высоким содержанием гаплогрупп Q и C3* Y-хромосомы, характерным для популяций Америки и древнего населения Сибири эпохи верхнего палеолита. Также выявлено, что митохондриальный генофонд эвенов более близок к генофонду юкагиров, тогда как состав линий Y-хромосомы сходен с эвенкийским [169].
Этнографы давно обратились к проблеме этногенеза юкагиров, но недостаточное количество материала, а порой их отсутствие, не позволяло делать какие-нибудь серьёзные выводы.
И. С. Гурвич считал юкагиров прямыми потомками древнейшего аборигенного населения Северо-Востока Азии [122, с. 44], основываясь на мнениях Окладникова А. П., Долгих Б. О., Левина М. Г.
Древнейший субстратный пласт, легший в основу северо-восточных палеоазиатов, И. С. Гурвич связывал с сумнагинской культурой [Этногенез народов Севера, 1980: 226]. Дальнейшие археологические исследования в этом регионе показали довольно сложную и не такую уж ясную картину этнокультурного развития [112]. Тем не менее, И. С. Гурвич, сопоставляя территории ымыяхтахской культуры и расселения юкагиров в XVII в., а также отмечая некоторую близость культуры археологической (ымыяхтахской) к этнографической (юкагирской), посчитал возможным определить носителей ымыяхтахской культуры прежде всего как праюкагиров [Этногенез народов Севера, 1980: 144].
В этнографической науке для выявления генетических связей большое внимание уделяют исследованию похоронной обрядности, как одной из наиболее консервативных черт общественного бытия. Этнографические наблюдения показывают, что смена форм погребений происходит редко, обычно под сильным влиянием соседей или разных изменений в идеологии, поэтому формы захоронений могут служить некоторых случаях этническим определением.
Основным видом захоронений на Севере был так называемый воздушный способ на столбах или обрубках деревьев, на ветвях, а также наземный в тундренной части на нартах, в ящиках на поверхности земли, в кругу из камней, что можно считать разновидностью воздушного способа ввиду отсутствия леса. У юкагиров известно два типа воздушных захоронений: в деревянных ящиках-срубах (сайбах), которые помещались на срубных стволах деревьев, и в лодке. На основании уже этого мы можем отвергнуть этногенетические связи с северо-восточными палеоазиатами (чукчами, коряками), сжигавшими своих покойников, зато четко прослеживаются эти связи с уграми и самодийцами параллели наблюдаются с селькупами [137, с. 6670], ненцами и нганасанами [Грачева, 1971, 1983б]. Аналогичны формы воздушных погребений и в ряде районов Северной Америки. Сибирско-американская зона распространения воздушных погребений, таким образом, была, как бы разорвана чукотско-корякско-эскимосским массивом [Гурвич, 1981: 124].
Очевидным является связь с угро-самодийцами и таком виде погребения, как захоронение покойника в сидячем положении. Оно практиковалось у нганасан [Грачева, 1983б, с. 113], селькупов [Пелих, 1972, с. 69], эскимосов [Диков, 1977, с. 160]. У юкагиров это сохранилось в обычае перед захоронением оставлять умершего в жилище в сидячем положении на несколько дней [Юкагиры, 1975: 88].
Известную близость обнаруживают юкагирские представления о реинкарнации души с верой юконских индейцев о переселении души умершего в своего тезку [Гурвич, 1981: 125]. Можно отметить параллели с мумифицированием покойников у алеутов, чукчей, азиатских эскимосов [Дьячков А. Е., 1993; Богораз В. Г., 1939; Лафлин У.С., 1981] с анатомированием трупов шаманов у юкагиров [Иохельсон, 1900: 110].
Совпадают представления о загробном мире у нганасан и у юкагиров. Так, вход в страну мертвых сторожит старуха с собакой, практиковались жертвоприношения и ритуальные захоронения собак [Иохельсон, 1900: 114; Долгих, 1952б: 79], подобные захоронения мы встречаем и на Аляске [Алексеев, 1967: 11].
Другим важным элементом, который может считаться этнообразующим, считается орнамент. И здесь необходимо отметить исследования С. В. Иванова. Он отметил, что юкагиры занимают особое место ввиду наличия пиктографического письма [Иванов, 1963: 531]. Юкагиры были мастерами резьбы по дереву, знали ажурный прием украшения берестяной посуды, который из северо-восточных народов были известны только юкагирам, корякам и ительменам [Иванов, 1963: 205]. Ставя особняком крестообразный орнамент юкагиров, С. В. Иванов отмечает, что он примыкает не к чукотскому и корякскому, а к восточно- и западносибирскому, являясь варианта последнего. Наиболее близко юкагирский орнамент, по мнению автора, стоит к орнаменту обских угров, для которых характерны такие элементы, как зигзаг, ломаные линии с отростками, треугольниками, крестообразные узоры и другие простые геометрические формы. Эти элементы в орнаменте обских угров сближают их с искусством селькупов и ненцев, с одной стороны, и с искусством родственных ненцам нганасан и энцев с другой [Иванов, 1963: 53]. К такому же заключению пришла М. А. Кирьяк (Дикова), анализируя знаки на каменных плитках, обнаруженных на северо-западе Чукотки и относимых ею к древним протоюкагирам [Кирьяк (Дикова), 2002: 39].