Проблема этногенеза юкагиров является важным для реконструкции этнической истории Северо-Востока страны и решения проблем этногенеза многих народов Сибири.
Решение «юкагирской проблемы» возможно при привлечении данных различных наук (лингвистики, антропологии, генетики, этнографии и археологии) и результатов междисциплинарных исследований.
Лингвистические исследования подтверждают данные о древних связях юкагирских языков с уральскими и алтайскими языками.
Исследованиями древнейших этапов развития юкагирского языка занимались лингвисты Е. А. Крейнович, И. А. Николаева, Е. С. Маслова, Г. Н. Курилов.
Известный юкагировед, филолог Крейнович Е. А. занимал осторожную позицию в вопросе о генетических связях юкагирского языка с уральскими, указывая только на возможность древних исторических контактов [Крейнович, 1968: 451]. В конце жизни ученый, обобщая свои материалы, заявил, что «некоторые морфологические и лексические элементы юкагирского языка влекут его к древним финно-угорским языкам, минуя языки самодийские» [Крейнович, 1982: 3] и о «генетической принадлежности юкагиров к уральским языкам» [там же: 5].
В ранних работах И. А. Николаева считала, что «предки современных уральских народов в VVI тыс. до н. э. проживали совместно в районе Среднего Урала» [Фольклор юкагиров, 1989: 4], а юкагиры были первой волной уральцев, ушедших на северо-восток не позднее V тыс. до н. э., по заполярным районам или по югу Сибири через Прибайкалье, причем их отделение от уральцев произошло раньше, чем деление уральской языковой семьи на финно-угорскую и самодийскую ветви. Она выявляла три компонента в юкагирском языке; уральский, прибайкальский и палеоазиатский (северо-восточной). В своей кандидатской диссертации она писала, что юкагирский язык обнаруживает некоторые замечательные параллели с восточно-уральскими языками и имеет столько же юкагирско-финно-угорских лексических сопоставлений [Николаева, 1988].
Согласно урало-юкагирской гипотезе последних работ И. А. Николаевой праюкагиры представляли собой первую, дальше всего зашедшую на восток волну расселения носителей урало-юкагирских языков (следующая по времени и дальности проникновения на восток волна состояла из языковых предков угров и самодийцев); в современных юкагирских языках есть субстрат неуральского и неалтайского характера то есть субстрат языка более раннего, неурало-юкагирского населения Сибири. С антропологической точки зрения юкагиры монголоидны. Таким образом, cуть древнейших этапов их этногенеза сводилась к тому, что группа уралоязычных пришельцев с запада смешалась в несколько этапов с неностратическими монголоидными аборигенами Сибири, сформировав (окончательно уже на территории Восточной Сибири) юкагирскую по языку и монголоидную по антропологическому облику общность, причем в праюкагирский язык вошел аборигенный языковой субстрат.
Однако ряд ведущих лингвистов до сих пор осторожно относятся к возможности отнесения юкагирского языка к уральским (Дыбо А. В., Мудрак О. А). Оппонент этой гипотезы лингвист О. А. Мудрак, критикуя эту позицию, отмечает недостаточное число лексических сопоставлений, приводимых ее сторонниками, и указывает на то, что значения сопоставляемых слов порой довольно далеки друг от друга. Сам О. А. Мудрак в 2000-е годы разработал теорию родства юкагирских языков с нивхским. Продолжая свою работу, он сопоставил реконструированные им чукотско-камчатский и нивхско-юкагирский праязыки. Он обнаружил регулярные фонетические соответствия между этими языками, собрал этимологии, а значит, смог предложить гипотезу родства этих двух семей. Для предложенных им языковых общностей О. А. Мудрак вводит новые термины: «охотские языки» для объединения чукотско-камчатских и нивхско-юкагирских, и «палеосибирские языки» для объединения «охотских» и алеутских языков, при этом относя нивхско-юкагирские языки к алтайским [Мудрак, 2011].
Исследования известного фольклориста В. В. Напольских поддерживают уральскую гипотезу. Древнеуральская общность существовала в мезолитическое время на территории таежной зоны от Урала до правобережья Енисея и была образована смешивающимися друг с другом группами двух антропологических типов: носителями т. н. древнеуральской расы (имеющей многие общие черты с большой европеоиодной расой) и низколицыми периферийными монголоидами ранней предковой формы катангского подтипа байкальской малой расы (разновидность большой монголоидной расы). В результате этого смешения у носителей пра-урало-юкагирских (и прауральских языков) возникли общие, специфические для их этнического ареала антропологические черты, следы которых и сейчас сохраняются у большинства уралоязычных народов с одной стороны, и юкагиров с другой.