Когда в 1866 г. Сеченов выпустил «Рефлексы головного мозга» отдельным изданием, книга была арестована, против ее автора возбудили судебное дело. Главное управление по делам печати так сообщало о причинах ареста книги: «Эта материалистическая теория. ниспровергает все понятия о нравственном добре и зле, о нравственных обязанностях, о вменяемости преступлений, отнимает у наших поступков всякую заслугу и ответственность и, разрушая моральные основы общества в земной жизни, тем самым уничтожает религиозный догмат жизни будущей, она несогласна ни с христианским, ни с уголовно-юридическим воззрением и ведет положительно к развращению нравов. Поэтому книга г. Сеченова «Рефлексы головного мозга» представляется направленной к развращению нравов и подлежит судебному преследованию. и уничтожению, как крайне опасная по своему влиянию на людей. Уничтожение книги г. Сеченова, как изложение самых крайних материалистических теорий, опирающихся, по-видимому, на авторитет науки, признано советом гл. управления по делам печати необходимым» (там же, с. 63).
В отношении к прокурору петербургского окружного суда цензурный комитет указывал статью Уложения о наказаниях, которую следовало применить для судебного преследования и уничтожения книги. В окружном суде дело затянулось. Известный адвокат В. Д. Спасович стал по поручению Сеченова хлопотать о снятии ареста с книги. Разбор этого дела в заседании окружного суда привлек столь многочисленную публику, что судебные чиновники побоялись начать суд над книгой и ее автором. Гласное обвинение Сеченова взволновало бы всю передовую общественность, еще более усилило бы интерес к книге. Дело передали в петербургскую судебную палату. Понимая, что судебный процесс может кончиться провалом, управляющий министерством юстиции князь Урусов писал министру внутренних дел П. А. Валуеву: «Гласное развитие материалистических теорий при судебном производстве этого дела может иметь последствием своим распространение этих теорий в обществе вследствие возбуждения особого интереса к содержанию этой книги Поэтому я полагал бы более осторожным не давать дальнейшего хода возбужденному Цензурным комитетом преследованию книги» (с. 71). Валуев согласился. Арест с книги был снят.
Психологическая теория Сеченова для его современников и сторонников, и противников имела социальный и социально-психологический смысл. Волна общественного подъема 18601870-х годов широко разнесла идеи революционной демократии и прочно связанное с ними психологическое учение И. М. Сеченова.
В первые годы после опубликования «Рефлексов головного мозга» идеологи самодержавия старались своим молчанием ослабить впечатление от этого труда. Когда «замолчать» учение Сеченова не удалось, противники его избрали иные формы борьбы. Поощряемые свыше, они стали выступать против материалистической теории и в печати, и с кафедр учебных заведений. Реакционные деятели нападали на нее, поддерживая, как они заявляли, «существующий порядок».
Один из «казенных» философов, профессор Варшавского университета Г. Струве в 1870 г. при защите в Московском университете своей диссертации «Самостоятельное начало душевных явлений» критическую часть направил против теории Сеченова. Диссертант откровенно заявил, что признание души дает основание религии и «общественному порядку», а отрицание души разрушает существующий порядок, церковь и государство. «От положительного или отрицательного решения этого вопроса зависит два разных мировоззрения, которые заключают в себе враждебные друг другу практические стремления во всех областях общественной жизни» (Струве, 1870, с. 2627). В полемике по поводу диссертации Струве отчетливо выявился классовый характер позиций его защитников, объявлявших веру в душу одной из опор самодержавия.
Идею о самостоятельности души под защиту взял К. Д. Кавелин в книге «Задачи психологии». Учитывая требования времени, он стоял за самоопределение психологии, предлагая перестраивать психологию в духе позитивизма. При этом Кавелин отстаивал то представление о человеке, которое было нужно идеологам самодержавия, какими бы либеральными фразами они ни прикрывались. Кавелин прямо объявил о своей задаче: защитить идею самостоятельности души, а следовательно, и все то, что связывалось с ней, систему взглядов на человека и его взаимоотношения с людьми, со всей иерархией власти, данной богом его помазаннику на земле царю.