В обвинительном заключении значилось:
«С появлением на Сызранской кафедре епископа Августина церковная жизнь почувствовала в нём крепкую опору старых традиций, к нему потянулось самое реакционное духовенство а также миряне из бывших людей и торговцев, видя в нём своего по духу человека. И с этого момента епископ Августин под флагом религиозной общины Казанского собора начал вновь концентрировать, до сих пор разрозненный, поповско-торгашский и монашествующий элемент. Таким путем под его непосредственным руководством произошло окончательное оформление ядра контрреволюционной организации»
Последовала волна допросов. Владыку обвиняли в антигосударственной деятельности, в растлевающем сознание воздействии на умы молодёжи (осуществляемом посредством личного общения и переписки).
На допросах владыка всё отрицал, не смотря на жёсткие и многочисленные обвинения в организации смуты, саботажа и беспорядков:
В предъявленном мне обвинении виновным себя ни по одному пункту обвинения не признаю. К ранее данным показаниям добавляю, что ни в какой организации я не состоял, среди верующих никакого возмущения ни проповедями, ни агитацией не проводил.
28 октября 1931 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило епископа Августина и диакона Бориса к трем годам заключения в концлагерь.
Перед отправкой в ссылку духовные чада владыки помогли организовать его встречу и прощание с детьми. Это было очень трогательно. И только годы спустя дочери владыки смогли оценить и понять сколь великую имел веру и надежду на Промысел Божий их отец.
«За молитвы праведника Бог не оставил нас и мы не пропали. Около нас всегда были добрые люди», вспоминали они. Позднее дочери владыки Августина вместе со своей преданной няней уехали в Пензу к тётке.
Первоначально Преосвященный Августин находился в концлагере возле станции «Лодейное Поле» (что в Ленинградской области). Заключенные здесь занимались сбором смолы. Лагерь располагался в глухом лесу. Работа считалась легкой, но была установлена столь высокая норма, что далеко не все могли её выполнить, а кто не выполнял, того лишали пайка. Первоначально епископ Августин работал на сборе смолы, но спустя некоторое время ему предложили место фельдшера в медпункте. В концлагере владыка строго соблюдал посты, не вкушал мясного, отдавая его другим. Если бы не помощь духовных детей, переправляющих ему небольшие продуктовые посылки, владыка вряд ли смог бы выжить в лагере.
По отбывании заключения, в 1934 году преосвященный Августин был утверждён на должность епископа Калужского и Боровского. В Калуге владыка снял маленькую комнатку. Позднее владыке помог с жильём местный священник, но из-за постоянных проверок милиции адреса приходилось менять.
От дома до храма владыка всегда ходил пешком, в рясе и клобуке, с панагией на груди и с посохом в руке. Это был самый разгар гонений на Русскую Православную Церковь. Часто в спину ему доносились усмешки и угрозы, но он шёл спокойно и уверенно, словно ничего не видя вокруг себя. Служил владыка в храме великомученика и Победоносца Георгия.
Прихожане любил своего архипастыря, с трепетом слушали проповеди владыки и во время его служб в храме всегда было много молящихся. Молился владыка воодушевлённо и внимательно. Своим вдохновением и серьёзностью увлекал других. Людей удивляла и притягивала его непоколебимая апостольская вера и твёрдость, ввиду которых многие укреплялись в вере, словно ощутив себя крепким зданием на твердом фундаменте, которому не страшно житейское безбожное море. Завершалось богослужение под общее пение всем храмом «Отче наш», «Царю небесный», «Не имамы иныя помощи». В это время владыка благословлял всех и выходил из храма. Зачастую прихожане за беседой провожали его до дома.
По большим церковным праздникам к владыке приезжали духовные чада из Иванова, Кинешмы и Москвы. Он помнил и утешал каждого, старался вникнуть в суть происходящего, помогал чем мог, особенно мудрым и неспешным советом. Владыка Августин обладал удивительным смирением. С дочерью Ниной, которая после окончания седьмого класса переехала в Калугу и для которой снимали комнату неподалеку от дома, где жил владыка, он считал нужным говорить не только на религиозные, но и на научные темы.
2 апреля 1936 года преосвященный Августин был возведен в сан архиепископа.