По этому же вопросу Папа ранее писал Леониду Брежневу в 1980 году, уговаривая его не входить в Польшу. В этот раз дело касалось не гарантии безопасности, но защиты человеческих прав в соответствии с хельсинским Заключительным актом. Произошло экстраординарное событие. Семьдесят лет ожесточённой антиватиканской пропаганды со стороны советского режима закончились сразу и бесповоротно, когда Горбачёв признал, что Святой Престол направляет усилия на решение общеевропейских проблем и на создание условий, которые позволяют выбирать народам свой путь. Затем Горбачёв сказал, что установление дипломатических отношений между Святым Престолом и СССР являются решённым вопросом и дипломатам с обеих сторон необходимо лишь урегулировать некоторые формальности. Далее Горбачёв пригласил папу посетить с визитом Советский Союз. Это был весьма напряжённый момент, и некоторые журналисты считали, что папа, не ответивший тут же на это предложение, потерял большую возможность. Иоанн Павел II прекрасно осознавал тонкость этого вопроса и знал, что должен получить приглашение в СССР от Русской Православной Церкви. Советский Президент, знакомый с историческими взаимоотношениями между его ведомством и управлением Московского Патриархата, полагал, что Патриархию в этом вопросе удастся обойти. Но этого не произошло до сих пор.
Широкий взгляд Папы на современное состояние человечества часто вызывало вопросы о том, что человек должен делать или изменить в себе, затрагивал вопросы морали. Это привело Папу к столкновению с теми теоретиками – демократами, для которых демократическая политика нейтральна по отношению к высшим ценностям и к человеческим ценностям вообще. Иоанн Павел II не уклонялся от этой конфронтации, заявляя о своей позиции совершенно не двусмысленно и даже с напористой прямотой.
Поскольку взгляд Иоанна Павла II на природу «холодной войны» отличался от большинства политиков и специалистов по международным отношениям, его представления о ситуации, сложившейся в мире после её окончания, тоже были другими. В представлении Папы фундаментальный кризис современности остался неразрешённым. После окончания «холодной войны» неотъемлемая ценность человеческой личности продолжала находиться под угрозой со стороны новых властей. Кроме этого оставался открытым вопрос о нравственном укладе свободного общества. Иоанн Павел II говорил, что Церковь уважат любую истину, которая имеется в мировых религиях и культурах. Он отмечал, что все истины указывают на единственную великую истину, проявленную Богом в Иисусе Христе.
1 марта 1990 году между Святым Престолом и СССР были установлены дипломатические отношения. А в 1991 году в СССР к власти пришёл Борис Ельцин, возглавив новое демократическое государство – Российскую Федерацию. Встречи папы Иоанна Павла II и Бориса Ельцина состоялись в 1991 и 1998 гг.
В сентябре 1992 года Святой Престол установил дипломатические отношения с Мексикой.
В конце этого года папа обратился к Международной конференции по проблемам питания, проходившей в штаб-квартире ООН по продовольствию и сельскому хозяйству (ФАО), расположенной в Риме. Хотя Иоанн Павел II не имел ввиду кризис, разразившейся в Сомали, куда были готовы высадиться подразделения американской армии, чтобы попытаться установить общественный порядок, необходимый для борьбы с голодом и смертью, ситуация в Сомали повлияла на общий тон выступлений. Голод, говорил Папа не может больше рассматривать как естественный процесс, ни как негативный результат перенаселения. Современная проблема касается не производства, а распределения продовольствия, которому препятствуют природные катаклизмы, коррупция, жесткая политика или протекционизм.