В 1960-х гг. ниндзя перекочевали в западную масс-культуру. В 1964 г. выходит в свет фильм «Ты живёшь только дважды» («You Only Live Twice») по роману Яна Флеминга о Джеймсе Бонде. Сюжет романа и фильма разворачивается в Японии, где британскому суперагенту, в его борьбе с очередным суперзлодеем, помогают ниндзя.
Благодаря современной массовой культуре сложился новый популярный образ ниндзя. Если в эпозху Эдо ниндзя представляли колдунами, учениками тэнгу и ямабуси, то в ХХ веке ниндзя стали представлять как фехтовальщиков и мастеров боевых ичскусств, владеющих некой сверхэфективной техникой рукопашного боя, во много раз превосходящей технику каратэ, айкидо, дзюдо и дзю-дзюцу. Этот ложный образ ниндзя поддерживают и распространяют многочисленные бизнесмены от будо, наподобие Фрэнка Дюкса или Асиды Кима, открывшие собственные школы ниндзя. По-сути они и предложили современную трактовку ниндзюцу как некоей экзотической системы боя с оружием и без. Как писал Анатолий Тарас: «Деятельность такого рода наставников основывается не на традиции, а на собственных фантазиях и всякого рода экзотике. Рецепт достаточно прост: немного сказок по мотивам восточной истории, немного ритуалов какого-нибудь племени мумбо-юмбо; побольше джиу-джитсу и тренировок в духе спецназа. Вот вам и ниндзюцу»!5
По вине таких сэнсеев, в западной популярной литературе закрепился ошибочный взгляд на ниндзюцу, как на аналог самурайского комплекса военных знаний бугэй дзюхаппан, включающего в себя приёмы боя без оружия и с оружием (кумиути, дзю-дзюцу и бу-дзюцу), тактику и стратегию (сэн-дзюцу, гумпо или хэйхо). Это неверно, так как ниндзюцу само было частью комплекса бугэй дзюхаппан, это система шпионажа и диверсий, а не рукопашного боя или фехтования.6 Ниндзюцу являлось военно-теоретической наукой (гунгаку), подобной таким дисциплинам как хэйхо (стратегия), суй-рэн (стратегия и тактика морских сражений), тикудзё-дзюцу (фортификация) и т. д. Сэнсэй Каваками Дзинъити, исследователь ниндзюцу, в своих лекциях прямо говорил, что преподаёт бу-дзюцу, и что хотя, его ученики и носят на тренировках тёмно-синие кэйкоги (букв. «одежда для тренировки») желая быть похожими на ниндзя, на самом деле они бугэйся (букв. «человек практикующий бугэй традиционные воинские искусства»), а не ниндзя. Хацуми Масааки свою систему Будзинкан назвал будо-тайдзюцу (вид будо, телесная практика), подчёркивая этим, что преподаёт будо, и ниндзюцу в этой системе лишь один из её элементов.
Отечественные авторы, пишущие на тему ниндзя, повторяют ошибки зарубежных коллег. В 90-е гг. не редко просто переводили западные книги на русский язык, и гордо ставили на обложку плагиата свою фамилию. Поэтому книг, рассказывающих читателю об истинном ниндзюцу, и опирающихся на аутентичные трактаты почти не было. Высокое качество для начала и середины 1990-х гг. имели лишь книги В. В. Момота, основавшего отечественный Будзинкан, и получавшего информацию о ниндзюцу непосредственно от зарубежных сихан Будзинкана. Его книги уже в то время стали библиографической редкостью.
В 1997 г. молодой аспирант Института стран Азии и Африки при МГУ (ныне кандидат исторических наук), А. М. Горбылёв, в минском издательстве «Харвест» выпустил книгу «Путь невидимых. Подлинная история ниндзюцу». Издание этой книги явилось событием. Книга сразу же привлекла к себе внимание отечественных любителей будо и нимпо,7 и на просторах интернета до сих пор о ней не утихают споры. В ней А. М. Горбылёв изложил взгляд историка-востоковеда на историю и сущность ниндзюцу. Впервые, для создания русскоязычной книги на эту тему, было привлечёно большое количество литературы на японском языке, ранее не переводившееся на русский язык. Годом позже было издано продолжение «Когти невидимок. Подлинное оружие ниндзя», описывающее различные виды оружия и инструментов ниндзя. Было заявлено издание третьего тома «Секреты ночных демонов. Подлинная техника ниндзюцу», посвященного методам ниндзя, описанных в старинных трактатах. Но по независящим от автора причинам, третий том, так и не был издан. Зато в 2002 г. в научно-популярном журнале «Япония. Путь кисти и меча» вышла серия статей А. М. Горбылёва о методах ниндзюцу. Однако малый тираж журнала делал эти публикации практически недоступными для массового читателя.