Результатом функциональных систем в поведенческой, психической и социальной деятельности являются субъективные переживания человека, его мышление, поступки, поведение в обществе. По данным Анохина П. К., в организме не существует процессов, которые не обеспечивались бы функциональной системой того или иного уровня сложности. При действии на организм повреждающих факторов физической, химической или биологической природы формируются патологические функциональные системы. Патологический очаг может объединять в патологический процесс местные метаболические реакции и ряд органов. И любая болезнь это также результат реализации функциональной системы.