Потому после прочтения стройной концепции Филофея о Москве Третьем Риме Василий вернулся к поставленным перед государем монахом других злополучных вопросов текущей псковской жизни, как, впрочем, и всего устройства Русского православного государства. Особо выделил Василий острую полемику старца Трехсвятительского Елеазарова монастыря с астрологическими предсказаниями Николая Немчина, вообще, о необходимости отвержения всех «лукавых» принципов астрологии, непримиримой борьбы со сторонниками и покровителями этого течения, размывающего фундамент стройного красивого здания православной церкви. Может, потому Василий и внимательно изучил в послании сугубо «псковские» текущие вопросы старца Елеазарова монастыря, потому что в строках о необходимости давать отпор лжеученым астрологам, а Филофей разбил в пух и прах астрологические предсказания Немчина, Василий уловил косвенный панегирик в свой адрес непримиримого борца с ересью и покровителями этой ереси при дворе, уже низложенными и загубленными им Еленой Волошанкой и Дмитрием-внуком.
После недавнего устранения своего главного династического соперника царевича Дмитрия, имя которого так или иначе, в той или иной степени было связано с замешанной на астрологии ересью жидовствующих, пришедшей в Москву из Новгорода, государю была понятна и близка забота старца об устройстве «правильной» духовной жизни Пскова, входившего в новгородскую епархию и подчинявшегося тамошнему архиепископу. Филофей в своем послании настойчиво объяснял государю, что нельзя медлить с назначением на новгородскую кафедру авторитетного деятельного епископа, ибо промедление наносит серьезный удар по единству православной церкви и сеет смуту в умах и душах верующих, процветанию ереси, интересу к лжеучениям, той же астрологии.
«Да где же я тебе найду такого твердого в правой вере епископа, соратника государя который даст отпор еретикам и заткнет за пояс в ученом споре мудреных еретиков и изощренных сторонников астрологии? подумал Василий. После Геннадия Новгородского, которого батюшка недаром сместил с престола, нужен еще больший авторитет, умом великий, в учености не уступающий, а лучше превосходящий всех мирских и духовных людей. Местные не годятся, поскольку повязаны тайными узами с еретиками и их тайными сообщниками, а из архиреев в других монастырских обителях и приходах у большинства кишка тонка в смысле ума, знаний, опыта, чтобы взвалить на себя немыслимый груз ответственности, проводя в новгородской епархии тонкую промосковскую православную политику Будем смотреть, приглядываться, искать и подбирать будем из новых игуменов больших и малых монастырей Потерпит немного «вдовство» Не будем торопиться с мятежной новгородской епархией, руководствуясь принципом семь раз отмерь, приглядываясь к епископским кандидатурам, да один раз отрежь»
Василий проигнорировал просьбы и мольбы Филофея, прислать по великокняжескому выбору новгородского епископа, чтобы положить конец «вдовству» кафедре и престола. Однако Василий внимательно рассмотрел два других вопроса, имеющих непосредственное отношение к псковским церковным и наместническим делам. Государя нельзя было обвинить в непроницательном взгляде на сложившееся положение дел в Пскове, он понял тонкий намек монаха на «московский след», что именно многие московские чиновники, притеснявшие православных псковитян, неправильно крестились и были скрытыми и откровенными содомитами. В этом его убедил и доклад Мисюрь-Мунехина не только о Третьем Риме, но и о серьезности грехов государевых чиновников и необходимости устранения из Пскова этих злых и порочных людей ради проявления «великого государева милосердия» к присоединенному к Москве городу на границе со шведами и Литвой.
В своем послании Филофей тему «московских грехов» умело переводит в мысль о проявлении милосердия к простым угнетенным псковитянам: «Обрати, государь, скупость свою в щедрость и жестокость в милосердие; утешь плачущих, которые причитают и днем, и ночью, избавь угнетенных от руки угнетателей»
Филофей мудро предостерегает государя от неправедных действий в отношении всех псковитян, которых вольно или невольно Москва лишила имущества и богатства: «Не полагайся на золоту и славу, которые достаются здесь на земле и остаются в земле. Мудрый Соломон сказал: «Назначение богатства и золота не в том, чтобы хранить их в сундуках, но в применении их для помощи нуждающимся».