Создавая боеспособную армию, Стефан III опираясь на горожан и свободных крестьян, отказался от боярских дружин. Это позволило господарю получить более широкую поддержку всех слоёв населения. Такая политическая и военная реорганизация позволила Стефану III успешно противостоять внешней агрессии.
В 1467 году венгерский король, правивший в 1458 1490 годах, Матьяш I Хуньяди (Матвей Корвин) (1443 1490) с большой армией вторглась в Молдавию. Но собрав войско, Стефан III выбил захватчиков из страны. Король Матьяш I был ранен и едва спасся. В ответ в 1469 году Стефан III совершил рейд в Венгрию. Военный конфликт с венграми с переменным успехом продолжался до 1475 года, когда был подписан мирный договор. Венгерскому королю не удалось подчинить Молдавию.
Отстоять независимость своей страны, Стефану III удалось и в противостоянии с Польшей.
Но наибольшие трудности выпали на Молдавию во время затяжной войны с турками. В конце 1474 году стотысячная турецкая армия под командованием бейлербея Румелии Хадим Сулейман-пашы, поддержанная валашским отрядом, вторглась в Молдавию. Господарь, мобилизовав все силы страны и получив военную поддержку из Польши и Венгрии, смог выставить лишь сорок тысяч воинов. Да ещё в его армии было 20 пушек. Решающее сражение произошло 10 января 1475 года в самом центре страны, недалеко от города Васлуя, в месте впадения широкого ручья Ракова в реку Бырлад. Битва была жестокой, но удача улыбнулась молдаванам. Турецкая армия была наголову разбита.
Эта победа, над ранее не знавшей поражение турецкой армией произвела огромное впечатление в Европе, подняв престиж Молдавского господаря.
Средневековый польский историк Ян Длугош (1415 1480) восторженно писал о молдавском правителе: «О дивный муж. Нет никого из героев прошлого, кто бы был столь удивительным, который бы из среды государей наших дней одержал столь блестящую победу над турками. По моему мнению, он является наиболее достойным, кому можно доверить руководство борьбой с турками».
Однако достигнутый успех вовсе не избавила Молдавию от турецкой угрозы. Наоборот эта громкая победа ещё более осложнила положение Молдавии. Турки жаждали реванша, и господарю Стефану III необходимо было готовиться к новому турецкому вторжению.
И действительно турки не заставили себя долго ждать. Новое огромное турецкое войско, в начале лета 1476 года, во главе с султаном Мехмедом II Завоевателем, покорителем Константинополя, при поддержке крымских татар, двинулось в Молдавию.
Стефан III решил разгромить противника по отдельности, не допустив соединения турок с татарами. Ему удалось разбить крымских татар. Однако в битве с турками, произошедшей недалеко от Нямца, в Белой долине, позже это место получило название Рэзбоень, то есть «место сражения», молдаване были разбиты. Но воспользоваться плодами победы турки не смогли. Они увязли под стенами молдавских крепостей Нямец и Сучава. Тем временем, господарь Стефану III собрав остатки своего войска, набрав новых воинов и получив поддержку из Венгрии, стал теснить турок за пределы Молдавии, вскоре очистив от захватчиков всю страну.
В ответ турки захватили Каффу, генуэзскую крепость в Крыму, и овладели православным княжеством Феодоро, что поставило Молдавию в трудное экономическое положение, ограничив транзит товаров. Кроме того, Крымский хан признал себя вассалом Турецкого султана и отныне стал действовать сообща с турецким войском. Как следствие усиления внешней угрозы обострились внутренние противоречия в Молдавии. Некоторые бояре, недовольные жёсткой централизованной политикой господаря, признали власть султана.
Поэтому ведя ожесточённую борьбу с турками, Стефан III стремился заручиться поддержкой своих соседей. Прежде всего, он искал союза с Венгрией, Польшей и Венецией. С венграми 12 июля 1475 года был заключён союзный договор. В 1476 году Молдавию посетил венецианский посол Эммануил Жерардо. В надежде на польскую помощь Стефан III признал себя вассалом Польского короля.
Не прочь был Молдавский господарь заключить союз с Москвой. Поэтому господарь Стефан III счёл возможным породниться с Московской великокняжеской династией. Он решил выдать свою дочь Елену за Ивана Молодого, сына великого князя Московского Ивана III. Интересно, что предполагаемые молодожёны состояли друг с другом в близком родстве. Они были троюродными братом и сестрой, поэтому для заключения брака требовалось разрешение церкви. Но все эти преграды были преодолены, и брак стал основой молдавско-московского союза.