В 1862 году в Военном министерстве пришли к выводу, что работы комитетов «велись без общего плана и представляли совершенное разнообразие во взглядах». Исправить данный недостаток должна была подготовленная в Управлении иррегулярных войск «Общая программа главных оснований войсковых положений». Под этим названием скрывались упомянутые Н.И. Красновым «Соображения.». Развивая основные идеи данного документа, авторы очерка специально подчеркнули ту его часть, которая касалась планов по устройству казачьего войскового управления, в частности предложений по разграничению «гражданской части от военной и судебной от административной, а относительно судоустройства, принять формы и порядки, готовящиеся для всего государства»24. Многолетние занятия местных комитетов не привели к «желаемым результатам». В связи с этим работу по совершенствованию казачьего законодательства было решено переместить в Военное министерство, в образованный в 1865 году «комитет по пересмотру казачьих законоположений». Однако, как считают авторы очерка, реформаторскую деятельность министерства на втором этапе нельзя сводить только к действиям данного комитета. Все последующие преобразования в отношении казачества они разделили на следующие группы: «1) изменения в числе и составе казачьих войск; 2) изменения в управлениях: военном и гражданском; 3) изменения в военной повинности казаков; 4) в организации казачьих частей; 5) в службе казачьих частей; 6) изменения в гражданском состоянии, в земельном и прочих довольствиях»25. Кроме того, необходимость преобразований в казачьих войсках была объяснена не только негативным влиянием устаревших положений, но и наличием проблем военного и экономического характера. Так, например, в очерке утверждается, что «находившиеся на внутренней службе казаки лишь в самой слабой степени могли подготовляться в чисто строевом отношении». Внешняя служба, особенно донских полков, была организована «также не вполне удовлетворительно. большая часть их несла кордонную службу или же служила для усиления полиции и пограничной стражи». Только кавказские войска «несли чисто боевую службу, а затем вместе с усмирением горских племен, прекратилась и боевая практика». В связи с этим Военное министерство, «сознавая вред такой службы как для казаков, так и для государства, напрасно тратившего значительные суммы на содержание казаков, принимало меры к тому, чтобы образовать из казачьих войск вполне боевые части, могущие заменить регулярную кавалерию, что позволило бы содержать ее в сравнительно ограниченном составе»26. В числе этих мер основной стало введение новых положений о казачьей службе, разделяющих казаков на служилых и неслужилых (или войсковых граждан) первоначально в Оренбургском казачьем войске, а затем в Кубанском и Терском казачьих войсках (1870), в Сибирском (1871), Астраханском и Забайкальском казачьих войсках (1872).
В очерке отмечается, что к началу 1871 года Военному министерству «удалось исполнить почти все задуманные преобразования, касающиеся гражданской части иррегулярных войск». Была разрушена «замкнутость» казачьих войск, узаконен выход из войскового сословия, в административном, судебном и полицейском отношениях казаки переподчинялись учреждениям или «общим с остальными сословиями, или же устроенным весьма сходным с действующими в остальных частях империи», наконец, лица других сословий получили право селиться и приобретать собственность в казачьих землях. Таким образом, совершился «громадный переворот, изменивший в большинстве казачьих войск веками сложившийся порядок и считавшийся прежде как правительством, так и казачьим населением необходимым условием существования казачьих войск». Но по военной части к началу 1871 года министерству так и «не удалось вполне осуществить свои предположения»27. Ситуация была исправлена на третьем этапе реформ с 1871 года. На казачьи войска обратили повышенное внимание в связи с тем, что в военном ведомстве пришли к выводу о необходимости увеличения кавалерийских частей для достижения паритета с европейскими армиями. Казачество было признано удобным средством для достижения поставленных целей. Создание новых казачьих войск с одновременным увеличением сроков казачьей службы признавалось неудобным для практического осуществления. Пополнить ряды кавалерии было решено за счет привлечения к службе всего казачьего населения и зачисления всех без исключения казаков в служилый разряд. Такое решение подкреплялось тем обстоятельством, что «общеобязательная служба 1874 года, не давала поводов к изъятию в этом отношении для казаков, у которых искони общеобязательная воинская повинность составляла основание устройства каждого войска»28. Благодаря предпринятым мерам, в первую очередь через возвращение принципа поголовности казачьей службы в «Положении о военной службе Донского войска» 1874 года и «Уставе о воинской повинности Войска Донского» 1875 года, Военному министерству «удалось поставить казачьи войска почти в одинаковый уровень с регулярными частями.»29. Что же касается обустройства казаков в гражданском отношении, то «по этой части, насколько оказывалось возможным, продолжались развитие и применение той общей программы, которая была принята еще до 1871 года»30.