Результатом путешествия Федченко стало составление наиболее полной по тому времени карты Ферганской котловины и прилегающих к ней местностей. Не менее ценны были ботанические и зоологические сборы и наблюдения, выполненные Алексеем Павловичем.
Восхождение им на перевал Алайского хребта ознаменовалось крупнейшим географическим открытием: за Алайской долиной с запада на восток вытянулся огромный хребет, покрытый вечными снегами и льдами. Федченко назвал его «Заалайский». Так он зовётся и поныне. Одной из высочайших вершин Памира Федченко дал имя тогдашнего туркестанского генерал-губернатора. В отличие от хребта, Пик Кауфмана своё название не сохранил в 1928 году он был переименован в пик Ленина. Ныне это Пик Абу Али ибн Сина.
Между тем на восточной границе края уже почти семь лет полыхал пожар. С 1864 года в китайских владениях, граничащих с некоторых пор с Российской империей, полыхало восстание уйгур и дунган.
Китайская администрация и войска частью бежали, частью были истреблены. Власть Цинской империи пала, и на месте бывшей китайской территории образовалось несколько независимых владений, которые вскоре вступили в междоусобные распри. В конечном итоге большая часть этой территории оказалась под властью правителя Кашгарии, уроженца Пскента Якуб-бека, состоявшего когда-то на службе у кокандского хана, а в Илийской долине возникло государственное образование Таранчинский султанат, жители которого совершали набеги на территорию Туркестанского края, грабя местное население и угоняя скот.
Россия не могла пассивно взирать на события, происходившие на её новых территориях. Необходимо
было реагировать и на поведение Якуб-бека, занявшего откровенно антироссийскую позицию, в то время как английские агенты Шоу, Хейуард, Форсайт чувствовали себя в Кашгарии весьма вольготно. Поступала информация о намерении Якуб-бека овладеть городом Кульджа важным центром торговли между Россией и Китаем.
Обеспокоенный Кауфман в мае-июне 1870
года лично посещает Семиречье.
Возвратившись в Ташкент, он отправляет канцлеру Горчакову письмо, в котором пишет, что положение на границе ухудшилось, и он полагал бы необходимым «теперь же, не теряя времени и не дожидаясь прихода сюда китайских правительственных войск, принять какие-либо решительные меры к устранению причин, уничтоживших в последнее время всякую нашу торговлю с Западным Китаем и постепенно подрывающих наше вековое значение в глазах киргиз (казахов, В.Ф.) Мы теперь же должны, писал далее туркестанский генерал-губернатор, как для пользы наших среднеазиатских владений, так в особенности для восстановления упадшей торговли нашей с Западным Китаем, помочь Китаю в усмирении этих отдаленных провинций, хотя бы непосредственным вмешательством наших в дела таранчей и дунган и избавлением на первое время прежней Илийской провинции от власти таранчинского султана».
В конце мая 1871 года по приказу Кауфмана командующий войсками Семиреченской области Г. А. Колпаковский возглавил военную экспедицию в Кульджу и после ряда боёв 22 июня занял столицу Илийского края.
К Колпаковскому явились с изъявлением покорности представители почти всех кочевых племен и земледельческих поселений. Русским войскам понадобилось всего десять дней для занятия территории и ликвидации Таранчинского султаната.
Анализируя причины быстрой и почти бескровной победы, чиновники канцелярии семиреченского губернатора подчеркивали: «Без сомнения, результаты эти достигнуты превосходством наших войск и тем строгим уважением, которое оказывалось личности и имуществу населения».
На сообщении о занятии Колпаковским Кульджи Александр II сделал пометку: «Очень рад, лишь бы оно не завлекло нас еще далее».
Якуб-бек не рискнул начать войну с Россией и через год, вступив в переговоры с туркестанским генерал-губернатором, заключил с ним торговый договор.
Через десять лет этот район был возвращён Китаю, который огнём и мечом отвоевал утраченные на время территории. О том какую роль сыграл в этой военной кампании первый туркестанский генерал-губернатор, мы расскажем в последующих частях. А за те 10 лет, что Илийский край контролировала Россия, русским исследователям была предоставлена возможность подробно изучить эту страну и соседние районы к северу от Тянь-Шаня.