Ж. Дюмезиль позднее получил отповедь в связи с сухонским толкованием от немца Макса Фасмера, автора знаменитого «Этимологического словаря русского языка» (в четырех томах), и больше данный вопрос в научных кругах не обсуждался. М. Фасмер, в свою очередь, предположил, что гидроним Сухона имеет древнерусское происхождение, но не былинное, а изначально звучал как Суходъна, то есть «суходонная, мелкая река». При этом ученый приводил в качестве примера аналогичное название речки Суходон в бывшем Кемском уезде Архангельской губернии, однако не пояснив, почему же и оно не превратилось с течением времени тоже в Сухону. Автор капитального словаря писал еще, что «допустимо непосредственное образование от сухъ», и указывал на факт существования древнерусского слова «сухона» «сухость, жар».
В 1966 году, после многолетнего перерыва с дореволюционных времен, вышел в свет первый в СССР «Краткий топонимический словарь» известного русского лингвиста В. А. Никонова. Статью о Сухоне он начал со слов: «Этимология неизвестна», но все же изложил толкование М. Фасмера, правда, отнесся к нему довольно скептично: «Это не опирается ни на какие доказательства». Не одобрил Владимир Андреевич и возможную связь с русским словом «сухо», пояснив свое мнение тем, что «на обширной территории Сухона самая многоводная река».
Несколько лет назад московский топонимист А. Л. Шилов впервые попытался приблизить Сухону к огромному пласту финно-угорской топонимии северо-запада России. Он сравнил это название с прибалтийско-финским sahieno «река с мелкими порогами» и саамским suegejeänna «мелкая река». Как видим, и здесь семантика гидронима не выходит за пределы уже известного «сухого» круга. Конечно, это случайное совпадение, но и оно по-своему показательно.
Любопытно, что мнение простого народа тех людей, которые издавна живут непосредственно на берегах Сухоны, не совпадает с учеными гипотезами. «Словарь вологодских говоров» зафиксировал тот факт, что в Междуреченском районе говорят: «Сухона у нас есть, Нутриха она, пароходы по ней плавают». Слово «нутристая» на местном диалекте означает «глубокая, с неровным дном река». Таким образом, жители посухонских деревень, хорошо знающие эту реку, никак не склонны считать ее мелкой и сухой.
Название Сухона на Русском Севере не единично. Сборы топонимической экспедиции из Екатеринбурга, возглавляемой многие годы профессором А. К. Матвеевым, дают еще такие похожие топонимы: ручей Сухонец в бассейне Устья, река Сухона в бассейне Онеги, луг Сухоны в низовьях Северной Двины (все в Архангельской области). У самой Сухоны имеются притоки Сухая речка и Сухонка, больше похожие на ручьи, пересыхающие в летнее время. Наконец, еще одну Сухону удалось обнаружить в Московской области. Она же именуется и Сухонкой. Это левый приток реки Нерская в старинном Брошевском стане Усть-Мерской волости. Впрочем, все эти названия принадлежат небольшим географическим объектам, никак не сравнимым по масштабам с вологодской Сухоной, поэтому какие-то прямые связи между перечисленными выше топонимами и «главной» в этом ряду Сухоной не прослеживаются.
Александр Константинович Матвеев обращался к проблеме происхождения гидронима Сухона неоднократно. В частности, он отмечал: «Сейчас трудно сказать, какое ударение было сперва в древнерусском гидрониме Сухона. Но с течением времени оно закрепилось на первом слоге, на что повлияли местные финно-угорские названия, у которых всегда начальное ударение Вологда, Ихалица, Уфтюга и другие. Нутром чувствуешь, что русское название, а доказать трудно». Позднее профессор уточнил свою позицию, написав в монографии «Субстратная топонимия Русского Севера» следующее: «Название Сухона, несмотря на явную близость к слову сухой, из-за ударения на первом слоге и необычного для исконно русских гидронимов суффиксального оформления ассоциируется с субстратными наименованиями типа Сояна, Сямжена и вынуждает думать о народной этимологии на русской почве». А. К. Матвеев реанимировал раскритикованную В. А. Никоновым версию М. Фасмера и предположил, что, «по-видимому, в говорах Русского Севера существовало слово сухона со значением сухое место».
Фрагмент карты Гийома де Лилля
В противовес Сухоне Александр Константинович ставит название другой крупной составляющей Северной Двины реки Вычегды: от угорского выт «вода» и шагет «рукав (приток)». Иными словами, в древности Двина могла начинаться в районе современного города Котласа от слияния «сухой» и «многоводной» рек. В этом плане представляет интерес новая этимология гидронима Кубена. С географической точки зрения река Сухона берет начало не в Кубенском озере, а близ поселка Коноша в Архангельской области, где из небольшого водораздельного болота вытекает Кубена. Таким образом, Кубена и Сухона, по сути дела, представляют собой одну и ту же реку, лишь ПРОТЕКАЮЩУЮ через Кубенское озеро. Прибалтийско-финское kuiv означает «сухая, высохшая», а kuiveno «сухая река».