Els primers temps moderns no canviaren substancialment lestructura econòmica de la Generalitat valenciana, com ha mostrat José María Castillo del Carpio en el seu estudi sobre la institució en el segle XVI. També es mantingué estable la seua aportació a les finances reials, ara ja en el marc de la monarquia hispànica. Tot i que el 1510 i el 1518 va ser de 90.000 i 200.000 lliures, respectivament, el servei restà inalterat en 100.000 lliures entre 1528 i 1585. Aquesta estabilitat afavorí que els impostos tradicionals distribuïts entre els municipis mitjançant tatxes s'imposassen de vegades a les aportacions de la pròpia Generalitat. En la segona meitat de la centúria, però, la Generalitat pogué assumir el pagament total del servei gràcies al fort increment dels seus ingressos fiscals el tall del drap, un impost sobre la producció tèxtil, i els aranzels duaners, entre els quals els imposats a lexportació de seda. Cap al final del Cinc-cents i el començament del Sis-cents, la pressió fiscal de la monarquia obligà a reunir els donatius acordats en les corts (tots de 100.000 lliures, el 1582, el 1592 i el 1602) per mitjà de juntes destaments al marge de les corts. Com que no era suficient, les corts de 1604 es van veure forçades a incrementar el servei ordinari a 400.000 lliures i a fer-se càrrec també de la construcció i manteniment de quatre galeres per a la defensa de la costa, cosa que obligà a la Generalitat a finançar-se amb nous imposts.
Com ja va veure John Elliott en el seu dia, la sistematització de la pressió fiscal sobre la Corona dAragó preconitzada pel comte-duc dOlivares i plasmada en el projecte dUnió dArmes, que preveia la creació i el finançament dun exèrcit de 140.000 homes, mantinguts pels diferents regnes i territoris de la monarquia segons la seua població i recursos, exasperà els estats no castellans, que shi resistiren fermament en les corts de 1626, celebrades el mateix any a Aragó, València i Catalunya (encara que les valencianes es van reunir a Montsó, per indicació del monarca). A València, loposició al projecte hi era generalitzada, fins i tot entre els sectors populars, com mostra el Dietari de mossèn Porcar, prevere beneficiat de lesglésia de Sant Martí, el qual no tenia dubtes sobre les intencions dOlivares: «pretén que totes les corones y regnes dAragó han de ser conforme a la de Castella, no obstant los furs y privilegis de dits regnes». La proposta del privat (valido) de Felip IV no sols fracassà sinó que propicià la revolta el 1640 de Catalunya i Portugal, aquesta última culminada amb la independència del país.
La revolta catalana havia estat encapçalada per la Generalitat, com havia fet ja durant la guerra civil de 1462-1472 i de la mateixa manera que la diputació permanent dels Estats Generals dels Països Baixos havia dirigit la revolta de les Províncies Unides, iniciada el 1581, i la seua independència final, reconeguda per Madrid el 1648. En contraposició amb això, la historiografia ha reconegut tradicionalment el menor pes polític de la Generalitat valenciana i el seu caràcter més tècnic i administratiu. Ho reconeixien també els propis diputats valencians en les corts de 1624, en afirmar que «nosaltres en este regne no tenim la plenitud de poder que los diputats de Catalunya i Aragó». En realitat, la progressiva irrellevància política de la Generalitat valenciana havia començat ja al final del segle XV, amb la intromissió de Ferran el Catòlic en el nomenament dels càrrecs i, de fet, la monarquia exercí un fort control sobre la institució als temps moderns. Això portaria a la creació duna institució rival, els Estaments, integrada pels membres de cada braç o estament residents en la ciutat de València, que, com ha vist Emilia Salvador, sarrogaren la defensa dels Furs i la representació del regne, enfront duna Generalitat que perdia pes polític en quedar mediatitzada per la corona. La balança sinclinaria finalment en favor del nou òrgan, que quedà institucionalitzat el 1645 amb la creació de la Junta dElectes (elets) dels Estaments en el que serien les últimes corts valencianes. De fet, aquestes havien quedat obsoletes i el rei ja no les tornaria a convocar, donat que podia obtenir de la Junta els serveis, en diners i homes, que necessitava, mentre que la Junta podia denunciar directament davant el monarca els contrafurs comesos pels oficials reials, que fins aleshores havia estat una de les funcions de les corts. Com molt bé va veure Isabel Lorite en la seua tesi doctoral, lenfrontament entre la Generalitat i els Estaments, esperonat pel mateix monarca, debilitava políticament el regne, que no comptava amb una veu unitària enfront de la corona ni podia oposar-se amb la mateixa força a les demandes econòmiques daquesta.
La decadència de la Generalitat deixava escapçat el regne de València. Lantiga institució representativa dels valencians havia quedat reduïda a un mer òrgan de recaptació tributària, i potser per això, per la seua inanitat política i la seua funció eminentment tècnica, va ser lúltima a ser desmantellada en quedar abolit el sistema foral valencià amb la victòria borbònica i el decret de Nova Planta el 1707.
Ja abans, als segles XVI i XVII, la Generalitat havia suscitat latenció de polítics, compiladors i tractadistes. Prova del caràcter singular de la institució és un memorial redactat a la dècada de 1560 per a instruir al nou virrei, el comte de Benavente (1566-1572), sobre les funcions i competències dun organisme que no podia conèixer prèviament, perquè no existia a Castella. Sota el títol dInformación sumaria y muy breve de la institución y fundación de la Generalidad deste reyno de Valencia y de sus privilegios, dirigida al excelentísimo señor don Anthonio Alfonso Pimentel y de Herrera, conde de Benavente e mi señor, el text conté, segons una descripció arxivística contemporània: una ynformazión simple, breve y sumaria de la ynstituzión y fundazión de la Generalidad de el reyno de Balencia, sus privilegios, forma que se havía de observar en la elección de los diputados y ottros ofyziales del, per bé que, en realitat, després duna introducció al regne i a la ciutat de València, es limita a copiar, traduïts, els furs relatius a la institució. La regulació foral dels diputats del General apareix recollida fidelment també en les Institucions dels furs y privilegis del regne de València, publicades pel jurista Pere Jeroni Taraçona el 1580, i de manera més específica en el Volum e recopilació de tots los furs, y actes de Cort, que tracten dels negocis, y affers respectants a la Casa de la Deputació y Generalitat de la Ciutat y Regne de València, del també jurista, catedràtic i rector de la Universitat de Lleida, professor de lleis a la de València, advocat de la ciutat i diputat del General Guillem Ramon Mora dAlmenar, estampades el 1625. En parlaren també els tractadistes Tomàs Cerdà de Tallada, nomenat regent del consell dAragó el 1604, segons ha estudiat Teresa Canet, i Llorenç Mateu i Sanç, autor dun Tractatus de regimine urbis ac regni Valentiae (1654-1656), en el qual analitzava diferents institucions valencianes, tant de làmbit del dret públic com del privat, redactat a partir de la legislació continguda en els furs i privilegis.
De la Diputació del General i les altres institucions forals valencianes en parlaria Josep Ortí i Moles, que sembla que nhavia estat secretari, en un Memorial elaborat i publicat el 1707, el mateix any del decret de Nova Planta, fet a instància de la corporació municipal. Lescrit negava que hi hagués hagut rebel·lió dels valencians i suplicava a Felip V la restitució dels furs i les institucions forals. Tot i la seua provada lleialtat borbònica, els promotors del Memorial, entre ells el seu autor i el jurat Lluís Blanquer, van ser enviats a lexili al castell de Pamplona. No sen tornaria a parlar més, per por, per desídia, per oblit.