Per fi podia emprendre el seu programa de reformes. Va constituir un tribunal per castigar els excessos i exaccions del regnat anterior; va reduir el luxe, les despeses i el personal de la cort (inclosa la guàrdia imperial i la policia secreta), i va suprimir gran part dels espectacles de teatre i de circ. Va emetre un edicte per restituir a les ciutats el poder civil i religiós que havia decaigut, i així mateix els va tornar les terres i propietats que lestat i lesglésia els havien sostret. Va ser eliminat el privilegi del clergat cristià, que estava exempt de contribuir a la gestió municipal. Amb ledicte del 4 de febrer del 362, es proclamà la llibertat religiosa que els emperadors precedents ja havien restringit (i que els emperadors següents anul·larien del tot, fins que Teodosi declarà el cristianisme religió destat: caldrà esperar més de mil anys perquè a Europa es torne a parlar de llibertat de religió); es van reobrir els temples als déus, els van ser restituïdes les propietats confiscades pels emperadors cristians, i van rebre subsidis per a restauracions i reconstruccions. Julià va imaginar una mena d«església pagana», amb jerarquia i clergues, i fins i tot monestirs, però no tingué temps de veure realitzat el projecte. També inicià la reconstrucció del Temple de Jerusalem, que prompte quedà interrompuda. En un temps denfrontaments doctrinals violents dins del cristianisme, Julià va permetre el retorn dels qui havien estat declarats heretges i forçats a lexili.
La decisió potser més meditada i profunda del nou emperador va ser ledicte de juny del 362, pel qual prohibia que els professors cristians ensenyaren retòrica, ja que considerava inacceptable la transmissió de la cultura clàssica sense les idees i els valors que lacompanyaven. Magistros studiorum doctoresque excellere oportet moribus primum, deinde facundia: els mestres dels estudis i els professors han dexcel·lir abans en costums i després en eloqüència. El filòsof Libani (autor de cartes i discursos que són una gran font dinformació sobre la part oriental de limperi en la segona meitat del segle IV), escriu: [Julià] pensava, en efecte, que les lletres i el culte dels déus eren com germans», és a dir, que «era absurd que els mateixos que havien de comentar els autors clàssics menysprearen els déus que aquells autors honoraven.» Aquest edicte va ser lúnic acte de Julià que limitava dalguna manera la llibertat dels cristians: els que ell, amb menyspreu subtil, anomenava «galileus». Amb aquesta forma incruenta de «persecució», el jove emperador intentava frenar els avanços del cristianisme entre els sectors educats, i alhora privar-lo de la sang dels màrtirs, que tan fèrtil havia resultat al llarg dels tres segles anteriors.
El mateix any 362, Julià es va traslladar a Antiòquia, a organitzar per fi lexpedició contra els perses. Constanci II havia perdut moltes fortaleses a la frontera oriental, i havia mort quan preparava una nova guerra. Julià va passar lhivern a Antiòquia, escrivint cartes i opuscles (entre ells Contra els galileus), i el març del 363 va marxar amb un exèrcit en direcció a lEufrates. Per labril travessà el riu, i al final de maig derrotà els perses prop de la capital, Ctesifont, però no va assetjar la ciutat, confiant més en una batalla campal. La gran batallà, però, no arribà mai a produir-se: els perses destruïen collites per a afamar els romans, feien petits atacs per a destorbar-ne el pas, els queviures escassejaven, i finalment Julià hagué de remuntar el curs del Tigris, ja en retirada. El 26 de juny, a migdia, hi hagué un atac més dels perses als romans en marxa: Julià es va llançar al combat sense cuirassa, els perses van fugir, Julià els va perseguir, i una llança li va travessar el fetge. La crònica diu que, portat a la tenda, lemperador passà les últimes hores amb els filòsofs Màxim i Prisc, amb els quals mantenia converses nobles i elevades. A la nit, va morir serenament. Segons Libani, va ser sepultat a Atenes al costat de Plató. I mai no es va saber si era un persa, o potser un soldat romà de religió cristiana, qui travessà el cos de lemperador.
Els escrits de Julià, redactats els darrers vuit anys de la seua vida, van de la crònica i la sàtira fins a obres de contingut doctrinal, religiós i polític. En El banquet dels Cèsars passa revista als emperadors que lhan precedit, de Juli Cèsar a Constantí, mostrant-ne els errors, vicis i defectes: sen salva Marc Aureli, el seu model, i entre els pitjors hi ha, com era desperar, el seu oncle Constantí. La seua obra més interessant és potser Misopogon («Lenemic de la barba»), del 362-363, un llarg pamflet contra els habitants dAntiòquia que li eren hostils (entre altres coses per la seua barba de «filòsof grec»), que és alhora una mostra de la vida duna gran ciutat cristiana del baix imperi. Entre els tractats o discursos, cal esmentar A la mare dels déus (361), una exegesi al·legòrica del mite de Cibeles, i Al rei Helios (362), en honor del Sol Invicte. A més, va escriure dos panegírics de lemperador Constanci, un elogi de lemperadriu Eusèbia, dues polèmiques contra el cinisme Contra els cínics incultes i Contra el cínic Heracli, i una Consolació a si mateix per la desaparició dun amic. Lepistolari, de 87 cartes conservades, és especialment interessant des del punt de vista biogràfic i polític, sobretot les cartes dirigides al consell i al poble dAtenes. Entre les obres perdudes, hi ha poemes i cartes, un opuscle sobre la seua campanya contra els germànics, un tractat filosòfic sobre lorigen del mal, i lobra anticristiana Contra els galileus, de la qual conservem els fragments que cità Ciril dAlexandria en la seua rèplica.
La polèmica ideològica
Per a Julià, era evident que el projecte de restauració de limperi la societat, les estructures, la unitat era indissoluble de la reconstrucció de la cultura que lhavia engendrat: de la tradició, de les idees, la filosofia, la religió, el culte dels déus. Aquesta restauració de lestat romà i de la societat tradicional només seria sòlida i eficaç si seliminaven els factors que nhavien provocat la degeneració i dissolució: l«ateisme» en tant que negació dels déus, el cinisme en tant que ideal de laxitud i deixadesa, i el cristianisme, incompatible amb tot. El fonament racional del projecte era la filosofia neoplatònica, desenrotllada al s. III amb Plotí i Porfiri, completada amb elements ètics de lestoicisme: una cosmologia i un ordre del món, i una forma dordre de la societat. A més Julià, per atracció personal, era partidari de la recuperació dinfluències i corrents orientals, tals com lhermetisme, els oracles caldeus, les pràctiques màgiques, el culte del déu solar, lesoterisme, el culte de Mitra i els rituals mistèrics. De Plató directament, o indirectament a través del neoplatonisme, recull una mena de «teologia» precristiana, simplificada en forma dharmonia i ordre universal derivats de lacció del demiürg, i déus múltiples especialitzats o responsables dels diferents pobles o ciutats.
Resulta evident, daltra banda, que Julià posseïa un coneixement molt complet dels textos sagrats que comenta o impugna, tant de la Bíblia hebrea com del Nou Testament, procedent sense dubte duna sòlida educació cristiana. Cosa que li permet, per exemple, la comparació de la cosmologia grega-platònica amb la cosmologia bíblica. La seua valoració mítica dels déus del panteó grecoromà grans gestes, protecció eficaç demostrada i dels grans savis, generals i legisladors, li serveix per a exaltar la grandesa de Grècia i de Roma comparada amb la insignificança dels jueus, i per tant dels cristians.