Измотанные защитники города заметили атаку врага слишком поздно, когда штурмующие уже расходились по стенам и башням, и отступили вниз. Одновременно с поляками в районе пролома начинает действовать немецкая пехота. Здесь оборону возглавляет непосредственно Шеин. Немцев встречает интенсивный огонь. Но тут поляки, с другой стороны, в месте, указанном предателем, подрывают заранее подложенный пороховой заряд, непрочная стена обваливается, и в огромную брешь устремляются литовцы и казаки. Начинается резня, в том числе, естественно, и мирного населения. Народ в панике бросается под защиту стен главного храма города собора Успения Пресвятой Богородицы, который жители называли Мономаховым, поскольку его первое здание было построено ещё в 1101 году Владимиром Мономахом[98], тогда князем переяславским[99] (сейчас этот город называется Переяслав[100] и находится на Украине, примерно в 90 километрах к юго-востоку от Киева). Церковь быстро оказывается забитой битком главным образом людьми простыми, в том числе женщинами и детьми. Смоленский архиепископ приказывает двери запереть, но королевские солдаты их быстро выламывают. Тогда он с крестом выходит им навстречу, но получает удар саблей по голове и окровавленный и едва живой выволакивается наружу в плен. Это его спасает, потому что один из посадских людей история сохранила нам его имя: Андрей Беляницын зная, что в подвале храма находятся большие запасы пороха, бежит туда с зажжённым фитилём и подрывает их. Происходит чудовищный взрыв. Гетман Жолкевский пишет: «// взорвана была половина огромной церкви // с собравшимися в неё людьми, которых неизвестно даже куда девались разбросанные остатки и как бы с дымом улетели»[101]. В городе начинается сплошной пожар, причём, по словам того же Жолкевского, «многие из москвитян // добровольно бросились в пламя за православную, говорили они, веру»[102].
Сам Шеин отступает с горсткой соратников в одну из крепостных башен и продолжает отстреливаться от наседавших немцев, убив «более десяти»[103]. Раздражение наёмников столь велико, что они клянутся уничтожить их всех до последнего. Но тут наш воевода принимает решение сдаться, но по какой причине! С ним рядом его жена[104] и самое главное малолетний сын, «ещё дитя»[105], как пишет Жолкевский, так вот насмерть перепуганный мальчик умоляет его прекратить сопротивление, и сердце отца не выдерживает. Михаил Борисович кричит одному из польских офицеров, что готов сложить оружие, тот отгоняет от башни остервеневших немцев, и немногие оставшиеся в живых герои выходят из неё.
Всё кончено. Сигизмунду достаётся практически полностью выгоревший город да горы трупов. Жолкевский пишет: «Крепость почти вся выгорела, мало осталось строений; как уже сказано, сгорели также и пороховые склады //»[106]. Пленённый воевода предстаёт перед глазами короля, и тот вопреки всем законам чести того времени приказывает его пытать «разными пытками»[107]. Формально он хочет узнать, куда спрятана смоленская казна и кто подговаривал его так долго сопротивляться, но вообще-то всё это больше похоже на обычную месть.
После «допроса с пристрастием» Михаила Борисовича заковывают в кандалы, разлучают с женой и сыном и отправляют в Польшу. Там Сигизмунд III продолжает ему мстить на этот раз позором. В Варшаву, для участия в торжествах по случаю одержанной победы, привозят пленного бывшего русского царя Василия Шуйского, которого на потеху народу возят по городу в открытой коляске. Так вот Шеина сажают рядом с ним. Потом, во дворце, воеводе приказывают стоять около Шуйского и наблюдать, как тот в знак покорности кланяется королю до земли. Правда, неизвестно, повторил ли этот унизительный обряд наш герой или нет.
В польском плену, в кандалах, Шеин находится долгих восемь лет. За это время уходит в небытие семибоярщина, Минин с Пожарским выгоняют захватчиков из Москвы и из России, на русский трон избирается первый представитель династии Романовых молодой Михаил Фёдорович, постепенно начинает сходить на нет Смута. И вот в июне 1619 года происходит размен пленных: полякам возвращают всех тех, кого захватили при освобождении Кремля, а к нам на родину возвращаются «польские сидельцы», и самые важные из них это митрополит Филарет, отец нынешнего русского царя, и герой смоленской обороны Михаил Борисович Шеин.