Пётр не обижается, просит простить его за причинённые в ссылке неудобства и велит выплатить заслуженному моряку около 20.000 рублей. Крюйс ему по-прежнему нужен, ведь по словам польского историка Казимира Валишевского «с его отъездом всё пошло вверх дном в Адмиралтействе»[182].
В 1715 году царь образовывает Морской комиссариат, который руководит всей хозяйственной частью, связанной с военно-морским флотом. Возглавляет его генерал-майор Григорий Чернышёв, человек Меншикова. Крюйс назначается его заместителем и отвечает за кораблестроение, а также управление портами. Это означает, что по окончании летних кампаний стоящие в по́ртах боевые суда поступают в распоряжение Крюйса, который должен обеспечить их ремонт, возможное перевооружение и подготовку к выходу в море, включая снабжение всем необходимым. В этом деле равных ему нет, но он тяготится разросшейся русской бюрократией и к тому же постоянно ссорится с Чернышёвым. Начинает давать о себе знать и возраст. Крюйсу шестьдесят, он плохо слышит (что немудрено после стольких лет жизни под орудийный грохот), у него сильно ослабло зрение, болят суставы. Заслуженный вице-адмирал начинает думать об отставке. В 1716 году он прямо просит об этом царя, жалуясь на бессонницу, одышку и боли в груди, но получает отказ[183]. В то время Пётр задумывает реформу системы государственного управления по типу шведской и датской, и опыт Крюйса ему необходим.
В декабре 1717 года учреждается главный орган управления военно-морским флотом Адмиралтейств-коллегия или, попросту говоря, Адмиралтейство. Его главой назначается Фёдор Апраксин, а его заместителем снова Корнелиус Крюйс. Из 175 сотрудников Адмиралтейства иностранцев всего два: сам Крюйс да какой-то переводчик-англичанин[184]. Это ещё раз подтверждает полное доверие к нему со стороны Петра. На данной должности норвежец совершает дело, ставшее, пожалуй, венцом в его карьере: пишет Морской устав главный документ военно-морского флота в любой стране. Инициатором здесь, как это часто бывало, выступает Пётр I, но реальным автором, конечно же, является Крюйс. В 1721 году, после заключения долгожданного мира со Швецией, положившего конец Северной войне, вице-адмирал становится адмиралом. Это вершина его государственной карьеры в России.
28 января 1725 года умирает Пётр. Его смерть наносит здоровью Крюйса последний удар. Он давно уже чувствует себя неважно, нередко работает дома, будучи не в силах посещать Адмиралтейство, с сотрудниками которого продолжает воевать. Меншиков не прекращает против него своих интриг. Адмирал умирает 3 июня 1727 года, не дожив одиннадцати дней до своего 66-летия. Его тело направляется морем в Амстердам, где оно покоится и поныне в старейшей церкви города А́уде керк, что в переводе с голландского так и означает: «Старая церковь».
Так какова же роль этого человека в истории нашей страны? Посудите сами. Когда он в 1698 году приезжает в Россию, нормальных боевых судов у нас попросту не было. А к концу Северной войны в состав Балтийского флота входят 77 крупных кораблей, в том числе 48 линкоров и 29 фрегатов[185], а также 4 шня́вы (лёгкие двухмачтовые корабли, нёсшие по 1418 пушек), 2 бомбардирских корабля (предназначались для атак прибрежных укреплений), 2 прама (о праме можно прочитать в рассказе про Северную войну) и 78 малых парусных судов[186]. Остров Котлин с Кронштадтом представляет собой мощную и в прямом смысле слова непреодолимую крепость, а также первую в нашей стране полноценную военно-морскую базу. В ходе Северной войны Балтийский флот, по некоторым оценкам, захватил 55 шведских боевых кораблей[187], в начале военных действий такое предсказание подняли бы на смех не только военно-морские эксперты всех стран, но, пожалуй, и сам будущий российский император. В 1705 году Крюйс спасает от уничтожения любимое детище Петра Санкт-Петербург. Норвежец в течение многих лет входит в близкое окружение царя, тот питает к нему самое глубокое уважение, прислушивается к его советам и называет отцом. Наконец, Крюйс является самым непосредственным создателем отраслей промышленности России, связанных со строительством и обеспечением её военно-морских сил. На этом фоне не очень важным, но весьма показательным представляется и тот факт, что он основал в Санкт-Петербурге первую школу, «Петришуле», которая, кстати, функционирует до сих пор.