Зимой 1713 года норвежец выступает уже против планов самого́ царя. Пётр чётко вознамерился сделать центром русской морской торговли Санкт-Петербург. Это автоматически означало упадок Архангельска, а этот город был чрезвычайно важен для голландских купцов, которым Крюйс покровительствовал. И он пишет на имя царя бумагу, в которой пытается доказать, что через Санкт-Петербург следует пускать лишь одну шестую часть российского товарооборота. А Пётр людей, препятствующих его воле, как известно, не жалует.
Весной того же года царь решает завоевать Гельсингфорс нынешнюю столицу Финляндии город Хельсинки. Наш флот проводит бомбардировку города, однако вскоре в Финский залив входят 8 шведских линейных кораблей и один фрегат и блокируют гельсингфорскую гавань. Русские галеры помешать им не могут никак, и Пётр возвращается к Котлину. Здесь он извещает Крюйса о намерении запереть неприятельский флот в Финском заливе, назначает его командующим операцией и просит его, как начальника, разрешить ему тоже в ней участвовать. Норвежец на это ничего не отвечает, проводит бессонную ночь, и на следующий день пишет царю письмо с отказом. Пётр сильно разгневан. «Також с дедушкой нашим, как с чортом вожусь, восклицает он, и не знаю, что делать. Бог знает, что за человек»[178]. А человеком-то Крюйс был опытным. Он понимает, что план царя крайне рискован, что наш флот ещё не может тягаться со шведским, что дело поэтому может закончиться неудачей, а это ударит по престижу главы государства. Хуже того, в бою тот может и вовсе погибнуть. Как бы то ни было, Пётр с мнением своего формального командира соглашается, и это в очередной раз показывает, насколько он его уважает. Крюйс же как в воду глядел: морская операция проваливается (хотя Гельсингфорс удаётся взять с суши). Это приводит его карьеру почти к краху: норвежца отдают под трибунал, то есть судят военным судом. Его обвиняют в том, что он не только упустил шведский флот, но и при его преследовании посадил на мель два линейных корабля. Это была сущая правда, хотя произошло это ночью. К тому же при попытке снять линкоры с мели один из них, 50-пушечный красавец «Выборг»[179], раскалывается надвое, и его приходится сжечь.
В январе 1714 года суд заканчивается. Крюйс получает чрезвычайно суровый приговор: смертная казнь. Вице-адмирал отказывается писать прошение о помиловании.
Вскоре, однако, смертный приговор Пётр заменяет на ссылку, и норвежец отправляется в Казань, на окраину русского государства. Казанская ссылка продолжается недолго. Летом к вице-адмиралу приезжает из Москвы жена и убеждает его направить царю письмо с просьбой пощадить его седины, что он и делает. Пётр выдерживает паузу и отвечает лишь через несколько месяцев. Отвечает согласием. Более того, он отправляет в Казань Меншикова, приказав тому вернуть Крюйсу шпагу. По возвращении норвежца в Санкт-Петербург Пётр, как и раньше, приходит к нему домой, обнимает и говорит: «Я уже больше не сердит на тебя»[180]. Никогда не догадаетесь, как ведёт себя вице-адмирал в ответ. Он не падает перед царём, как было тогда принято в России, на колени, не благодарит его со слезами за милость, нет. Он произносит: «Да и я уже больше не сержусь»[181]. Вот уж характер так характер!
Пётр не обижается, просит простить его за причинённые в ссылке неудобства и велит выплатить заслуженному моряку около 20.000 рублей. Крюйс ему по-прежнему нужен, ведь по словам польского историка Казимира Валишевского «с его отъездом всё пошло вверх дном в Адмиралтействе»[182].
В 1715 году царь образовывает Морской комиссариат, который руководит всей хозяйственной частью, связанной с военно-морским флотом. Возглавляет его генерал-майор Григорий Чернышёв, человек Меншикова. Крюйс назначается его заместителем и отвечает за кораблестроение, а также управление портами. Это означает, что по окончании летних кампаний стоящие в по́ртах боевые суда поступают в распоряжение Крюйса, который должен обеспечить их ремонт, возможное перевооружение и подготовку к выходу в море, включая снабжение всем необходимым. В этом деле равных ему нет, но он тяготится разросшейся русской бюрократией и к тому же постоянно ссорится с Чернышёвым. Начинает давать о себе знать и возраст. Крюйсу шестьдесят, он плохо слышит (что немудрено после стольких лет жизни под орудийный грохот), у него сильно ослабло зрение, болят суставы. Заслуженный вице-адмирал начинает думать об отставке. В 1716 году он прямо просит об этом царя, жалуясь на бессонницу, одышку и боли в груди, но получает отказ[183]. В то время Пётр задумывает реформу системы государственного управления по типу шведской и датской, и опыт Крюйса ему необходим.