Летный экипаж А321, до момента крушения, вел обычные переговоры, ничто не указывало на неполадки на борту. Из записи разговоров пилотов с диспетчерами следовало, что ситуация на борту за четыре минуты до исчезновения самолета с радаров оставалась штатной. На второй день после крушения информированный источник в Каире сообщил, что экипаж лайнера А321, разбившегося на Синае, не подавал наземным службам сигналов о бедствии [7].
Данные с бортового параметрического регистратора (FDR) были скопированы и переданы в комиссию по расследованию для расшифровки, обработки и анализа. Бортовой речевой регистратор (CVR) получил серьезные механические повреждения. Комиссией по расследованию проведен предварительный анализ расшифрованной информации бортовых параметрического (FDR) и звукового (CVR) регистраторов. Было проведено предварительное прослушивание информации звукового регистратора. Исследование не дало какой-либо информации, кроме звуков, оставшихся непонятными. Бортовой параметрический регистратор прекратил запись в полете в процессе набора высоты на эшелоне 308 (9400 м). До этого момента полет проходил в штатном режиме, информации об отказах систем и агрегатов самолета зарегистрировано не было.
На записи звукового регистратора звуки предшествуют моменту исчезновения лайнера с экранов радаров. Версию, связанную с «нештатными звуками», прокомментировал член комиссии при президенте РФ по вопросам развития авиации общего назначения Ю. Сытник: «Если такие звуки и были, значит, кто-то кнопочку нажал, каким-то образом сработало радио и какие-то шумы из кабины могли быть в эфире Невозможно, чтобы в конструкции самолета было нечто, которое могло вызвать такой взрыв. Топливные баки не взрываются, они блокированы. Двигатель загорается тоже, как правило, без взрыва» [8].
Судмедэксперты изучили в общей сложности около ста тел погибших. По словам источника в правоохранительных органах: «Основными причинами гибели пассажиров упавшего на Синае борта А321 стали ожоги, точечные тупые травмы, а также разрывы внутренних органов» [9]. ВС разорвало на крупные обломки и мелкие фрагменты. В оторванной хвостовой части самолета в пассажирском салоне произошло сильное воспламенение. Парадокс сформулированной официальной позиции в том, что в телах погибших были обнаружены частицы наружной обшивки лайнера. Данные факты можно воспринимать так, что на корпус ЛА воздействовала энергия взрыва, которая на порядки превосходит заряд ВВ эквивалентный 1 кг тротила. Если бы все происходило так, как предполагает комиссия, то ударная волна распространяется от центра взрыва. Избыточное давление действует на корпус самолета изнутри. Оно могло разорвать и отбросить фрагменты разрушенной обшивки наружу, т. е. они должны были лететь в среду разряженного пространства, но не в противоположную сторону на пассажиров. Обломки самолета, разбросанные на большой площади, противоречили малой силе взрыва, но комиссия и следствие их проигнорировали. Наличие ожогов на многих телах погибших не соответствует как количеству выделенной энергии, так и характеру распространения теплового излучения от точечного источника, поскольку на пути его движения были препятствия в виде сидений и пассажиров.
Источник из госструктур США заявил телеканалу NBC, что над Синайским полуостровом была зафиксирована тепловая вспышка в момент крушения российского пассажирского самолета [10]. Это свидетельствует о взрыве на борту A321 либо бомбы, либо топливного бака. Позже стали отрицать первое заявление. Источник телеканала ABC в Пентагоне отметил: если вспышки связаны с самолетом, то это может говорить о том, что что-то произошло в воздухе или при столкновении самолета с землей. Источник не исключал, что вспышка не имела отношения к катастрофе A321, поскольку в данном районе наблюдаются боевые столкновения с исламистами.
Эксперты в области авиации, опрошенные журналистами телеканала, допускают, что тепловая вспышка, зафиксированная в районе крушения лайнера A321, могла быть вызвана целым спектром причин, в числе которых взрыв бомбы, взрыв неисправного двигателя или какая-то структурная проблема на борту лайнера. Аргументы в пользу неопределенности вспышки, предшествовавшей разрушению, и географического места не убедительны. Снимки с космических спутников позволяют видеть номер машины, расположенной на земле. Очевидно, сболтнули лишнее, а затем отыгрывают ситуацию назад.