Но пока суд да дело, в храм входит Абигайль, она с мечом и в доспехах, ее сопровождают вавилонские воины, переодетые в еврейскую одежду. Она тоже влюблена в Исмаэле и готова спасти и его самого, и его народ в обмен на его любовь, но Исмаэле отказывается, жизнь пожалуйста, но сердце он ей отдать не может.
В храм снова вбегают евреи мужчины, женщины, левиты, Захария и Анна, все в отчаянии, Набукко здесь, рядом, вот он, о ужас! И Набукко входит в храм (согласно либретто въезжает в него верхом на коне). Захария бросается к Фенене и приставляет кинжал к ее груди, он убьет дочь победителя, если тот попробует осквернить храм. Однако вмешивается Исмаэле, он выхватывает у Захарии кинжал, теперь ничто не помешает Набукко разрушить храм и угнать евреев в плен. Те проклинают Исмаэле.
Акт второй
Вавилон. Абигайль случайно обнаружила некий документ, из которого узнает, что она не законная дочь Набукко, «наследница военных рубежей», а всего лишь плод связи с рабыней, то-то отец, отправившись в поход, оставил за себя не ее, а ее младшую сестру Фенену. Горе перемешивается с яростью, Абигайль думает о мести, и судьба, кажется, на ее стороне, верховный жрец Ваала приносит ей весть о том, что Фенена освободила пленных евреев, это не устраивает жречество, и Абигайль предлагают не много, не мало, а вавилонский трон, будет пущен слух, что царь погиб в бою, и жрецы провозгласят Абигайль царицей. Та соглашается.
Захария молится, он просит бога его устами убедить вавилонян в истинности иудейской веры и повергнуть языческие идолы. Появляется Исмаэле, его окружают евреи и начинают проклинать, Анна останавливает их, объявляя, что та, которую он спас от кинжала Захарии отныне иудейка.
Фенене сообщают, что прошел слух о гибели Набукко, что жрецы объявили его наследницей Абигайль и что ей надо немедленно бежать, дабы спасти собственную жизнь. Но Фенена уступать не намерена, она отказывается отдать Абигайль корону, оставленную ей отцом, девушки готовы сцепиться, и тут появляется вполне живой и здоровый Набукко. Он в страшном гневе, что немудрено, а все прочие в ужасе. Заявление Фенены, что она приняла иудаизм, еще более распаляет отца. Разъяренный царь объявляет, что ни предавший его вавилонский бог, ни еврейский больше не котируются, всех долой, отныне эту роль он берет на себя, вот я, новый бог, поклоняйтесь мне! Это уже чересчур, и гордеца настигает божья кара, он теряет рассудок. Вообще-то, судя по дальнейшему, это не совсем так, нельзя сказать, что он вовсе ничего не соображает, скорее, лишается сил, умственных и физических.
Третий акт
Абигайль стала царицей. И сразу настала пора платить по счетам, верховный жрец Ваала просит ее подписать приговор всем евреям, они должны умереть, и первой Фенена, предавшая своего бога. Тут в зал совета забредает понурый Набукко, и Абигайль ловко обводит его вокруг пальца, уговорив подписать приговор, тот подмахивает, и только потом вспоминает, что Фенена стала иудейкой, что же будет с его дочерью? Абигайль напоминает, что у него есть еще одна дочь, но Набукко с презрением называет ее рабыней, и уязвленная Абигайль не только у него на глазах уничтожает обличительный документ, но и угрожает посадить его под замок. Несчастный царь вдруг выказывает черты нежного отца, он начинает униженно просить Абигайль пощадить Фенену, но та неумолима, Фенена умрет, а сам Набукко будет заперт в своих покоях.
Печальные евреи поют о потерянной родине, это и есть тот самый знаменитый хор. Входит Захария, велит им утешиться и изрекает библейское пророчество (из книги пророка Исайи) о гибели Вавилона: «И Вавилон, краса царства, гордость халдеев, будет ниспровергнут богом не заселится никогда будут обитать в нем звери пустыни шакалы будут выть в чертогах их, и гиены в увеселительных домах.»
Четвертый акт
Набукко в заточении. От грез о былой военной жизни, его отрывает шум за стенами дворца, толпа произносит имя Фенены, Набукко выглядывает и видит свою дочь в цепях, в отчаянии он обращается к иудейскому богу, просит прощения и помощи, обещая восстановить разрушенный иерусалимский храм. И бог откликается, не буквально, а даруя царю исцеление, его рассудок проясняется, к нему возвращаются силы, более того, входят его воины, готовые идти за ним, вернуть его на вавилонский трон. Но сначала Набукко должен спасти дочь.
У места казни. Захария напутствует Фенену, готовящуюся принять смерть. В последний миг врывается Набукко со своим воинами. Он объявляет евреям, что они свободны и могут вернуться домой в Иудею, велит разбить в куски вавилонского идола и вместе со спасенной дочерью и евреями возносит молитву Иегове. Появляется Абигайль, она приняла яд и перед смертью просит прощения у Фенены, которую пыталась так или иначе уничтожить, а потом обращается все к тому же иудейскому богу с мольбой об утешении и прощении.