Напоминанием о былом родстве с Новгородом служит нам церковь Варлаамия Хутынского, единственная в городе носящая имя новгородского святого. Многие другие храмы (главным образом, приделы в них) поименованы в честь ростовских и московских святых Леонтия Ростовского, Сергия Радонежского, митрополита Алексия и др.
В эту пору Вологда видела князя Дмитрия Шемяку, великих князей Василия Тёмного, Ивана III, Василия III. По-разному приходили князья в Вологду: бывало, с добром, а, случалось, и с лихом, и тогда жгли, грабили и разоряли город. Но чаще приезжали на богомолье и по различным государственным нуждам. Город рос, строился. В будние дни слышался стук плотничьих топоров и молотков каменщиков, удары кувалд в кузницах и корабельные команды на реке. А в ярмарочные и воскресные дни торжища и улицы города кипели смехом и песнями, праздничным говором. Бурлила переменчивая, созидательная жизнь. От тех лет до нас не дошло ни одного храма, ни одного жилого дома, только иконы, старинные книги да предметы быта в музее безмолвно повествуют нам о минувшем времени.
Неоднократно наведывался в Вологду и подолгу жил здесь первый русский царь Иван Васильевич IV Грозный. С его славным именем связана постройка Софийского собора драгоценнейшей жемчужины Вологды. Ничто в городе не может сравниться с этим белым, как лебединое крыло, собором, одинаково прекрасным в зимнюю стужу и в меланхолично-задумчивый осенний день, в мечтательную белую ночь и в майское лучезарное утро.
Находясь в разлуке с отчим домом, вспоминаешь в чужих краях двор, где вырос, семью, друзей, и обязательно Софию, как утешительный символ вечности города, как залог того, что ты вернешься в родные места.
В Смутное время Вологду потрясли трагические события. Поляки, воспользовавшись оплошностью воевод, внезапно овладели городом. В пору княжеских междоусобиц тоже бывало разное, жизнь омрачалась бесчинствами и грабежами, и все же сознание, что перед тобой свои, русские люди, удерживало иной раз гневную руку от крайнего злодейства. Но что могло остановить иноземных врагов? Со страниц летописей и житий святых до нас доносится ужас происходившего. В те дни был замучен поляками святой старец Галактион, ценой своей жизни спасший внучку от насильников, а позже в трапезной Спаса-Прилуцкого монастыря приняли огненную смерть страдальцы-монахи.
С воцарением на престоле династии Романовых мир и покой снизошли на русскую землю. Вологда окончательно утвердилась в числе наиболее крупных городов державы Российской. Послы европейских государств проезжали через нее и останавливались в ней, иностранные купцы населяли целую слободу в городе (в районе теперешней Фрязиновской улицы). Случались в городе пожары, когда выгорали целые улицы, но город отстраивался заново. В 1655 году Вологду поразило моровое поветрие (эпидемия чумы), и горожане во избавление от несчастья по обету построили Спасообыденную церковь, одну из немногих обыденных церквей на Руси. К сожалению, утратившие родовую память, помраченные разумом потомки не сберегли ее, редкостная святыня была разрушена уже в наши дни.
На рубеже XVIIXVIII столетий неутомимый царь Петр I, исколесивший, пожалуй, пол-России, пять раз посетил наш город. Хлопот и трудов было не счесть: восстановление и перевооружение армии после Нарвского разгрома, усиление Архангельской крепости, которую пытались захватить шведы, учреждение навигацких школ, открытие типографий.
С основанием Санкт-Петербурга значение Вологды как торгово-хозяйственного центра понизилось, что вовсе не значит, будто жизнь в ней стала унылой, застойной, провинциальной в уничижительном смысле этого слова. Привыкнув измерять жизнь экономическим аршином, мы считаем: чем больше фабрик и заводов в городе, чем выше товарооборот пристани и купеческих контор, тем богаче, интересней и содержательней в нём жизнь.
Однако куда выше ценностей, производимых фабричным, заводским трудом, ценности духовные, а им удобнее созревать и произрастать в тишине. В городе и в XVIII веке строились красивые храмы и дома, писались книги, в гимназии учились дети, многие из которых впоследствии прославили Отечество на ратном поле, на поприще науки и медицины, литературы и искусства. В тишине провинциального города проникновенней творится молитва, чище и естественней чувства, устойчивей быт. В провинции, в несуетной жизни захолустных городков, рядом с деревней, с земледельческим, почвенным трудом созидался наш русский характер, в котором наряду с беспечностью и разгульной открытостью души подспудно присутствует тяжеловатая, патриархальная основательность, та твердость и непреклонность верований, убеждений и привычек, которые выручают русского человека в самые трудные моменты его жизни. Отсюда его немногословная, но стойкая любовь к Отечеству, неутомимость в труде и неприхотливость в повседневной жизни, здоровое недоверие к иностранцам, как к людям, неспособным понять нас, и потому упование на свои, народные силы, а не на помощь со стороны.