Из государственных структур для нашей проблематики наибольший интерес представляли те органы, которые в той или иной степени участвовали в формировании и реализации государственной конфессиональной политики. В ГА РФ были проанализированы законодательные и иные нормативно-правовые акты, циркулярные и протокольные материалы, планово-отчетная документация и переписка из четырех фондов: ВЦИК, Министерства юстиции РСФСР, Отдела по просвещению национальных меньшинств Наркомата просвещения РСФСР и Постоянной центральной комиссии по вопросам культов (Ф. А-296; Ф. А-353; Ф. Р-1235; Ф. Р-5263). Изучение документов названных фондов способствовало пониманию правовой основы формирования государственной конфессиональной политики, ключевых ее направлений, практических мер по реализации декретов советской власти и их увязки с конкретной ситуацией в стране (например, произошедшее сближение с некоторой частью духовенства при проведении кампании по изъятию церковных ценностей или влияние обострения государственно-церковных отношений на колхозное строительство). Особый интерес представляли материалы о создании и деятельности в аппарате государственного управления специальных органов, уполномоченных на проведение государственной конфессиональной политики.
Представление о «партийной» линии в формировании государственно-церковных отношений в 1920-1930-е гг. помогли сформировать протокольные материалы и циркулярные указания Политбюро ЦК РКП(б) из соответствующего фонда РГАСПИ (Ф-17). Круг рассматривавшихся на заседаниях данного органа вопросов касался практически всех сторон государственной конфессиональной политики. В результате изучения данных документов удалось сформировать представление о взятых «на карандаш» высшим партийным руководством наиболее острых вопросах государственно-церковного взаимодействия и принятых решениях. Обращение к указанному комплексу документов позволило понять некоторые причины происходивших векторальных изменений в характере антирелигиозной работы и механизма применения репрессивной машины, политики временного сотрудничества с отдельными группами внутри РПЦ и сектантскими движениями.
Среди материалов фонда Центрального Совета Союза воинствующих безбожников СССР (ГА РФ. Ф. Р-5407) нас прежде всего интересовали дела из оп. 2, в которой отложились документы редакции газеты «Безбожник» за 1922-1931 гг. Деятельность собственно ЦС СВБ СССР, документы которого составили оп. 1. названного фонда, с одной стороны, служила предметом внимания уже в советский период и достаточно хорошо освещена в целом ряде публикаций, с другой практически все основные циркулярные указания этого органа представлены в аналогичных фондах региональных структур (см. характеристику ниже). Из собранных в оп. 2. материалов наиболее актуальными оказались публицистические сведения с мест (корреспонденции в редакцию) об «антисоветской» деятельности духовенства.
Материалы личных фондов партийных и государственных деятелей (РГАСПИ. Ф-89. Личный фонд Е. М. Ярославского; Ф-558. Личный фонд И. В. Сталина (Джугашвили)) дали нам возможность оценить личностные подходы руководителей страны к проблеме государственно-церковных отношений. Преимущественно изучались материалы служебной деятельности и эпистолярное наследие. Особое внимание обращалось на рукописи и машинопись позднее изданных работ, что позволило при сопоставлении опубликованных текстов с имеющими авторские и редакторские правки архивными материалами выявить вносившиеся по ходу подготовки публикации изменения, понять их характер и выявить причинно-следственную зависимость.
Несмотря на значимость документов федеральных архивов, приоритетное значение имели фонды региональных архивов. Во-первых, материалы «местного» значения, как правило, более детализированы и насыщены конкретными фактами, в то время как «центральные» отчеты и т. п. сведения представляют собой обобщения и аналитику. Во-вторых, значительная часть документов федеральных архивов по истории государственно-церковных взаимоотношений периода 1917 начала 1940-х гг. к настоящему времени опубликована в различных сборниках, а также на страницах научных журналов и исторических альманахов89.
При подготовке исследования были использованы фонды Государственного архива Республики Марий Эл (ГА РМЭ), Государственного архива Пензенской области (ГАПО), Государственного архива современной истории Чувашской Республики (ГАСИ ЧР), Государственного архива Ульяновской области (ГАУО), Государственного исторического архива Чувашской Республики (ГИА ЧР), Государственного общественно-политического архива Нижегородской области (ГОПАНО), Национального архива Республики Татарстан (НАРТ), Центрального архива Нижегородской области (ЦАНО), Центрального государственного архива Республики Мордовия (ЦГА РМ), Центрального государственного архива историко-политической документации Республики Татарстан (ЦГА ИПД РТ), Научных архивов НИИ гуманитарных наук при Правительстве Республики Мордовия (НА НИИГН) и Чувашского государственного института гуманитарных наук (ЧГИГН), Архива Комиссии по канонизации святых Йошкар-Олинской и Марийской епархии.