Гораздо более резок в оценках был митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Иоанн (Снычев). Он считает, что перелом в церковно-государственных отношениях произошел еще до войны, «когда созрели предпосылки пробуждения русского патриотизма и национального самосознания народа, которым к тому времени два десятилетия правили, от имени которого беззастенчиво выступали откровенные русофобы. Когда же война со всей остротой поставила вопрос о физическом выживании русского народа и существовании государства, в национальной политике советского руководства произошел настоящий переворот» (сходную мысль о предвоенном времени высказывает архимандрит Рафаил (Карелин)). Митрополит Иоанн полагает, что в партийно-государственном руководстве страны происходила борьба двух фракций: националистов во главе с А.А. Ждановым, в меру своего искаженного понимания радевших об интересах страны и нуждах ее населения, и космополитов во главе с Л.П. Берией, ненавидевших Россию и ее народ. Борьба между этими фракциями за влияние на И.В. Сталина привела в начале Великой Отечественной войны к победе коммунистов-националистов. Они и явились инициаторами пересмотра государственной политики во всех областях: от культурной до религиозной.
Владыка Иоанн отмечает, что «примирение» с властью далось церковной иерархии дорогой ценой компромиссов, безусловно, болезненных для православного сознания. В первую очередь это касалось участия священноначалия в кампании прославления Сталина, что было безоговорочным условием «примирения». В целом же митрополит приветствует сталинскую религиозную политику после 1943 г., предполагает, что благоприятный для Церкви этап завершился со смертью Сталина в 1953 г., и наступившая сразу же вслед за этим хрущевская оттепель сопровождалась отказом от национально-патриотических элементов официальной идеологии, ее окончательным переводом на интернациональные рельсы и, соответственно, новым витком антицерковных гонений (как результат процесса «десталинизации»)[43].
Прямо противоположную, резко антикоммунистическую и антисталинскую позицию занимает протоиерей Георгий Митрофанов. Высказанная им в своей книге[44] критика сталинской религиозной политики и положительная оценка власовского движения вызвала в 20092010 гг. острую полемику во многих средствах массовой информации.
Внутренняя история Московского Патриархата в период Великой Отечественной войны изучена в меньшей степени. Краткий обзор церковной истории России в 19411945 гг. содержится во вступительном томе «Православной энциклопедии»[45]. Относительно полно освещены биографии архиереев Московского Патриархата военных лет в труде протодиакона Александра Киреева[46]. Митрополит Мануил (Лемешевский) также оставил после себя многотомный труд, охватывающий биографии православных епископов с 1893 по 1965 гг.[47] Еще раньше работу, содержащую подборку биографий православного епископата в СССР за 19411953 гг., написал русский эмигрантский историк В.И. Алексеев[48]. В 2005 г., к 60-летию победы, вышел специальный номер «Вестника военного и морского духовенства», в котором были напечатаны несколько статей священнослужителей, посвященных биографическим страницам ряда церковных деятелей в годы Великой Отечественной войны[49].
Комментирующие положение Русской Православной Церкви в военное время зарубежные исследователи (У. Флетчер и др.) неоднократно обращаются к личностям Патриарха Сергия (Страгородского) и управляющего делами Московской Патриархии митрополита Николая (Ярушевича), отводя им в своих исследованиях значительное место. При этом оценка деятельности этих иерархов колеблется от восторженной до излишне критичной.
Две книги, в которых рассматривались отдельные сюжеты военного времени, о Патриархе Сергии (Страгородском) и отрекшемся от веры профессоре Ленинградской духовной академии Александре Осипове написал известный историк Русской Православной Церкви конца XIX начала XX вв. С.Л. Фирсов[50].
Целый ряд исследований посвящен положению и деятельности Русской Православной Церкви в период Великой Отечественной войны на региональном уровне: в Ленинградской, Кировской, Орловской, Куйбышевской, Горьковской, Пензенской, Тамбовской, Пермской, Ижевской, Удмуртской и других епархиях. Так, в частности, С.А. Чеботарев опубликовал монографию по истории Тамбовской епархии в 1940-е 1960-е гг.[51]