5 апреля 1918 г. В.И.Ленин направил Центросибири телеграмму, в которой одобрил принятое решение и особенно подчеркнул, «что никаким заверениям теперь нельзя дать веры и единственной серьезной гарантией является солидная военная подготовка с нашей стороны».
Однако кое-где на местах еще питали надежду на мирное разрешение конфликта с помощью комиссий от стран Антанты.
В связи с поручением сведений о вторжении японских войск В.И.Ленин направил Владивостокскому Советы директивы, в которых были даны конкретные указания по борьбе с оккупантами: «Не делайте себе иллюзий: японцы наверное будут наступать. Это неизбежно. Им помогут, вероятно, все без изъятия союзники. Поэтому надо начинать готовиться без малейшего промедления и готовиться серьезно, готовиться изо всех сил. Больше всего внимания надо уделить правильному отходу, отступлению, увозу запасов и железнодорожных материалов. Не задавайтесь неосуществимыми целями. Готовьте подрыв и взрыв рельсов, увод вагонов и локомотивов, готовьте минные заграждения около Иркутска или в Забайкалье. помощь нашу мы обусловим вашими практическими успехами в деле вывоза из Владивостока вагонов и паровозов, в деле подготовки взрыва мостов и прочее».
7 апреля 1918 г. в речи на митинге в Алексеевском манеже В.И.Ленин сказал, что «на нас наступает Япония».
Ситуацию значительно осложнил контрреволюционный вооруженный мятеж чехословацкого военного корпуса, общей численностью свыше 60 тысяч человек, сформированный в России еще до победы Великой Октябрьской социалистической революции из военнопленных чехов и словаков.
Лидер чешских буржуазных националистов, президент чехословацкого Национального совета Т.Масарик объявил корпус частью французской армии, и представители Антанты поставили вопрос об эвакуации его во Францию. Советское правительство согласилось на эвакуацию чехословаков при условии возвращения русских солдат, находившихся во Франции. По соглашению от 26 марта 1918 г. корпусу была предоставлена возможность выехать из России через Владивосток при условии сдачи корпусом оружия и удаления контрреволюционного командного состава из русских офицеров. Но контрреволюционное командование корпуса вероломно нарушило соглашение с Советским правительством о сдаче оружия и спровоцировало по указанию империалистов Антанты в конце мая 1918 г. вооруженный мятеж. Правительства США, Англии и Франции стали на путь открытой и всесторонней поддержки мятежа; прямое участие в нем принимали французские офицеры. Только с 7 марта до начала мятежа «вожди Национального чешского совета получили от французского и английского правительств около 15 миллионов» рублей «и за эти деньги была продана чехословацкая армия французским и английским империалистам».
«Чехословацкое контрреволюционное восстание разбудило кулаков, писал В.И.Ленин. По России прошла волна кулацких восстаний». Летом 1918 г кулацкие контрреволюционные мятежи, в частности, прошли в Поволжье, на Урале и Сибири.
Командующий советскими войсками на Восточном фронте М.Муравьев по плану части мелкобуржуазной партии «левых эсеров», попытавшихся совершить восстание в Москве 6 июля 1918 г., должен был поднять войска фрона против Советской власти и, соединившись с белочехами, двинуться в поход на Москву.
10 июля 1918 г. Муравьев, прибыв в Симбирск, заявил, что он не признает Брестского мира и объявляет войну Германии. Обманутые им части заняли почту, телеграф, радиостанцию и окружили здание исполкома и штаба Симбирской группы войск. Радиограммой Муравьев призвал белогвардейцев и интервентов от Самары до Владивостока начинать наступление на Москву.
Советское правительство приняло экстренные меры для ликвидации муравьевской авантюры. Коммунисты Симбирска провели большую разъяснительную работу среди солдат и населения города. Воинские части, ранее поддержавшие Муравьева, заявили о своей готовности выступить против мятежников.
14 июля 1918 г. вечером Муравьев был приглашен на заседание Симбирского исполкома; он воспринял это приглашение как капитуляцию исполкома. В связи с оглашением на заседании изменнических телеграмм Муравьева о прекращении военных действий против интервентов и белогвардейцев, коммунисты потребовали его ареста. Муравьев пытался сопротивляться и был убит, а его сообщники арестованы.
Вскоре после начала мятежа, 11 июня 1918 г., Центральный исполнительный комитет чешско-словацких коммунистических групп в России обратился с воззванием к солдатам корпуса, в котором вскрывал контрреволюционную сущность мятежа, призывал чешских и словацких рабочих и крестьян ликвидировать мятеж и вступить в чехословацкие части Красной Армии. С 7 июня 1918 г. по 1 мая 1919 г. вышло 42 номера газеты «Пионер Свободы» центрального органа чехословацких коммунистических групп в Советской России.